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万見
- EMDB-18639: Locally refined SARS-CoV-2 BA-2.86 Spike receptor binding domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18639
タイトルLocally refined SARS-CoV-2 BA-2.86 Spike receptor binding domain (RBD) complexed with angiotensin converting enzyme 2 (ACE2)
マップデータSharpened refined map of BA-2.86 spike with ACE2.
試料
  • 複合体: BA-2.86 variant SARS-CoV2 S protein complexed with angiotensin converting enzyme 2 (ACE2)
    • 複合体: Angiotensin converting enzyme 2 (ACE2)
      • タンパク質・ペプチド: Processed angiotensin-converting enzyme 2
    • 複合体: BA-2.86 variant SARS-CoV2 S protein
      • タンパク質・ペプチド: Spike protein S2'
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードViral protein (ウイルスタンパク質) / immune system (免疫系) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / ACE2 (アンジオテンシン変換酵素2) / RBD / Spike / glycoprotein (糖タンパク質) / BA.2.86 / angiotensin converting enzyme 2 (アンジオテンシン変換酵素2) / receptor (受容体) / coronavirus-2 (オルトコロナウイルス亜科)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of amino acid transport / アンジオテンシン変換酵素2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction ...positive regulation of amino acid transport / アンジオテンシン変換酵素2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / angiotensin maturation / maternal process involved in female pregnancy / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metallocarboxypeptidase activity / Attachment and Entry / carboxypeptidase activity / negative regulation of signaling receptor activity / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / ウイルスのライフサイクル / blood vessel diameter maintenance / regulation of transmembrane transporter activity / brush border membrane / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / 繊毛 / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endocytic vesicle membrane / metallopeptidase activity / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / endopeptidase activity / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / Potential therapeutics for SARS / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / 脂質ラフト / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / 小胞体 / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Collectrin-like domain profile. / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Peptidase family M2 domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / アンジオテンシン変換酵素 / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. ...Collectrin-like domain profile. / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Peptidase family M2 domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / アンジオテンシン変換酵素 / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
スパイクタンパク質 / アンジオテンシン変換酵素2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Ren J / Stuart DI / Duyvesteyn HME
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
CAMS Innovation Fund for Medical Sciences (CIFMS)2018-I2M-2-002 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: The emerging BA.2.86 Omicron sub-lineage balances antibody escape and ACE2 affinity
著者: Stuart DI / Liu C
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix
著者: Liebschner D / Afonine PV
#2: ジャーナル: Nature Methods / 年: 2017
タイトル: cryoSPARC: algorithms for rapid unsupervised cryo-EM structure determination
著者: Punjani A / Rubinstein JL
履歴
登録2023年10月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月8日-
マップ公開2024年5月8日-
更新2024年5月8日-
現状2024年5月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18639.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18639.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened refined map of BA-2.86 spike with ACE2.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.46 Å/pix.
x 280 pix.
= 408.8 Å		1.46 Å/pix.
x 280 pix.
= 408.8 Å		1.46 Å/pix.
x 280 pix.
= 408.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.46 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.101
最小 - 最大-0.3123307 - 0.73232406
平均 (標準偏差)0.0004887543 (±0.024274115)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 408.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A of BA-2.86 spike with ACE2.

ファイルemd_18639_half_map_1.map
注釈Half map A of BA-2.86 spike with ACE2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B of BA-2.86 spike with ACE2.

ファイルemd_18639_half_map_2.map
注釈Half map B of BA-2.86 spike with ACE2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BA-2.86 variant SARS-CoV2 S protein complexed with angiotensin co...

全体名称: BA-2.86 variant SARS-CoV2 S protein complexed with angiotensin converting enzyme 2 (ACE2)
要素
  • 複合体: BA-2.86 variant SARS-CoV2 S protein complexed with angiotensin converting enzyme 2 (ACE2)
    • 複合体: Angiotensin converting enzyme 2 (ACE2)
      • タンパク質・ペプチド: Processed angiotensin-converting enzyme 2
    • 複合体: BA-2.86 variant SARS-CoV2 S protein
      • タンパク質・ペプチド: Spike protein S2'
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: BA-2.86 variant SARS-CoV2 S protein complexed with angiotensin co...

超分子名称: BA-2.86 variant SARS-CoV2 S protein complexed with angiotensin converting enzyme 2 (ACE2)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: Spike protein recombinantly expressed using sequence of human-derived BA-2.86 variant of SARS-CoV2. Angiotensin converting enzyme 2 (ACE2) recombinantely expressed.

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超分子 #2: Angiotensin converting enzyme 2 (ACE2)

超分子名称: Angiotensin converting enzyme 2 (ACE2) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
詳細: Human Angiotensin converting enzyme 2 (hACE2) recombinantely expressed
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: BA-2.86 variant SARS-CoV2 S protein

超分子名称: BA-2.86 variant SARS-CoV2 S protein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
詳細: Spike protein recombinantly expressed using sequence of human-derived BA-2.86 variant of SARS-CoV2.
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)

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分子 #1: Spike protein S2'

分子名称: Spike protein S2' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
分子量理論値: 22.159053 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VTNLCPFHEV FNATRFASVY AWNRTRISNC VADYSVLYNF APFFAFKCYG VSPTKLNDLC FTNVYADSFV IKGNEVSQIA PGQTGNIAD YNYKLPDDFT GCVIAWNSNK LDSKHSGNYD YWYRLFRKSK LKPFERDIST EIYQAGNKPC KGKGPNCYFP L QSYGFRPT ...文字列:
VTNLCPFHEV FNATRFASVY AWNRTRISNC VADYSVLYNF APFFAFKCYG VSPTKLNDLC FTNVYADSFV IKGNEVSQIA PGQTGNIAD YNYKLPDDFT GCVIAWNSNK LDSKHSGNYD YWYRLFRKSK LKPFERDIST EIYQAGNKPC KGKGPNCYFP L QSYGFRPT YGVGHQPYRV VVLSFELLHA PATVCGP

UniProtKB: スパイクタンパク質

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分子 #2: Processed angiotensin-converting enzyme 2

分子名称: Processed angiotensin-converting enzyme 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 69.982562 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: STIEEQAKTF LDKFNHEAED LFYQSSLASW NYNTNITEEN VQNMNNAGDK WSAFLKEQST LAQMYPLQEI QNLTVKLQLQ ALQQNGSSV LSEDKSKRLN TILNTMSTIY STGKVCNPDN PQECLLLEPG LNEIMANSLD YNERLWAWES WRSEVGKQLR P LYEEYVVL ...文字列:
STIEEQAKTF LDKFNHEAED LFYQSSLASW NYNTNITEEN VQNMNNAGDK WSAFLKEQST LAQMYPLQEI QNLTVKLQLQ ALQQNGSSV LSEDKSKRLN TILNTMSTIY STGKVCNPDN PQECLLLEPG LNEIMANSLD YNERLWAWES WRSEVGKQLR P LYEEYVVL KNEMARANHY EDYGDYWRGD YEVNGVDGYD YSRGQLIEDV EHTFEEIKPL YEHLHAYVRA KLMNAYPSYI SP IGCLPAH LLGDMWGRFW TNLYSLTVPF GQKPNIDVTD AMVDQAWDAQ RIFKEAEKFF VSVGLPNMTQ GFWENSMLTD PGN VQKAVC HPTAWDLGKG DFRILMCTKV TMDDFLTAHH EMGHIQYDMA YAAQPFLLRN GANEGFHEAV GEIMSLSAAT PKHL KSIGL LSPDFQEDNE TEINFLLKQA LTIVGTLPFT YMLEKWRWMV FKGEIPKDQW MKKWWEMKRE IVGVVEPVPH DETYC DPAS LFHVSNDYSF IRYYTRTLYQ FQFQEALCQA AKHEGPLHKC DISNSTEAGQ KLFNMLRLGK SEPWTLALEN VVGAKN MNV RPLLNYFEPL FTWLKDQNKN SFVGWSTDWS PYADHHHHHH

UniProtKB: アンジオテンシン変換酵素2

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE
詳細BA-2.86 Spike with angiotensin converting enzyme 2 (ACE2) at a 6-fold excess of S protein.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 165000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9818 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / 詳細: Images were collected in EER format.
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 504319
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8asy


詳細: Initial RBD-Spike from related deposition. ACE2 model. Also compared with 8IOV.
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v.4.3.1)
詳細: Following classification into 8 classes, classification without alignment, focussing on RBD/ACE2 region.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v.4.3.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v.4.3.1) / 詳細: CryoSPARC. / 使用した粒子像数: 15883

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

8cim

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8asy

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

8iov

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
詳細Phenix real space refinement with manual checks using coot.
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8qsq:
Locally refined SARS-CoV-2 BA-2.86 Spike receptor binding domain (RBD) complexed with angiotensin converting enzyme 2 (ACE2)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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