PDB-8f8f: The structure of Rv2173 from M. tuberculosis (APO form)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8f8f

タイトル

The structure of Rv2173 from M. tuberculosis (APO form)

要素

(2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / Rv2173 /

M. tuberculosis (結核菌) / Isoprenyl diphosphate synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

geranyl diphosphate biosynthetic process /

ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase /

prenyltransferase activity /

dimethylallyltranstransferase activity /

geranyltranstransferase activity / isoprenoid biosynthetic process /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Johnston, J.M. / Allison, T.M. / Titterington, J.

資金援助

ニュージーランド, 1件

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The structure of Rv2173 from M. tuberculosis in APO-, IPP-, and DMAP-bound forms.
著者: Johnston, J.M. / Allison, T.M. / Titterington, J. / Beasley, C.P.H.

履歴

登録	2022年11月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8f8f.cif.gz	152.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8f8f.ent.gz	117.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8f8f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/8f8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/8f8f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8f8kC 8f8lC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (8)

登録構造単位

A: (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase

B: (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase

ヘテロ分子

85 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.797, 190.713, 66.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	(2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / E / E-FPP synthase / FPP synthase / Dimethylallyltranstransferase / Geranyl diphosphate synthase / ...E / E-FPP synthase / FPP synthase / Dimethylallyltranstransferase / Geranyl diphosphate synthase / GPP synthase 分子量: 42057.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: idsA2, Rv2173 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: O53507, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase, ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.17 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M Bicine-Tris, pH 8.3, 10% PEG4000, 24% glycerol, 0.03 M DC mix (Ca2+/Mg2+ mix)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→19.76 Å / Num. obs: 71090 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.124 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.128 / Χ²: 1.07 / Net I/σ(I): 17.8 / Num. measured all: 1039648
反射シェル	解像度: 2→2.04 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.9 % / R_merge(I) obs: 3.25 / Num. measured all: 66769 / Num. unique obs: 4495 / CC_1/2: 0.384 / R_pim(I) all: 0.865 / R_rim(I) all: 3.364 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I) obs: 1.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1	精密化
REFMAC	5.0 (ccp4 v 8.0)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→19.76 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2384	3577	5.04 %
R_work	0.2121	-	-
obs	0.2134	71014	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→19.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5244	0	55	269	5568

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5461
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.454	7420
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.268	820
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.031	857
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	977

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.03	0.4367	140	0.3807	2520	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.05	0.3752	135	0.3542	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.08	0.3617	143	0.3368	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.11	0.3736	132	0.305	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.15	0.2985	142	0.295	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.18	0.3278	128	0.2982	2527	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.22	0.35	132	0.2865	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.26	0.3824	127	0.2865	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.3	0.3096	142	0.2541	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.35	0.2714	128	0.2385	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.4	0.2811	136	0.2476	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.46	0.2942	135	0.2482	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.52	0.2843	123	0.2322	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.59	0.2303	148	0.226	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.66	0.2831	144	0.2232	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.75	0.2584	127	0.2219	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.85	0.2322	161	0.2135	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-2.96	0.2367	130	0.214	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.09	0.261	150	0.2149	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.26	0.2214	131	0.2151	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.46	0.2481	127	0.2088	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.46-3.73	0.2156	143	0.211	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
3.73-4.1	0.2076	142	0.1816	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1-4.68	0.1803	157	0.1653	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
4.68-5.87	0.2396	145	0.1946	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
5.88-19.76	0.173	129	0.1692	2807	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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