PDB-7plf: Human Carbonic Anhydrase I in complex with clorsulon

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7plf

タイトル

Human Carbonic Anhydrase I in complex with clorsulon

要素

Carbonic anhydrase 1

炭酸脱水酵素

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

carbonic anhydrase I (炭酸脱水酵素) / clorsulon /

inhibitor (酵素阻害剤) /

sulfonamide (スルホンアミド) /

metalloenzyme (金属タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

hydro-lyase activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation /

cyanamide hydratase /

cyanamide hydratase activity /

arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide /

炭酸脱水酵素 /

carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.461 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Inhibition of Schistosoma mansoni carbonic anhydrase by the antiparasitic drug clorsulon: X-ray crystallographic and in vitro studies.
著者: Ferraroni, M. / Angeli, A. / Carradori, S. / Supuran, C.T.

履歴

登録	2021年8月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7plf.cif.gz	128.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7plf.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7plf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/7plf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/7plf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7priC 1jv0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase 1

BBB: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

58.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー

2

BBB: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.270, 71.340, 121.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 1 / 炭酸脱水酵素 / Carbonate dehydratase I / Carbonic anhydrase B / CAB / Carbonic anhydrase I / CA-I 分子量: 28906.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00915, 炭酸脱水酵素
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-7TI / 4-azanyl-6-[1,2,2-tris(chloranyl)ethenyl]benzene-1,3-disulfonamide / clorsulon / クロルスロン分子量: 380.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₈Cl₃N₃O₄S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 28-31% PEG4000, 0.2 M Sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5-9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9718 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9718 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.46→46.92 Å / Num. obs: 94318 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.46 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.063 / R_rim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 20
反射シェル	解像度: 1.46→1.5 Å / 冗長度: 12.63 % / R_merge(I) obs: 1.191 / Num. unique obs: 6929 / CC_1/2: 0.838 / R_rim(I) all: 1.241 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1JV0

1jv0

解像度: 1.461→46.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 1.365 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.205	4682	4.964 %
R_work	0.1772	89636	-
all	0.179	-	-
obs	-	94318	99.974 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.143 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.506 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.446 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.461→46.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4039	0	42	422	4503

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	4224
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3800
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.825	1.639	5769
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.48	1.584	8805
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.3	5	525
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.823	23.816	207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.972	15	669
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.149	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	541
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	4951
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	969
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	775
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	3661
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	2005
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1993
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	290
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.074	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.192	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.176	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.914	2.116	2070
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.906	2.116	2069
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.59	3.176	2589
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.584	3.175	2588
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.389	2.418	2154
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.297	2.406	2149
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.987	3.508	3174
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.863	3.494	3169
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.699	25.759	4660
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.681	25.765	4660

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.461-1.499	0.276	371	0.273	6552	X-RAY DIFFRACTION	99.9134
1.499-1.54	0.277	313	0.245	6385	X-RAY DIFFRACTION	99.9702
1.54-1.585	0.267	342	0.223	6202	X-RAY DIFFRACTION	99.9694
1.585-1.633	0.228	296	0.218	6052	X-RAY DIFFRACTION	99.9843
1.633-1.687	0.247	302	0.202	5867	X-RAY DIFFRACTION	99.9838
1.687-1.746	0.235	294	0.192	5667	X-RAY DIFFRACTION	99.9832
1.746-1.812	0.2	294	0.18	5490	X-RAY DIFFRACTION	99.9827
1.812-1.886	0.204	256	0.177	5280	X-RAY DIFFRACTION	99.9639
1.886-1.969	0.214	271	0.177	5061	X-RAY DIFFRACTION	99.9812
1.969-2.066	0.216	242	0.18	4870	X-RAY DIFFRACTION	99.9804
2.066-2.177	0.213	241	0.181	4605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.177-2.309	0.201	221	0.174	4435	X-RAY DIFFRACTION	99.9785
2.309-2.468	0.197	220	0.169	4109	X-RAY DIFFRACTION	100
2.468-2.666	0.226	212	0.174	3832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.666-2.919	0.2	185	0.17	3570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.919-3.263	0.211	192	0.175	3235	X-RAY DIFFRACTION	99.9708
3.263-3.766	0.184	148	0.172	2869	X-RAY DIFFRACTION	100
3.766-4.608	0.176	120	0.145	2461	X-RAY DIFFRACTION	100
4.608-6.499	0.169	114	0.161	1941	X-RAY DIFFRACTION	99.9514
6.499-46.957	0.209	48	0.187	1154	X-RAY DIFFRACTION	99.6683

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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