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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7q0d | ||||||
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タイトル | Human carbonic anhydrase I in complex with Methyl 2-(benzenesulfonyl)-4-chloro-5-sulfamoylbenzoate | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase 1炭酸脱水酵素 | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / drug design (医薬品設計) / carbonic anhydrase (炭酸脱水酵素) / benzenesulfonamide / metal-binding / lyase-lyase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydro-lyase activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen ...hydro-lyase activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / one-carbon metabolic process / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.24 Å | ||||||
データ登録者 | Paketuryte-Latve, V. / Smirnov, A. / Manakova, E. / Grazulis, S. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021 タイトル: Methyl 2-Halo-4-Substituted-5-Sulfamoyl-Benzoates as High Affinity and Selective Inhibitors of Carbonic Anhydrase IX. 著者: Zaksauskas, A. / Capkauskaite, E. / Paketuryte-Latve, V. / Smirnov, A. / Leitans, J. / Kazaks, A. / Dvinskis, E. / Stancaitis, L. / Mickeviciute, A. / Jachno, J. / Jezepcikas, L. / ...著者: Zaksauskas, A. / Capkauskaite, E. / Paketuryte-Latve, V. / Smirnov, A. / Leitans, J. / Kazaks, A. / Dvinskis, E. / Stancaitis, L. / Mickeviciute, A. / Jachno, J. / Jezepcikas, L. / Linkuviene, V. / Sakalauskas, A. / Manakova, E. / Grazulis, S. / Matuliene, J. / Tars, K. / Matulis, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7q0d.cif.gz | 277.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7q0d.ent.gz | 222.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7q0d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/7q0d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/7q0d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 28906.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA1 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00915, 炭酸脱水酵素 |
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-非ポリマー , 6種, 868分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-PEG / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.03 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Crystallization buffer: 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 0.2 M ammonium acetate and 24% PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.0332 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月26日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.243→62.039 Å / Num. all: 151876 / Num. obs: 151876 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 12.9 % / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.083 / Rsym value: 0.075 / Net I/av σ(I): 3.2 / Net I/σ(I): 22 / Num. measured all: 1961733 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1CAB 1cab 解像度: 1.24→55.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 691.13 Å2 / Biso mean: 17.893 Å2 / Biso min: 5.73 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.24→55.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.243→1.275 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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