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Yorodumi- PDB-5gpi: Crystal Structures of Unlinked NS2B-NS3 Protease from Zika Virus ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5gpi | ||||||||||||
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Title | Crystal Structures of Unlinked NS2B-NS3 Protease from Zika Virus and Its Complex with a Reverse Peptide Inhibitor | ||||||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / ZIKA VIRUS PROTEASE / SERINE PROTEASE / NON-STRUCTURAL PROTEIN 3 | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / virion attachment to host cell / GTP binding / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Zika virus | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.578 Å | ||||||||||||
Authors | Phoo, W.W. / Zhang, Z.Z. | ||||||||||||
Funding support | Singapore, 3items
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Citation | Journal: Science / Year: 2016 Title: Crystal structure of unlinked NS2B-NS3 protease from Zika virus Authors: Zhang, Z. / Li, Y. / Loh, Y.R. / Phoo, W.W. / Hung, A.W. / Kang, C. / Luo, D. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5gpi.cif.gz | 308.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5gpi.ent.gz | 251 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5gpi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/5gpi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/5gpi | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5h4iC 5gj4S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19037.592 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Zika virus / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q32ZE1*PLUS #2: Protein | Mass: 5865.384 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Zika virus / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q32ZE1*PLUS #3: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | AUTHORS STATE THAT THE GENEBANK ACCESSION NUMBER IS AEN75265.1 FOR THIS SEQUENCE. | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.97 Å3/Da / Density % sol: 37.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate trihydrate 4.6, 30% PEG 2000 PH range: 4.0-5.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 1.0004 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Jul 20, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0004 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.578→60.38 Å / Num. obs: 108603 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 6.8 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 7.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.58→1.6 Å / Redundancy: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.647 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / CC1/2: 0.696 / % possible all: 95.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5GJ4 Resolution: 1.578→46.168 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.55 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.578→46.168 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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