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- EMDB-1531: Three-dimensional structure of Aquifex aeolicus co-chaperonin pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1531
タイトルThree-dimensional structure of Aquifex aeolicus co-chaperonin protein 10 complexed with GroEL and ADP by cryo-EM
マップデータnone
試料
  • 試料: Aacpn10 capped to one end of GroEL under Mg-ADP
  • タンパク質・ペプチド: Chaperonin
  • タンパク質・ペプチド: Aquifex aeolicus co-chaperonin 10
キーワードco-chaperonin / hyper-thermophile / conformational heterogeneity / electron cryomicroscopy (低温電子顕微鏡法)
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 8.0 Å
データ登録者Chen DH / Luke K / Zhang J / Chiu W / Wittung-Stafshede P
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2008
タイトル: Location and flexibility of the unique C-terminal tail of Aquifex aeolicus co-chaperonin protein 10 as derived by cryo-electron microscopy and biophysical techniques.
著者: Dong-Hua Chen / Kathryn Luke / Junjie Zhang / Wah Chiu / Pernilla Wittung-Stafshede /
要旨: Co-chaperonin protein 10 (cpn10, GroES in Escherichia coli) is a ring-shaped heptameric protein that facilitates substrate folding when in complex with cpn60 (GroEL in E. coli). The cpn10 from the ...Co-chaperonin protein 10 (cpn10, GroES in Escherichia coli) is a ring-shaped heptameric protein that facilitates substrate folding when in complex with cpn60 (GroEL in E. coli). The cpn10 from the hyperthermophilic, ancient bacterium Aquifex aeolicus (Aacpn10) has a 25-residue C-terminal extension in each monomer not found in any other cpn10 protein. Earlier in vitro work has shown that this tail is not needed for heptamer assembly or protein function. Without the tail, however, the heptamers (Aacpn10del-25) readily aggregate into fibrillar stacked rings. To explain this phenomenon, we performed binding experiments with a peptide construct of the tail to establish its specificity for Aacpn10del-25 and used cryo-electron microscopy to determine the three-dimensional (3D) structure of the GroEL-Aacpn10-ADP complex at an 8-A resolution. We found that the GroEL-Aacpn10 structure is similar to the GroEL-GroES structure at this resolution, suggesting that Aacpn10 has molecular interactions with cpn60 similar to other cpn10s. The cryo-electron microscopy density map does not directly reveal the density of the Aacpn10 25-residue tail. However, the 3D statistical variance coefficient map computed from multiple 3D reconstructions with randomly selected particle images suggests that the tail is located at the Aacpn10 monomer-monomer interface and extends toward the cis-ring apical domain of GroEL. The tail at this location does not block the formation of a functional co-chaperonin/chaperonin complex but limits self-aggregation into linear fibrils at high temperatures. In addition, the 3D variance coefficient map identifies several regions inside the GroEL-Aacpn10 complex that have flexible conformations. This observation is in full agreement with the structural properties of an effective chaperonin.
履歴
登録2008年6月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年6月25日-
マップ公開2009年6月11日-
更新2014年1月22日-
現状2014年1月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.93
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.93
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-1aon
  • 表面レベル: 0.93
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1531.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1531.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈none
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.8 Å/pix.
x 200 pix.
= 359. Å		1.8 Å/pix.
x 200 pix.
= 359. Å		1.8 Å/pix.
x 200 pix.
= 359. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.795 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 1.0 / ムービー #1: 0.93
最小 - 最大-0.87262 - 1.67616
平均 (標準偏差)0.0299941 (±0.161115)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-100
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 359 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.7951.7951.795
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z359.000359.000359.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-75-75-74
NX/NY/NZ150150150
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-100-100-100
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.8731.6760.030

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Aacpn10 capped to one end of GroEL under Mg-ADP

全体名称: Aacpn10 capped to one end of GroEL under Mg-ADP
要素
  • 試料: Aacpn10 capped to one end of GroEL under Mg-ADP
  • タンパク質・ペプチド: Chaperonin
  • タンパク質・ペプチド: Aquifex aeolicus co-chaperonin 10

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超分子 #1000: Aacpn10 capped to one end of GroEL under Mg-ADP

超分子名称: Aacpn10 capped to one end of GroEL under Mg-ADP / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Aacpn10 was incubated with GroEL in 50 mM Tris-HCl, 30 mM MgCl2, 2 mM ADP, pH 7.5 at 37 Celsius for 1 hour
集合状態: One heptamer of Aacpn10 and seven ADP bind to one heptamer of GroEL
Number unique components: 2
分子量実験値: 900 KDa / 理論値: 900 KDa

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分子 #1: Chaperonin

分子名称: Chaperonin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: GroEL / コピー数: 1 / 集合状態: heptamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量実験値: 800 KDa / 理論値: 800 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pMESL
配列InterPro: INTERPRO: IPR012723

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分子 #2: Aquifex aeolicus co-chaperonin 10

分子名称: Aquifex aeolicus co-chaperonin 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Aacpn10 / コピー数: 1 / 集合状態: heptamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: AQ2199 / 組織: Bacterial / 細胞: Aquifex aeolicus / 細胞中の位置: Cytosol
分子量実験値: 100 KDa / 理論値: 100 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET24c

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 30 mM MgCl2
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: The sample solution was blotted for 2.5 s before submersion in liquid ethane cooled by liquid nitrogen using FEI Vitrobot
グリッド詳細: 400 mesh copper grid (R1.2/1.3 Quantifoil)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 4.2 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: blot for 2.5 s before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3000SFF
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 1.6 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.86 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: top-entry / 試料ホルダーモデル: OTHER
温度最低: 4.2 K / 最高: 4.2 K / 平均: 4.2 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 400,000 times magnification
詳細Yoshi MDS box for low-dose imaging
日付2007年2月16日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 720 / 平均電子線量: 36 e/Å2
詳細: The particle images were averaged by 2 to give 1.91 Angstrom per pixel. The final corrected pixel size for the 3D density map is 1.8 Angstrom per pixel.
ビット/ピクセル: 8

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画像解析

CTF補正詳細: each micrograph
最終 2次元分類クラス数: 514
最終 角度割当詳細: EMAN
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C7 (7回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN
詳細: The final map was calculated from the class averages and was filtered to show the subnanometer resolution features.
使用した粒子像数: 10772
詳細The ratio of GroEL monomers to Aacpn10 monomers was about 1

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1aon


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: UROX
詳細PDBEntryID_givenInChain. Protocol: domain-based rigid body. UROX was used to perform the domain-as-rigid-body fitting of the GroEL-GroES-ADP crystal structure into the cryo-EM density map of the GroEL-Aacpn10-ADP complex
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross correlation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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