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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8aqa | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Unlinked NS2B-NS3 Protease from Zika Virus in Complex with Inhibitor MI-2260 | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / FLAVIVIRIN (フラビビリン) / SERINE PROTEASE (セリンプロテアーゼ) / NS2B-NS3 / ZIKA VIRUS (ジカウイルス) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / double-stranded RNA binding / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / double-stranded RNA binding / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / virus-mediated perturbation of host defense response / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / lipid binding / host cell nucleus / virion attachment to host cell / GTP binding / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Zika virus (ジカ熱ウイルス) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å | |||||||||
データ登録者 | Huber, S. / Steinmetzer, T. | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Arch Pharm / 年: 2024 タイトル: Synthesis and structural characterization of new macrocyclic inhibitors of the Zika virus NS2B-NS3 protease. 著者: Huber, S. / Braun, N.J. / Schmacke, L.C. / Murra, R. / Bender, D. / Hildt, E. / Heine, A. / Steinmetzer, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8aqa.cif.gz | 156.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8aqa.ent.gz | 102.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8aqa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/8aqa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/8aqa | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7zpdC 7zq1C 7zqfC 7ztmC 7zumC 7zv4C 7zvvC 7zw5C 7zysC 8a15C 8aqbC 8aqkC 5gpiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 5865.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / プラスミド: bZiPro / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q32ZE1 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 19037.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / プラスミド: bZiPro / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q32ZE1, フラビビリン, nucleoside-triphosphate phosphatase, ヘリカーゼ |
#3: タンパク質・ペプチド | ( 分子量: 650.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.63 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6 0.2 M ammonium sulfate 16% PEG 2000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→41.855 Å / Num. obs: 53636 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 7.26 % / Biso Wilson estimate: 19.21 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 17.67 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.43 Å / 冗長度: 7.51 % / Rmerge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 3.14 / Num. unique obs: 8354 / CC1/2: 0.947 / % possible all: 95.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5GPI 解像度: 1.35→37.85 Å / SU ML: 0.1456 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 13.9033 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.52 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→37.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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