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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1870 | |||||||||
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タイトル | Three-Dimensional Reconstruction of Heterocapsa circularisquama RNA Virus (HcRNAV-109) by Cryo-Electron Microscopy | |||||||||
マップデータ | Heterocapsa circularisquama ss RNA Virus (HcRNAV-109) | |||||||||
試料 |
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キーワード | Marine Virus / single-stranded RNA Virus / handedness determination / Alvernaviridae / Dinornavirus | |||||||||
生物種 | Heterocapsa circularisquama (真核生物) / Heterocapsa circularisquama RNA virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Miller JL / Woodward JD / Chen S / Jaffer MA / Weber BW / Nagasaki K / Tomaru Y / Wepf R / Roseman A / Sewell BT / Varsani A | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Gen Virol / 年: 2011 タイトル: Three-dimensional reconstruction of Heterocapsa circularisquama RNA virus by electron cryo-microscopy. 著者: Jennifer L Miller / Jeremy Woodward / Shaoxia Chen / Mohammed Jaffer / Brandon Weber / Keizo Nagasaki / Yuji Tomaru / Roger Wepf / Alan Roseman / Arvind Varsani / Trevor Sewell / 要旨: Heterocapsa circularisquama RNA virus is a non-enveloped icosahedral ssRNA virus infectious to the harmful bloom-forming dinoflagellate, H. circularisquama, and which is assumed to be the major ...Heterocapsa circularisquama RNA virus is a non-enveloped icosahedral ssRNA virus infectious to the harmful bloom-forming dinoflagellate, H. circularisquama, and which is assumed to be the major natural agent controlling the host population. The viral capsid is constructed from a single gene product. Electron cryo-microscopy revealed that the virus has a diameter of 34 nm and T = 3 symmetry. The 180 quasi-equivalent monomers have an unusual arrangement in that each monomer contributes to a 'bump' on the surface of the protein. Though the capsid protein probably has the classic 'jelly roll' β-sandwich fold, this is a new packing arrangement and is distantly related to the other positive-sense ssRNA virus capsid proteins. The handedness of the structure has been determined by a novel method involving high resolution scanning electron microscopy of the negatively stained viruses and secondary electron detection. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1870.map.gz | 28.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1870-v30.xml emd-1870.xml | 10.6 KB 10.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1870.png | 234.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1870 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1870 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1870.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Heterocapsa circularisquama ss RNA Virus (HcRNAV-109) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.616 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Heterocapsa circularisquama RNA virus (HcRNAV-109)
全体 | 名称: Heterocapsa circularisquama RNA virus (HcRNAV-109) |
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要素 |
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-超分子 #1000: Heterocapsa circularisquama RNA virus (HcRNAV-109)
超分子 | 名称: Heterocapsa circularisquama RNA virus (HcRNAV-109) / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: T equals 3 集合状態: Virus particle containing 180 identical protein subunits and one single-stranded RNA molecule Number unique components: 2 |
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-超分子 #1: Heterocapsa circularisquama RNA virus
超分子 | 名称: Heterocapsa circularisquama RNA virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: HcRNAV-109 / NCBI-ID: 331975 / 生物種: Heterocapsa circularisquama RNA virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: HcRNAV-109 |
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宿主 | 生物種: Heterocapsa circularisquama (真核生物) / 別称: ALGAE |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 340 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: Singe Stranded RNA
分子 | 名称: Singe Stranded RNA / タイプ: rna / ID: 1 / Name.synonym: Singe Stranded RNA / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: Heterocapsa circularisquama (真核生物) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 10 mM Na2HPO4 and 10 mM KH2PO4 in distilled water |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: Cryo in ice |
グリッド | 詳細: 300 mesh copper R2/2 Quantifoil grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Home-made plunger 手法: Blot 3 seconds, re-apply virus, blot 2 seconds. plunge |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 55299.5 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry cryo holder Gatan 626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 1.808 µm / 実像数: 108 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each micrograph |
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最終 角度割当 | 詳細: SPIDER |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: MRC, EMAN, SPIDER 詳細: We used two different starting models for refinement - one generated by EMAN starticos and one generated by applying the orientations determined by MRC refine 使用した粒子像数: 2593 |
詳細 | The concentration of virus in the sample was very low |