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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zpr | |||||||||
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タイトル | KtrAB complex with N-terminal deletion of KtrB 1-19 | |||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / potassium transport / transporter (運搬体タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 potassium:chloride symporter activity / monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / ATP binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Vibrio alginolyticus (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å | |||||||||
データ登録者 | Vonck, J. / Stautz, J. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: KtrAB complex with N-terminal deletion of KtrB 1-19 著者: Stautz, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zpr.cif.gz | 469.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zpr.ent.gz | 379.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zpr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/7zpr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/7zpr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23836.920 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vibrio alginolyticus (バクテリア) 遺伝子: ktrA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LB2003 / 参照: UniProt: O87952 #2: タンパク質 | 分子量: 47411.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal deletion of residue 1-19 由来: (組換発現) Vibrio alginolyticus (バクテリア) 遺伝子: ktrB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LB2003 / 参照: UniProt: O87953 #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-ADP / #5: 化合物 | ChemComp-K / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: KtrAB complex with a second KtrB dimer attached / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.39 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Vibrio alginolyticus (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: LB2003 |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 105000 X / 倍率(補正後): 60168 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7109 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 525072 | ||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称) | ||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 58420 / クラス平均像の数: 8 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL 詳細: The model was fitted to the map in Chimera and the missing residues were deleted. | ||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7ZP9 Accession code: 7ZP9 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3.56 Å |