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- PDB-8a6z: PcIDS1 in complex with Mn2+ and IPP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a6z
タイトルPcIDS1 in complex with Mn2+ and IPP
要素Isoprenyl diphosphate synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / Insects (昆虫) / Biosynthesis (生合成) / Terpenes / Metal regulation / Catalysis
機能・相同性
機能・相同性情報


pheromone biosynthetic process / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Farnesyl pyrophosphate synthase-like / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Isoprenoid synthase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / : / TRIETHYLENE GLYCOL / ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Phaedon cochleariae (甲虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ecker, F. / Boland, W. / Groll, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)GR_1861/5-2 ドイツ
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2023
タイトル: Metal-dependent enzyme symmetry guides the biosynthetic flux of terpene precursors.
著者: Ecker, F. / Vattekkatte, A. / Boland, W. / Groll, M.
履歴
登録2022年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoprenyl diphosphate synthase
B: Isoprenyl diphosphate synthase
C: Isoprenyl diphosphate synthase
D: Isoprenyl diphosphate synthase
E: Isoprenyl diphosphate synthase
F: Isoprenyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,15039
ポリマ－239,8746
非ポリマー4,27633
水7,927440
1
A: Isoprenyl diphosphate synthase
C: Isoprenyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,42213
ポリマ－79,9582
非ポリマー1,46411
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8640 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area27250 Å2
手法PISA
2
B: Isoprenyl diphosphate synthase
D: Isoprenyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,36413
ポリマ－79,9582
非ポリマー1,40611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7990 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area26940 Å2
手法PISA
3
E: Isoprenyl diphosphate synthase
F: Isoprenyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,36413
ポリマ－79,9582
非ポリマー1,40611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8340 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area27090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.940, 186.740, 213.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Isoprenyl diphosphate synthase


分子量: 39978.965 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phaedon cochleariae (甲虫) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: M1JS91, ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ

-
非ポリマー , 5種, 473分子

#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-IPE / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / ISOPENTENYL PYROPHOSPHATE / イソペンテニル二りん酸 / イソペンテニル二リン酸


分子量: 246.092 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M MgCl2, 26% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 90473 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.596 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 10308 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8A6U

8a6u


解像度: 2.4→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 23.902 / SU ML: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.297 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2679 4502 5 %RANDOM
Rwork0.2236 ---
obs0.2258 85538 98.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 101.44 Å2 / Biso mean: 33.777 Å2 / Biso min: 12.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.95 Å20 Å2-0 Å2
2--7.31 Å20 Å2
3----1.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16705 0 208 446 17359
Biso mean--33.59 45.21 -
残基数----2053
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.01317290
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01716103
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2311.65123359
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1191.57437412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4952049
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.27822.208924
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.676153130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2815111
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.22222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0218943
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023670
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.96333393
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 322 -
Rwork0.266 6111 -
all-6433 -
obs--98.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.08290.00980.03170.0155-0.01760.04630.00130.00160-0.0021-0.00170.00140.00480.00070.00040.04930.0018-0.00010.0032-0.0040.03295.18117.816638.7905
20.06120.006-0.03890.01190.01620.0911-0.0016-0.0039-0.00350.00410.0003-0.00370.0044-0.00180.00130.04940.0019-0.00010.0012-0.00040.033424.7405-13.49852.7079
30.1703-0.007-0.05910.00170.00730.0780.00330.02690.01750.00110.00010.0002-0.00290.0027-0.00340.04820.0002-0.00160.00720.0070.033813.215132.400118.2314
40.0902-0.00490.02580.01390.00450.0489-0.00210.0023-0.00380.001-0.0024-0.00250.00050.00210.00460.04790.00050.00260.0028-0.00030.03316.9447-38.0617-17.9661
50.0223-0.0090.04750.0369-0.00710.10620.00060.0007-0.00120.000100.0022-0.00380.0015-0.00060.0460.00030.001200.00010.03634.29510.8734-30.4362
60.0592-0.0111-0.02580.0448-0.00780.0150.0030.0134-0.00340.005-0.0053-0.0025-0.0046-0.0050.00230.04990.0007-0.00180.00340.00210.03311.487738.491-47.0809
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A85 - 429
2X-RAY DIFFRACTION2B85 - 429
3X-RAY DIFFRACTION3C84 - 429
4X-RAY DIFFRACTION4D85 - 429
5X-RAY DIFFRACTION5E85 - 429
6X-RAY DIFFRACTION6F85 - 429

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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