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- EMDB-40234: Structure of Walker B mutated MCM8/9 heterohexamer complex with ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40234
タイトルStructure of Walker B mutated MCM8/9 heterohexamer complex with ADP
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of Walker B mutated MCM8/9 heterohexamer complex with ADP
    • タンパク質・ペプチド: DNA helicase MCM8
    • タンパク質・ペプチド: DNA helicase MCM9
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードHelicase DNA Replication DNA repair / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


MutLbeta complex binding / MutSbeta complex binding / recombinational interstrand cross-link repair / MCM8-MCM9 complex / male gamete generation / mismatch repair involved in maintenance of fidelity involved in DNA-dependent DNA replication / CDC6 association with the ORC:origin complex / MutSalpha complex binding / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / female gamete generation ...MutLbeta complex binding / MutSbeta complex binding / recombinational interstrand cross-link repair / MCM8-MCM9 complex / male gamete generation / mismatch repair involved in maintenance of fidelity involved in DNA-dependent DNA replication / CDC6 association with the ORC:origin complex / MutSalpha complex binding / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / female gamete generation / Unwinding of DNA / MCM complex / DNA duplex unwinding / Activation of the pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / protein localization to chromatin / DNA helicase activity / helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / Orc1 removal from chromatin / single-stranded DNA binding / 染色体 / ヘリカーゼ / protein stabilization / 細胞周期 / DNA damage response / chromatin binding / protein-containing complex binding / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / 核質 / ATP binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / ATPases associated with a variety of cellular activities ...MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA helicase MCM9 / DNA helicase MCM8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Li C / Gao Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR190046 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Activity, substrate preference and structure of the HsMCM8/9 helicase.
著者: David R McKinzey / Chuxuan Li / Yang Gao / Michael A Trakselis /
要旨: The minichromosomal maintenance proteins, MCM8 and MCM9, are more recent evolutionary additions to the MCM family, only cooccurring in selected higher eukaryotes. Mutations in these genes are ...The minichromosomal maintenance proteins, MCM8 and MCM9, are more recent evolutionary additions to the MCM family, only cooccurring in selected higher eukaryotes. Mutations in these genes are directly linked to ovarian insufficiency, infertility, and several cancers. MCM8/9 appears to have ancillary roles in fork progression and recombination of broken replication forks. However, the biochemical activity, specificities and structures have not been adequately illustrated, making mechanistic determination difficult. Here, we show that human MCM8/9 (HsMCM8/9) is an ATP dependent DNA helicase that unwinds fork DNA substrates with a 3'-5' polarity. High affinity ssDNA binding occurs in the presence of nucleoside triphosphates, while ATP hydrolysis weakens the interaction with DNA. The cryo-EM structure of the HsMCM8/9 heterohexamer was solved at 4.3 Å revealing a trimer of heterodimer configuration with two types of interfacial AAA+ nucleotide binding sites that become more organized upon binding ADP. Local refinements of the N or C-terminal domains (NTD or CTD) improved the resolution to 3.9 or 4.1 Å, respectively, and shows a large displacement in the CTD. Changes in AAA+ CTD upon nucleotide binding and a large swing between the NTD and CTD likely implies that MCM8/9 utilizes a sequential subunit translocation mechanism for DNA unwinding.
履歴
登録2023年3月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月7日-
マップ公開2023年6月7日-
更新2023年8月23日-
現状2023年8月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40234.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40234.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.11 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.83326423 - 1.189463
平均 (標準偏差)-0.0009964515 (±0.027669989)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 355.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_40234_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_40234_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of Walker B mutated MCM8/9 heterohexamer complex with ADP

全体名称: Structure of Walker B mutated MCM8/9 heterohexamer complex with ADP
要素
  • 複合体: Structure of Walker B mutated MCM8/9 heterohexamer complex with ADP
    • タンパク質・ペプチド: DNA helicase MCM8
    • タンパク質・ペプチド: DNA helicase MCM9
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Structure of Walker B mutated MCM8/9 heterohexamer complex with ADP

超分子名称: Structure of Walker B mutated MCM8/9 heterohexamer complex with ADP
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 500 KDa

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分子 #1: DNA helicase MCM8

分子名称: DNA helicase MCM8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 93.817703 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MNGEYRGRGF GRGRFQSWKR GRGGGNFSGK WREREHRPDL SKTTGKRTSE QTPQFLLSTK TPQSMQSTLD RFIPYKGWKL YFSEVYSDS SPLIEKIQAF EKFFTRHIDL YDKDEIERKG SILVDFKELT EGGEVTNLIP DIATELRDAP EKTLACMGLA I HQVLTKDL ...文字列:
MNGEYRGRGF GRGRFQSWKR GRGGGNFSGK WREREHRPDL SKTTGKRTSE QTPQFLLSTK TPQSMQSTLD RFIPYKGWKL YFSEVYSDS SPLIEKIQAF EKFFTRHIDL YDKDEIERKG SILVDFKELT EGGEVTNLIP DIATELRDAP EKTLACMGLA I HQVLTKDL ERHAAELQAQ EGLSNDGETM VNVPHIHARV YNYEPLTQLK NVRANYYGKY IALRGTVVRV SNIKPLCTKM AF LCAACGE IQSFPLPDGK YSLPTKCPVP VCRGRSFTAL RSSPLTVTMD WQSIKIQELM SDDQREAGRI PRTIECELVH DLV DSCVPG DTVTITGIVK VSNAEEGSRN KNDKCMFLLY IEANSISNSK GQKTKSSEDG CKHGMLMEFS LKDLYAIQEI QAEE NLFKL IVNSLCPVIF GHELVKAGLA LALFGGSQKY ADDKNRIPIR GDPHILVVGD PGLGKSQMLQ AACNVAPRGV YVCGN TTTT SGLTVTLSKD SSSGDFALEA GALVLGDQGI CGIDQFDKMG NQHQALLEAM EQQSISLAKA GVVCSLPART SIIAAA NPV GGHYNKAKTV SENLKMGSAL LSRFDLVFIL LDTPNEHHDH LLSEHVIAIR AGKQRTISSA TVARMNSQDS NTSVLEV VS EKPLSERLKV VPGETIDPIP HQLLRKYIGY ARQYVYPRLS TEAARVLQDF YLELRKQSQR LNSSPITTRQ LESLIRLT E ARARLELREE ATKEDAEDIV EIMKYSMLGT YSDEFGNLDF ERSQHGSGMS NRSTAKRFIS ALNNVAERTY NNIFQFHQL RQIAKELNIQ VADFENFIGS LNDQGYLLKK GPKVYQLQTM

UniProtKB: DNA helicase MCM8

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分子 #2: DNA helicase MCM9

分子名称: DNA helicase MCM9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 127.485594 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MNSDQVTLVG QVFESYVSEY HKNDILLILK ERDEDAHYPV VVNAMTLFET NMEIGEYFNM FPSEVLTIFD SALRRSALTI LQSLSQPEA VSMKQNLHAR ISGLPVCPEL VREHIPKTKD VGHFLSVTGT VIRTSLVKVL EFERDYMCNK CKHVFVIKAD F EQYYTFCR ...文字列:
MNSDQVTLVG QVFESYVSEY HKNDILLILK ERDEDAHYPV VVNAMTLFET NMEIGEYFNM FPSEVLTIFD SALRRSALTI LQSLSQPEA VSMKQNLHAR ISGLPVCPEL VREHIPKTKD VGHFLSVTGT VIRTSLVKVL EFERDYMCNK CKHVFVIKAD F EQYYTFCR PSSCPSLESC DSSKFTCLSG LSSSPTRCRD YQEIKIQEQV QRLSVGSIPR SMKVILEDDL VDSCKSGDDL TI YGIVMQR WKPFQQDVRC EVEIVLKANY IQVNNEQSSG IIMDEEVQKE FEDFWEYYKS DPFAGRNVIL ASLCPQVFGM YLV KLAVAM VLAGGIQRTD ATGTRVRGES HLLLVGDPGT GKSQFLKYAA KITPRSVLTT GIGSTSAGLT VTAVKDSGEW NLEA GALVL ADAGLCCIDQ FNSLKEHDRT SIHEAMEQQT ISVAKAGLVC KLNTRTTILA ATNPKGQYDP QESVSVNIAL GSPLL SRFD LILVLLDTKN EDWDRIISSF ILENKGYPSK SEKLWSMEKM KTYFCLIRNL QPTLSDVGNQ VLLRYYQMQR QSDCRN AAR TTIRLLESLI RLAEAHARLM FRDTVTLEDA ITVVSVMESS MQGGALLGGV NALHTSFPEN PGEQYQRQCE LILEKLE LQ SLLSEELRRL ERLQNQSVHQ SQPRVLEVET TPGSLRNGPG EESNFRTSSQ QEINYSTHIF SPGGSPEGSP VLDPPPHL E PNRSTSRKHS AQHKNNRDDS LDWFDFMATH QSEPKNTVVV SPHPKTSGEN MASKISNSTS QGKEKSEPGQ RSKVDIGLL PSPGETGVPW RADNVESNKK KRLALDSEAA VSADKPDSVL THHVPRNLQK LCKERAQKLC RNSTRVPAQC TVPSHPQSTP VHSPDRMLD SPKRKRPKSL AQVEEPAIEN VKPPGSPVAK LAKFTFKQKS KLIHSFEDHS HVSPGATKIA VHSPKISQRR T RRDAALPV KRPGKLTSTP GNQISSQPQG ETKEVSQQPP EKHGPREKVM CAPEKRIIQP ELELGNETGC AHLTCEGDKK EE VSGSNKS GKVHACTLAR LANFCFTPPS ESKSKSPPPE RKNRGERGPS SPPTTTAPMR VSKRKSFQLR GSTEKLIVSK ESL FTLPEL GDEAFDCDWD EEMRKKS

UniProtKB: DNA helicase MCM9

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分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 49.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 227818

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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