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Yorodumi- PDB-8ee5: Crystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ11... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ee5 | ||||||
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Title | Crystal structure of a NHP anti-ZIKV neutralizing antibody rhMZ119-D in complex with ZIKV E glycoprotein | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / ZIKV / ZIKV-specific / cross-protomer epitopes / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / molecular adaptor activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / centrosome / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / virion attachment to host cell / GTP binding / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 Macaca mulatta (Rhesus monkey) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.583 Å | ||||||
Authors | Sankhala, R.S. / Joyce, M.G. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Cell Rep / Year: 2023 Title: Zika-specific neutralizing antibodies targeting inter-dimer envelope epitopes. Authors: Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Donofrio, G. / Gromowski, G.D. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Mendez-Rivera, L. / Lee, A. / Choe, M. / Zaky, W. / Mantus, G. / Jensen, J.L. / Chen, W. ...Authors: Sankhala, R.S. / Dussupt, V. / Donofrio, G. / Gromowski, G.D. / De La Barrera, R.A. / Larocca, R.A. / Mendez-Rivera, L. / Lee, A. / Choe, M. / Zaky, W. / Mantus, G. / Jensen, J.L. / Chen, W.H. / Gohain, N. / Bai, H. / McCracken, M.K. / Mason, R.D. / Leggat, D. / Slike, B.M. / Tran, U. / Jian, N. / Abbink, P. / Peterson, R. / Mendes, E.A. / Freitas de Oliveira Franca, R. / Calvet, G.A. / Bispo de Filippis, A.M. / McDermott, A. / Roederer, M. / Hernandez, M. / Albertus, A. / Davidson, E. / Doranz, B.J. / Rolland, M. / Robb, M.L. / Lynch, R.M. / Barouch, D.H. / Jarman, R.G. / Thomas, S.J. / Modjarrad, K. / Michael, N.L. / Krebs, S.J. / Joyce, M.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8ee5.cif.gz | 332.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8ee5.ent.gz | 273 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8ee5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/8ee5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/8ee5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8ee8C 8eedC 8eeeC 8eezC 8ef0C 8ef1C 8ef2C 8ef3C 6nipS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 44214.059 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 Strain: isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013 Production host: Insect cell expression vector pTIE1 (others) References: UniProt: A0A024B7W1 |
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#2: Antibody | Mass: 23296.004 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Macaca mulatta (Rhesus monkey) / Production host: Homo sapiens (human) |
#3: Antibody | Mass: 22573.865 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Macaca mulatta (Rhesus monkey) / Production host: Homo sapiens (human) |
#4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.92 Å3/Da / Density % sol: 57.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.06M Nitrate Phosphate Sulfate , 0.1M Sodium HEPES and MOPS (acid) pH 7.5, 20% Ethylene glycol, 10 % PEG 8000 + 2% w/v Benzamidine hydrochloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 17-ID-1 / Wavelength: 0.97 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Oct 18, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.58→29.4 Å / Num. obs: 23586 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 6.6 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.21 / Rsym value: 0.2 / Net I/σ(I): 9.97 |
Reflection shell | Resolution: 3.58→3.72 Å / Num. unique obs: 1900 / CC1/2: 0.84 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6NIP Resolution: 3.583→14.994 Å / SU ML: 0.46 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.07 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.583→14.994 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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