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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14851 | |||||||||
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タイトル | KtrAB complex | |||||||||
マップデータ | KtrAB complex of KtrA8 ring with KtrB dimer on each side | |||||||||
試料 |
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キーワード | potassium transporter / membrane transport protein (膜輸送体) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 potassium:chloride symporter activity / monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / ATP binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Vibrio alginolyticus (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.82 Å | |||||||||
データ登録者 | Vonck J / Stautz J | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: KtrAB complex 著者: Stautz J | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14851.map.gz | 161.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14851-v30.xml emd-14851.xml | 20.2 KB 20.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_14851_fsc.xml | 12.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_14851.png | 176.9 KB | ||
マスクデータ | emd_14851_msk_1.map | 178 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-14851.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_14851_additional_1.map.gz emd_14851_half_map_1.map.gz emd_14851_half_map_2.map.gz | 165.9 MB 139.5 MB 139.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14851 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14851 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7zp9MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14851.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | KtrAB complex of KtrA8 ring with KtrB dimer on each side | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.831 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_14851_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Map at 2.54 Angstrom resolution after density modification in Phenix
ファイル | emd_14851_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Map at 2.54 Angstrom resolution after density modification in Phenix | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_14851_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_14851_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : KtrAB complex with a second KtrB dimer attached
全体 | 名称: KtrAB complex with a second KtrB dimer attached |
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要素 |
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-超分子 #1: KtrAB complex with a second KtrB dimer attached
超分子 | 名称: KtrAB complex with a second KtrB dimer attached / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio alginolyticus (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 390 KDa |
-分子 #1: Ktr system potassium uptake protein A
分子 | 名称: Ktr system potassium uptake protein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio alginolyticus (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 23.83692 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKTGDKQFAV IGLGRFGLAV CKELQDSGSQ VLAVDINEDR VKEAAGFVSQ AIVANCTHEE TVAELKLDDY DMVMIAIGAD VNASILATL IAKEAGVKSV WVKANDRFQA RVLQKIGADH IIMPERDMGI RVARKMLDKR VLEFHPLGSG LAMTEFVVGS R LMGKTLSD ...文字列: MKTGDKQFAV IGLGRFGLAV CKELQDSGSQ VLAVDINEDR VKEAAGFVSQ AIVANCTHEE TVAELKLDDY DMVMIAIGAD VNASILATL IAKEAGVKSV WVKANDRFQA RVLQKIGADH IIMPERDMGI RVARKMLDKR VLEFHPLGSG LAMTEFVVGS R LMGKTLSD LALCKVEGVQ VLGYKRGPEI IKAPDMSTTL EIGDLIIVVG PQDKLANKLK SL UniProtKB: Ktr system potassium uptake protein A |
-分子 #2: Ktr system potassium uptake protein B
分子 | 名称: Ktr system potassium uptake protein B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio alginolyticus (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 49.707715 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTQFHQRGVF YVPDGKRDKA KGGEPRIILL SFLGVLLPSA VLLTLPVFSV SGLSITDALF TATSAISVTG LGVVDTGQHF TLAGKILLM CLMQIGGLGQ MTLSAVLLYM FGVRLSLRQQ ALAKEALGQE RQVNLRRLVK KIVTFALVAE AIGFVFLSYR W VPEMGWQT ...文字列: MTQFHQRGVF YVPDGKRDKA KGGEPRIILL SFLGVLLPSA VLLTLPVFSV SGLSITDALF TATSAISVTG LGVVDTGQHF TLAGKILLM CLMQIGGLGQ MTLSAVLLYM FGVRLSLRQQ ALAKEALGQE RQVNLRRLVK KIVTFALVAE AIGFVFLSYR W VPEMGWQT GMFYALFHSI SAFNNAGFAL FSDSMMSFVN DPLVSFTLAG LFIFGGLGFT VIGDVWRHWR KGFHFLHIHT KI MLIATPL LLLVGTVLFW LLERHNPNTM GSLTTGGQWL AAFFQSASAR TAGFNSVDLT QFTQPALLIM IVLMLIGAGS TST GGGIKV STFAVAFMAT WTFLRQKKHV VMFKRTVNWP TVTKSLAIIV VSGAILTTAM FLLMLTEKAS FDKVMFETIS AFAT VGLTA GLTAELSEPG KYIMIVVMII GRIGPLTLAY MLARPEPTLI KYPEDTVLTG UniProtKB: Ktr system potassium uptake protein B |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #5: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子 | 名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 36 / 式: LMT |
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分子量 | 理論値: 510.615 Da |
Chemical component information | ChemComp-LMT: |
-分子 #6: POTASSIUM ION
分子 | 名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: K |
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分子量 | 理論値: 39.098 Da |
-分子 #7: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 43 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 倍率(補正後): 60168 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 2.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2716 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | The model was refined by phenix.real-space-refine |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
得られたモデル | PDB-7zp9: |