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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8r8k | |||||||||||||||
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タイトル | XBB-4 Fab in complex with SARS-CoV-2 BA.2.12.1 Spike Glycoprotein | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / Spike / Glycoprotein (糖タンパク質) / Coronavirus (オルトコロナウイルス亜科) / antibody (抗体) / Fab / XBB.1.5 / therapeutic (治療) / complex / neutralising / RBD / receptor binding domain (受容体) / convalescent sera / immune system (免疫系) / XBB-4 / BA.2.12.1 / omicron variant (SARSコロナウイルス2-オミクロン株) / virus (ウイルス) / BA.2.86 | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Duyvesteyn, H.M.E. / Ren, J. / Stuart, D.I. | |||||||||||||||
資金援助 | 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep Med / 年: 2024 タイトル: A structure-function analysis shows SARS-CoV-2 BA.2.86 balances antibody escape and ACE2 affinity. 著者: Chang Liu / Daming Zhou / Aiste Dijokaite-Guraliuc / Piyada Supasa / Helen M E Duyvesteyn / Helen M Ginn / Muneeswaran Selvaraj / Alexander J Mentzer / Raksha Das / Thushan I de Silva / ...著者: Chang Liu / Daming Zhou / Aiste Dijokaite-Guraliuc / Piyada Supasa / Helen M E Duyvesteyn / Helen M Ginn / Muneeswaran Selvaraj / Alexander J Mentzer / Raksha Das / Thushan I de Silva / Thomas G Ritter / Megan Plowright / Thomas A H Newman / Lizzie Stafford / Barbara Kronsteiner / Nigel Temperton / Yuan Lui / Martin Fellermeyer / Philip Goulder / Paul Klenerman / Susanna J Dunachie / Michael I Barton / Mikhail A Kutuzov / Omer Dushek / / Elizabeth E Fry / Juthathip Mongkolsapaya / Jingshan Ren / David I Stuart / Gavin R Screaton / 要旨: BA.2.86, a recently described sublineage of SARS-CoV-2 Omicron, contains many mutations in the spike gene. It appears to have originated from BA.2 and is distinct from the XBB variants responsible ...BA.2.86, a recently described sublineage of SARS-CoV-2 Omicron, contains many mutations in the spike gene. It appears to have originated from BA.2 and is distinct from the XBB variants responsible for many infections in 2023. The global spread and plethora of mutations in BA.2.86 has caused concern that it may possess greater immune-evasive potential, leading to a new wave of infection. Here, we examine the ability of BA.2.86 to evade the antibody response to infection using a panel of vaccinated or naturally infected sera and find that it shows marginally less immune evasion than XBB.1.5. We locate BA.2.86 in the antigenic landscape of recent variants and look at its ability to escape panels of potent monoclonal antibodies generated against contemporary SARS-CoV-2 infections. We demonstrate, and provide a structural explanation for, increased affinity of BA.2.86 to ACE2, which may increase transmissibility. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8r8k.cif.gz | 139.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8r8k.ent.gz | 91.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8r8k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/8r8k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/8r8k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 19002MC 8qrfC 8qrgC 8qsqC 8qtdC 8r80C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 142729.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A7L9WCR1 |
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#2: 抗体 | 分子量: 24755.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#3: 抗体 | 分子量: 23185.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Spike ectodomain incubated with XBB-4 Fab in 2-fold molecular excess of sites (assuming three per trimeric spike unit). | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.5 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(補正後): 165000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Patch CTF and Motion correction, on-the-fly. / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3282771 / 詳細: Blob picker in cryoSPARC live interface. | ||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61333 詳細: Determined by cryoSPARC. Local refinement job centred around one fab and RBD. クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 8CIM Accession code: 8CIM / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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