PDB-7s0l: Crystal structure of Penicillium verruculosum copalyl diphosphate...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7s0l

タイトル

Crystal structure of Penicillium verruculosum copalyl diphosphate synthase (PvCPS) alpha prenyltransferase domain variant, S723F

要素

Terpene synthase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Prenyltransferase (プレニル基転移酵素) / Isoprenoid Synthase / GGPP synthase / Bifunctional Terpene Synthase / Assembly-line synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

copalyl diphosphate synthase / alcohol biosynthetic process / mycotoxin biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / isoprenoid biosynthetic process /

isomerase activity /

transferase activity /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Talaromyces verruculosus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Ronnebaum, T.A. / Christianson, D.W.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM56838	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM137461	米国

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Engineering the Prenyltransferase Domain of a Bifunctional Assembly-Line Terpene Synthase.
著者: Ronnebaum, T.A. / Eaton, S.A. / Brackhahn, E.A.E. / Christianson, D.W.

履歴

登録	2021年8月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2021年11月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7s0l.cif.gz	299.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7s0l.ent.gz	203.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7s0l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/7s0l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/7s0l	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7s09C 7s0aC 7s0hC 7s0mC 6v0kS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7s0h-1 7s09-1 5ero-1 2q80-d 7s0m-1 6v0k-1 7s0a-1 5cdo-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (7) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Terpene synthase

B: Terpene synthase

69.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Terpene synthase

B: Terpene synthase

A: Terpene synthase

B: Terpene synthase

A: Terpene synthase

B: Terpene synthase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
210 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	189.280, 189.280, 56.373
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321
Space group name Hall	P32"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x-y,-y,-z #5: -x,-x+y,-z #6: y,x,-z

#1: タンパク質	Terpene synthase / 分子量: 34963.109 Da / 分子数: 2 / 断片: Prenyltransferase alpha domain, residues 659-963 / 変異: S723F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Talaromyces verruculosus (菌類) / 遺伝子: PvCPS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A348FUE1
配列の詳細	The authors state that the full-length enzyme is a chimera, consisting of 963 residues. However, ...The authors state that the full-length enzyme is a chimera, consisting of 963 residues. However, the provided crystal structure was generated from limited proteolysis experiments and only the prenyltransferase alpha domain of the chimera was crystallized. The sequence of the full-length enzyme is: MSPMDLQESAAALVRQLGERVEDRRGFGFMSPAIYDTAWVSMISKTIDDQKTWLFAECFQYILSHQLEDG GWAMYASEIDAILNTSASLLSLKRHLSNPYQITSITQEDLSARINRAQNALQKLLNEWNVDSTLHVGFEI LVPALLRYLEDEGIAFAFSGRERLLEIEKQKLSKFKAQYLYLPIKVTALHSLEAFIGAIEFDKVSHHKVS GAFMASPSSTAAYMMHATQWDDECEDYLRHVIAHASGKGSGGVPSAFPSTIFESVWPLSTLLKVGYDLNS APFIEKIRSYLHDAYIAEKGILGFTPFVGADADDTATTILVLNLLNQPVSVDAMLKEFEEEHHFKTYSQE RNPSFSANCNVLLALLYSQEPSLYSAQIEKAIRFLYKQFTDSEMDVRDKWNLSPYYSWMLMTQAITRLTT LQKTSKLSTLRDDSISKGLISLLFRIASTVVKDQKPGGSWGTRASKEETAYAVLILTYAFYLDEVTESLR HDIKIAIENGCSFLSERTMQSDSEWLWVEKVTYKSEVLSEAYILAALKRAADLPDENAEAAPVINGISTN GFEHTDRINGKLKVNGTNGTNGSHETNGINGTHEIEQINGVNGTNGHSDVPHDTNGWVEEPTAINETNGH YVNGTNHETPLTNGISNGDSVSVHTDHSDSYYQRSDWTADEEQILLGPFDYLESLPGKNMRSQLIQSFNT WLKVPTESLDVIIKVISMLHTAFLLIDDIQDQSILRRGQPVAHSIFGTAQAMNSGNYVYFLALREVQKLQ NPKAISIYVDSLIDLHRGQGMELFWRDSLMCPTEEQYLDMVANKTGGLFCLAIQLMQAEATIQVDFIPLV RLLGIIFQICDDYLNLKSTAYTDNKGLCEDLTEGKFSFPIIHSIRSNPGNRQLINILKQKPREDDIKRYA LSYMESTNSFEYTRGVVRKLKTEAIDTIQGLEKHGLEENIGIRKILARMSLEL

#1: タンパク質

Terpene synthase /

分子量: 34963.109 Da / 分子数: 2 / 断片: Prenyltransferase alpha domain, residues 659-963 / 変異: S723F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Talaromyces verruculosus (菌類) / 遺伝子: PvCPS / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A348FUE1

配列の詳細

The authors state that the full-length enzyme is a chimera, consisting of 963 residues. However, ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.5 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.6 0.01 M citric acid pH 3.5 2.5% tacsimate pH 5.0 18% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→94.64 Å / Num. obs: 323109 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.5 % / B_iso Wilson estimate: 28.2 Å² / CC_1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 2.65→2.75 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 33846 / CC_1/2: 0.521

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6V0K

6v0k

解像度: 2.65→94.64 Å / SU ML: 0.3749 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.5504 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2294	3850	5.88 %
R_work	0.1896	61678	-
obs	0.1919	65528	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→94.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4809	0	0	0	4809

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0081	4921
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8895	6665
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0455	763
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0049	854
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.5219	4144

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.68	0.3345	152	0.2987	2319	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.68-2.72	0.3312	136	0.2959	2229	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.72-2.76	0.3177	138	0.2914	2280	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.76-2.8	0.3535	143	0.3007	2328	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.8-2.84	0.3564	141	0.299	2242	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.84-2.88	0.3914	136	0.2909	2264	X-RAY DIFFRACTION	99.46
2.88-2.93	0.3153	150	0.2727	2301	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-2.98	0.3023	148	0.2667	2339	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.03	0.2622	140	0.2465	2269	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.09	0.3087	144	0.2453	2305	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.15	0.3308	142	0.2405	2275	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.22	0.3017	142	0.2528	2239	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.3	0.284	136	0.2203	2339	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.3-3.38	0.289	141	0.2166	2263	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.38-3.47	0.2512	146	0.1953	2273	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.47-3.57	0.2154	146	0.1662	2318	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.57-3.69	0.2139	143	0.1695	2262	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.69-3.82	0.1869	152	0.1487	2280	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.82-3.97	0.1776	144	0.148	2268	X-RAY DIFFRACTION	99.46
3.97-4.16	0.1758	142	0.1398	2269	X-RAY DIFFRACTION	99.42
4.16-4.37	0.1502	138	0.1283	2304	X-RAY DIFFRACTION	99.07
4.37-4.65	0.1405	145	0.1111	2269	X-RAY DIFFRACTION	99.92
4.65-5.01	0.1434	148	0.1227	2280	X-RAY DIFFRACTION	100
5.01-5.51	0.212	141	0.1588	2291	X-RAY DIFFRACTION	100
5.51-6.31	0.1888	146	0.1545	2305	X-RAY DIFFRACTION	99.96
6.31-7.95	0.1624	150	0.1606	2272	X-RAY DIFFRACTION	99.34
7.95-94.64	0.174	120	0.1398	2295	X-RAY DIFFRACTION	99.38

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.753553046166	0.498692359592	0.608500207118	1.80968298076	0.49261302128	0.71050800457	-0.0469652864037	0.0830990202681	-0.0846938842622	-0.0270612058803	0.100970517002	0.00213204646892	0.0935189232001	-0.00295198788256	-0.0551931867923	0.148566223448	-0.0271558964917	0.00271313392509	0.163309233271	-0.0266854501936	0.15173719783	-28.0032067084	93.9583678618	37.4533817661
2	3.02818895647	0.283835016421	0.548392263921	0.401885182134	-0.139013872898	0.111624912202	0.0235260395565	0.387733758261	-0.0316963806448	-0.0884452023931	0.00288802544652	0.0249929346914	-0.00339656761011	0.0396585824201	-0.0238129677701	0.199984257117	0.00904703999066	0.00239178012647	0.224762412373	-0.0232781349405	0.135463480301	-11.5547631715	80.8838302269	31.5986535104
3	2.10324432825	-1.99665545582	-2.41618262333	4.06030963967	-0.43729404684	7.6199660446	0.0999457142335	0.197324596053	-0.244013697448	-0.904340265604	-0.108926039458	0.217643342603	0.584326498772	-0.251461947492	0.0587804105647	0.265686684839	-0.0898416735325	0.0122397535038	0.211153218715	0.0883439441697	0.355886098647	-12.2914320595	72.560046441	44.3763099198
4	2.28965143536	-0.450344566878	-0.767022951857	0.0697128628236	0.149030406519	0.286526898236	0.409588494282	-0.0874518149401	0.390281113383	0.247699528315	-0.0700336016131	0.0983530590109	0.0644497826282	0.0112684153753	-0.306318703155	0.216137517963	-0.0728998178215	0.0763748124759	0.316347017762	-0.00747982436828	0.243684084985	-27.3805714862	86.7873389466	67.5988545897
5	4.84708190604	5.4047655695	-4.74850161299	6.21941187801	-4.97007399231	5.44241482365	0.305679033292	-0.417854754435	0.188720139888	0.186289872501	-0.348708502262	0.25420506056	-0.249253309857	0.186459469706	0.097745873662	0.130135123661	0.000528322282244	0.0260857511652	0.223572859638	-0.00552825377884	0.199423149664	-25.6391811288	87.0804742415	60.1682301837
6	4.64648669743	1.26718562282	1.16394797952	0.874630816269	0.336964899213	1.41655872564	0.0909155704322	-0.0878012351055	0.0236910124955	0.0876166607254	-0.0465756371147	-0.100161125866	0.163692022274	-0.105092045768	-0.0344116976697	0.139022389948	-0.0052510694901	0.0194831494529	0.107404343568	-0.0165558238504	0.124067801414	-20.4232982542	87.8730723736	55.1102186103
7	4.55483886988	4.55853663534	-0.752850338883	4.83188747828	-1.2953188414	1.34611151404	0.022088827432	0.252118162443	0.138180616023	0.648580572179	0.466257349749	0.1117285983	0.193076093945	0.295653115768	-0.224299649568	0.209176400782	0.0122440969271	0.0367802424132	0.175233391702	-0.0232252531413	0.188643858871	-30.6130730319	98.8251066331	51.0358241044
8	3.25421051407	3.0293770792	-0.569234025615	4.15480539357	-2.93681365146	4.83149962367	-0.0603772285201	0.120290251025	-0.218742574793	0.280116972324	-0.267431245368	-0.435393619115	-0.0137666513377	-0.282037172035	0.215093855976	0.232638351048	0.0216427874459	0.0238341485742	0.278711603295	-0.0756173184879	0.192278658312	-32.2468671773	109.112698731	56.7437238481
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11	5.61020785355	-0.869950683537	-0.765756524289	3.30757348786	-0.583032908598	4.02544686735	0.172374381868	-0.557180759332	-0.0983127995081	0.481322123798	-0.213377250331	-0.29849411563	0.224490259358	0.211955175463	0.0545581531907	0.293274802398	-0.0815806341656	-0.0510405286495	0.208543702759	8.43206872181E-5	0.206181851402	-18.8401177896	115.577836196	63.4334074489
12	8.16190897176	7.33690046175	-2.30132456357	7.39853678379	-2.25596902897	1.96640421137	0.419638962605	-0.177664305848	0.0703640109146	0.879928542192	-0.2981978397	0.645355677208	-0.450747940164	-0.350872867805	-0.169581959728	0.341870322564	0.0730692153014	0.0669478225623	0.246537801339	0.0108727516677	0.251501844817	-38.993813955	106.525900049	73.4342073091
13	3.78569433284	5.05175977959	1.4003943347	8.95903838941	-0.287640788891	8.13449741389	0.299005777056	-0.123395636538	0.195462981804	0.772428923764	-0.189686814095	-0.037500298208	-0.420549413994	0.0599347021669	-0.0599263276965	0.38127240577	-0.0278799642196	0.0488068088828	0.286759833746	0.0277116370364	0.191015974935	-37.5773563662	95.7977130513	77.3511493899

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 660 through 769 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 770 through 960 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 660 through 675 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 676 through 705 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 706 through 730 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 731 through 773 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 774 through 798 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 799 through 815 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 816 through 836 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 837 through 857 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 858 through 918 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 919 through 943 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 944 through 963 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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