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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ee5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ119-D in complex with ZIKV E glycoprotein | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / ZIKV (ジカウイルス) / ZIKV-specific / cross-protomer epitopes / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / double-stranded RNA binding / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / double-stranded RNA binding / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / molecular adaptor activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / 中心体 / エンベロープ (ウイルス) / lipid binding / host cell nucleus / virion attachment to host cell / GTP binding / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス) Macaca mulatta (アカゲザル) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.583 Å | ||||||
データ登録者 | Sankhala, R.S. / Joyce, M.G. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023 タイトル: Zika-specific neutralizing antibodies targeting inter-dimer envelope epitopes. 著者: Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Donofrio, G. / Gromowski, G.D. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Mendez-Rivera, L. / Lee, A. / Choe, M. / Zaky, W. / Mantus, G. / Jensen, J.L. / Chen, W.H. ...著者: Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Donofrio, G. / Gromowski, G.D. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Mendez-Rivera, L. / Lee, A. / Choe, M. / Zaky, W. / Mantus, G. / Jensen, J.L. / Chen, W.H. / Gohain, N. / Bai, H. / McCracken, M.K. / Mason, R.D. / Leggat, D. / Slike, B.M. / Tran, U. / Jian, N. / Abbink, P. / Peterson, R. / Mendes, E.A. / Freitas de Oliveira Franca, R. / Calvet, G.A. / Bispo de Filippis, A.M. / McDermott, A. / Roederer, M. / Hernandez, M. / Albertus, A. / Davidson, E. / Doranz, B.J. / Rolland, M. / Robb, M.L. / Lynch, R.M. / Barouch, D.H. / Jarman, R.G. / Thomas, S.J. / Modjarrad, K. / Michael, N.L. / Krebs, S.J. / Joyce, M.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ee5.cif.gz | 332.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ee5.ent.gz | 273 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ee5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/8ee5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/8ee5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8ee8C 8eedC 8eeeC 8eezC 8ef0C 8ef1C 8ef2C 8ef3C 6nipS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44214.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス) 株: isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: A0A024B7W1 |
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#2: 抗体 | 分子量: 23296.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#3: 抗体 | 分子量: 22573.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.94 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.06M Nitrate Phosphate Sulfate , 0.1M Sodium HEPES and MOPS (acid) pH 7.5, 20% Ethylene glycol, 10 % PEG 8000 + 2% w/v Benzamidine hydrochloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.97 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.58→29.4 Å / Num. obs: 23586 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.21 / Rsym value: 0.2 / Net I/σ(I): 9.97 |
反射 シェル | 解像度: 3.58→3.72 Å / Num. unique obs: 1900 / CC1/2: 0.84 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6NIP 解像度: 3.583→14.994 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.07 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.583→14.994 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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