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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gcc | |||||||||
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タイトル | T. cruzi topoisomerase II alpha bound to dsDNA and the covalent inhibitor CT1 | |||||||||
要素 |
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キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / Topoisomerase (DNAトポイソメラーゼ) / DNA binding protein (DNA結合タンパク質) / Topoisomerase inhibitor | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Trypanosoma cruzi strain CL Brener (クルーズトリパノソーマ) Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å | |||||||||
データ登録者 | Schenk, A. / Deniston, C. / Noeske, J. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2023 タイトル: Cyanotriazoles are selective topoisomerase II poisons that rapidly cure trypanosome infections. 著者: Srinivasa P S Rao / Matthew K Gould / Jonas Noeske / Manuel Saldivia / Rajiv S Jumani / Pearly S Ng / Olivier René / Yen-Liang Chen / Marcel Kaiser / Ryan Ritchie / Amanda Fortes Francisco / ...著者: Srinivasa P S Rao / Matthew K Gould / Jonas Noeske / Manuel Saldivia / Rajiv S Jumani / Pearly S Ng / Olivier René / Yen-Liang Chen / Marcel Kaiser / Ryan Ritchie / Amanda Fortes Francisco / Nila Johnson / Debjani Patra / Harry Cheung / Colin Deniston / Andreas D Schenk / Wilian A Cortopassi / Remo S Schmidt / Natalie Wiedemar / Bryanna Thomas / Rima Palkar / Nahdiyah A Ghafar / Vanessa Manoharan / Catherine Luu / Jonathan E Gable / Kah Fei Wan / Elmarie Myburgh / Jeremy C Mottram / Whitney Barnes / John Walker / Charles Wartchow / Natasha Aziz / Colin Osborne / Juergen Wagner / Christopher Sarko / John M Kelly / Ujjini H Manjunatha / Pascal Mäser / Jan Jiricek / Suresh B Lakshminarayana / Michael P Barrett / Thierry T Diagana / 要旨: Millions who live in Latin America and sub-Saharan Africa are at risk of trypanosomatid infections, which cause Chagas disease and human African trypanosomiasis (HAT). Improved HAT treatments are ...Millions who live in Latin America and sub-Saharan Africa are at risk of trypanosomatid infections, which cause Chagas disease and human African trypanosomiasis (HAT). Improved HAT treatments are available, but Chagas disease therapies rely on two nitroheterocycles, which suffer from lengthy drug regimens and safety concerns that cause frequent treatment discontinuation. We performed phenotypic screening against trypanosomes and identified a class of cyanotriazoles (CTs) with potent trypanocidal activity both in vitro and in mouse models of Chagas disease and HAT. Cryo-electron microscopy approaches confirmed that CT compounds acted through selective, irreversible inhibition of trypanosomal topoisomerase II by stabilizing double-stranded DNA:enzyme cleavage complexes. These findings suggest a potential approach toward successful therapeutics for the treatment of Chagas disease. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gcc.cif.gz | 536.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gcc.ent.gz | 439 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gcc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/8gcc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/8gcc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 29930MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 89322.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi strain CL Brener (クルーズトリパノソーマ) 遺伝子: Tc00.1047053508699.10 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q4DE53 #2: DNA鎖 | 分子量: 8604.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.3 | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company | |||||||||||||||
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS | |||||||||||||||
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM | |||||||||||||||
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm / Cs: 0.01 mm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU | |||||||||||||||
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER | |||||||||||||||
撮影 | Imaging-ID: 1 / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1
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画像スキャン |
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-解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Untilted and tilted data merged | ||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1659398 詳細: 955991 particles for tilted data 703407 particles for untilted data | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 179787 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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