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- EMDB-19691: Structure of rabbit Slo1 in complex with gamma1/LRRC26 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19691
タイトルStructure of rabbit Slo1 in complex with gamma1/LRRC26
マップデータMap sharpened by Phenix
試料
  • 複合体: Slo1-gamma1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Leucine-rich repeat-containing protein 26
  • リガンド: CHOLESTEROLコレステロール
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM IONカリウム
  • リガンド: water水
キーワードIon channel (イオンチャネル) / potassium transport / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic ion-gated channel activity / monoatomic ion channel complex / potassium channel activity / endoplasmic reticulum membrane / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
: / Ca2+-activated K+ channel Slowpoke, TrkA_C like domain / : / Calcium-activated potassium channel BK, alpha subunit / Calcium-activated BK potassium channel alpha subunit / Ion transport domain / Ion transport protein / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Redhardt M / Raunser S / Raisch T
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: FEBS Lett / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of the Slo1 potassium channel with the auxiliary γ1 subunit suggests a mechanism for depolarization-independent activation.
著者: Milena Redhardt / Stefan Raunser / Tobias Raisch /
要旨: Mammalian Ca-dependent Slo K channels can stably associate with auxiliary γ subunits which fundamentally alter their behavior. By a so far unknown mechanism, the four γ subunits reduce the need for ...Mammalian Ca-dependent Slo K channels can stably associate with auxiliary γ subunits which fundamentally alter their behavior. By a so far unknown mechanism, the four γ subunits reduce the need for voltage-dependent activation and, thereby, allow Slo to open independently of an action potential. Here, using cryo-EM, we reveal how the transmembrane helix of γ1/LRRC26 binds and presumably stabilizes the activated voltage-sensor domain of Slo1. The activation is further enhanced by an intracellular polybasic stretch which locally changes the charge gradient across the membrane. Our data provide a possible explanation for Slo1 regulation by the four γ subunits and also their different activation efficiencies. This suggests a novel activation mechanism of voltage-gated ion channels by auxiliary subunits.
履歴
登録2024年2月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月10日-
マップ公開2024年4月10日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19691.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19691.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map sharpened by Phenix
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.68 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.5
最小 - 最大-35.355713000000002 - 72.55498
平均 (標準偏差)0.000000000003133 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 348.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unfiltered map from cryoSPARC

ファイルemd_19691_additional_1.map
注釈Unfiltered map from cryoSPARC
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map sharpened using DeepEMhancer

ファイルemd_19691_additional_2.map
注釈Map sharpened using DeepEMhancer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_19691_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_19691_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Slo1-gamma1 complex

全体名称: Slo1-gamma1 complex
要素
  • 複合体: Slo1-gamma1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Leucine-rich repeat-containing protein 26
  • リガンド: CHOLESTEROLコレステロール
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM IONカリウム
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Slo1-gamma1 complex

超分子名称: Slo1-gamma1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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分子 #1: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1

分子名称: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 126.029523 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDALIIPVTM EVPCDSRGQR MWWAFLASSM VTFFGGLFII LLWRTLKYLW TVCCHCGGKA KEAQKINNGS SQADGTLKPV DEKEEAVAA EVGWMTSVKD WAGVMISAQT LTGRVLVVLV FALSIGALVI YFIDSSNPIE SCQNFYKDFT LQIDMAFNVF F LLYFGLRF ...文字列:
MDALIIPVTM EVPCDSRGQR MWWAFLASSM VTFFGGLFII LLWRTLKYLW TVCCHCGGKA KEAQKINNGS SQADGTLKPV DEKEEAVAA EVGWMTSVKD WAGVMISAQT LTGRVLVVLV FALSIGALVI YFIDSSNPIE SCQNFYKDFT LQIDMAFNVF F LLYFGLRF IAANDKLWFW LEVNSVVDFF TVPPVFVSVY LNRSWLGLRF LRALRLIQFS EILQFLNILK TSNSIKLVNL LS IFISTWL TAAGFIHLVE NSGDPWENFQ NNQALTYWEC VYLLMVTMST VGYGDVYAKT TLGRLFMVFF ILGGLAMFAS YVP EIIELI GNRKKYGGSY SAVSGRKHIV VCGHITLESV SNFLKDFLHK DRDDVNVEIV FLHNISPNLE LEALFKRHFT QVEF YQGSV LNPHDLARVK IESADACLIL ANKYCADPDA EDASNIMRVI SIKNYHPKIR IITQMLQYHN KAHLLNIPSW NWKEG DDAI CLAELKLGFI AQSCLAQGLS TMLANLFSMR SFIKIEEDTW QKYYLEGVSN EMYTEYLSSA FVGLSFPTVC ELCFVK LKL LMIAIEYKSA NRESRILINP GNHLKIQEGT LGFFIASDAK EVKRAFFYCK ACHDDITDPK RIKKCGCKRL EDEQPST LS PKKKQRNGGM RNSPNSSPKL MRHDPLLIPG NDQIDNMDSN VKKYDSTGMF HWCAPKEIEK VILTRSEAAM TVLSGHVV V CIFGDVSSAL IGLRNLVMPL RASNFHYHEL KHIVFVGSIE YLKREWETLH NFPKVSILPG TPLSRADLRA VNINLCDMC VILSANQNNI DDTSLQDKEC ILASLNIKSM QFDDSIGVLQ ANSQGFTPPG MDRSSPDNSP VHGMLRQPSI TTGVNIPIIT ELVNDTNVQ FLDQDDDDDP DTELYLTQPF ACGTAFAVSV LDSLMSATYF NDNILTLIRT LVTGGATPEL EALIAEENAL R GGYSTPQT LANRDRCRVA QLALLDGPFA DLGDGGCYGD LFCKALKTYN MLCFGIYRLR DAHLSTPSQC TKRYVITNPP YE FELVPTD LIFCLMQFDH NAGQSRASLS HSSHSSQSSS KKSSSVHSIP STANRQNRPK SRESRDKQKY VQEERLLEVL FQ

UniProtKB: Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1

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分子 #2: Leucine-rich repeat-containing protein 26

分子名称: Leucine-rich repeat-containing protein 26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 35.938766 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRSPSFSSWP PPLLLLLLLH PWQVCAQAPS LATSSGVSGA PDCPEACACA PGGQANCSAL ALSAVPAGLS RRVRALLLDH NRLGSLPPG AFADADALLR LDLRENELRW VHARAFWGLG ALQRLDLSAN RLEALAPGTF GPLRALRTLS LAGNRLARLE P AALGALPL ...文字列:
MRSPSFSSWP PPLLLLLLLH PWQVCAQAPS LATSSGVSGA PDCPEACACA PGGQANCSAL ALSAVPAGLS RRVRALLLDH NRLGSLPPG AFADADALLR LDLRENELRW VHARAFWGLG ALQRLDLSAN RLEALAPGTF GPLRALRTLS LAGNRLARLE P AALGALPL LRALSLQDNA LSALSPGLLA GLPALDALRL RGNPWTCDCA LRPLCTWLRR HPRPASEAET PVCVSPGRLA RS PLAAFPD AAFRHCARPL SPRDLAMIYL LGPASFLASL VACLALGSAL TACRARRRRR QRTAAHRPPR RSLDLDPGGP ASP ANAGSP AEAGLGRPLE VLFQ

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分子 #3: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 16 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール

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分子 #4: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #5: (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-...

分子名称: (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 36 / 式: 6PL
分子量理論値: 763.1 Da
Chemical component information

ChemComp-6PL:
(4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / O-(1-O-パルミトイル-2-O-ステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / リン脂質*YM

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #7: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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分子 #8: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 13 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 52.3 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 826667
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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