+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zl5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Azosemide in complex with Carbonic Anhydrase I | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase 1炭酸脱水酵素 | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / carbonic anhydrase (炭酸脱水酵素) / inhibitor (酵素阻害剤) / metalloenzyme (金属タンパク質) / azosemide / loop diuretic | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydro-lyase activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen ...hydro-lyase activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / one-carbon metabolic process / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.479 Å | ||||||
データ登録者 | Angeli, A. / Ferraroni, M. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Struct. / 年: 2022 タイトル: Sulfonamide diuretic azosemide as an efficient carbonic anhydrase inhibitor 著者: Ferraroni, M. / Angeli, A. / Pinteala, M. / Supuran, C.T. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zl5.cif.gz | 126.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7zl5.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7zl5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/7zl5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/7zl5 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 7zl6C 1jv0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28906.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00915, 炭酸脱水酵素 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-DMS / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.18 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 28-31% PEG4000, 0.2 M Sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5-9.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9717 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9717 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.479→46.289 Å / Num. obs: 92506 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.48 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rrim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 24.43 |
反射 シェル | 解像度: 1.479→1.52 Å / 冗長度: 12.35 % / Rmerge(I) obs: 1.232 / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / Num. unique obs: 6748 / CC1/2: 0.872 / Rrim(I) all: 1.286 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1JV0 解像度: 1.479→46.289 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.592 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.072 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.308 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.479→46.289 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|