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- PDB-7pks: Structural basis of Integrator-mediated transcription regulation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pks
タイトルStructural basis of Integrator-mediated transcription regulation
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase ...ポリメラーゼ) x 7
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...RNAポリメラーゼ) x 2
  • (Integrator complex subunit ...積分器) x 9
  • (Negative elongation factor ...) x 4
  • (RNA polymerase II subunit ...RNAポリメラーゼII) x 2
  • (Serine/threonine-protein phosphatase 2A ...) x 2
  • DNA Template
  • Non-template DNA
  • RNA_pol_L_2 domain-containing protein
  • RPBI C-terminal domain peptide
  • TAR RNA
  • Transcription elongation factor SPT5
  • Unknown
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Promoter proximal pausing / attenuation (減衰) / snRNA termination / Integrator complex (積分器)
機能・相同性
機能・相同性情報


U2 snRNA 3'-end processing / NELF complex / positive regulation of protein modification process / snRNA processing / integrator complex / intercellular transport / snRNA 3'-end processing / meiotic spindle elongation / Integration of energy metabolism / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors ...U2 snRNA 3'-end processing / NELF complex / positive regulation of protein modification process / snRNA processing / integrator complex / intercellular transport / snRNA 3'-end processing / meiotic spindle elongation / Integration of energy metabolism / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / regulation of microtubule binding / NTRK3 as a dependence receptor / negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / MASTL Facilitates Mitotic Progression / mitotic sister chromatid separation / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / protein phosphatase type 2A complex / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / peptidyl-serine dephosphorylation / : / DSIF complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / peptidyl-threonine dephosphorylation / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of microtubule binding / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / female meiotic nuclear division / protein antigen binding / ceramide metabolic process / protein phosphatase regulator activity / GABA receptor binding / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / ERKs are inactivated / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / negative regulation of stem cell differentiation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / nuclear lumen / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / : / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / regulation of growth / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / : / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / inner cell mass cell proliferation / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / CTLA4 inhibitory signaling / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / Platelet sensitization by LDL / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / negative regulation of MAPK cascade / mRNA Capping / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / protein-serine/threonine phosphatase
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF3677 / Integrator complex subunit 2, metazoa / Integrator complex subunit 2 / Integrator complex subunit 5, C-terminal / Integrator complex subunit 5, N-terminal / Integrator complex subunit 7 / Integrator complex subunit 8 / Integrator complex subunit 1 / Integrator complex subunit 5 / Protein of unknown function (DUF3677) ...Domain of unknown function DUF3677 / Integrator complex subunit 2, metazoa / Integrator complex subunit 2 / Integrator complex subunit 5, C-terminal / Integrator complex subunit 5, N-terminal / Integrator complex subunit 7 / Integrator complex subunit 8 / Integrator complex subunit 1 / Integrator complex subunit 5 / Protein of unknown function (DUF3677) / Integrator complex subunit 2 / Integrator complex subunit 5 N-terminus / Integrator complex subunit 5 C-terminus / INTS6/SAGE1/DDX26B/CT45, C-terminal / INTS6/SAGE1/DDX26B/CT45 C-terminus / Cofactor of BRCA1 / Cofactor of BRCA1 (COBRA1) / : / : / Integrator IntS9, C-terminal domain / Integrator IntS11, C-terminal domain / TH1 protein / Integrator complex subunit 9 / Integrator complex subunit 11, MBL-fold / TH1 protein / Sister chromatid cohesion protein PDS5 protein / Hepatitis delta antigen (HDAg) domain / Hepatitis delta antigen (HDAg) domain profile. / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / : / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Spt5, KOW domain repeat 6 / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / HEATリピート / Spt5 C-terminal domain / HEATリピート / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / RNA-binding domain, S1 / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / von Willebrand factor type A domain / HEAT repeats / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / Metallo-dependent phosphatase-like / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Rpb4/RPC9 superfamily / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 ...: / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / RNA polymerase II, I and III subunit K / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / Transcription elongation factor SPT5 / Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform / Integrator complex subunit 11 / Integrator complex subunit 5 / Integrator complex subunit 8 / Negative elongation factor C/D / Integrator complex subunit 1 / Negative elongation factor B / Integrator complex subunit 4 / Integrator complex subunit 2 / Negative elongation factor A / Integrator complex subunit 9 / Integrator complex subunit 7 / Integrator complex subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa domesticus (ブタ)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Fianu, I. / Chen, Y. / Dienemann, C. / Cramer, P.
資金援助European Union, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1-390729940European Union
European Research Council (ERC)882357European Union
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Structural basis of Integrator-mediated transcription regulation.
著者: Isaac Fianu / Ying Chen / Christian Dienemann / Olexandr Dybkov / Andreas Linden / Henning Urlaub / Patrick Cramer /
要旨: Integrator and protein phosphatase 2A (PP2A) form a complex that dephosphorylates paused RNA polymerase II (Pol II), cleaves the nascent RNA, and terminates transcription. We report the structure of ...Integrator and protein phosphatase 2A (PP2A) form a complex that dephosphorylates paused RNA polymerase II (Pol II), cleaves the nascent RNA, and terminates transcription. We report the structure of the pretermination complex containing the human Integrator-PP2A complex bound to paused Pol II. Integrator binds Pol II and the pausing factors DSIF and NELF to exclude binding of the elongation factors SPT6 and PAF1 complex. Integrator also binds the C-terminal domain of Pol II and positions PP2A to counteract Pol II phosphorylation and elongation. The Integrator endonuclease docks to the RNA exit site and opens to cleave nascent RNA about 20 nucleotides from the Pol II active site. Integrator does not bind the DNA clamps formed by Pol II and DSIF, enabling release of DNA and transcription termination.
履歴
登録2021年8月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13479
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
D: RNA polymerase II subunit D
E: DNA-directed RNA polymerase II subunit E
F: DNA-directed RNA polymerase II subunit F
G: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
K: RNA_pol_L_2 domain-containing protein
L: RNA polymerase II subunit K
M: RPBI C-terminal domain peptide
N: Non-template DNA
P: TAR RNA
T: DNA Template
U: Negative elongation factor A
V: Negative elongation factor B
W: Negative elongation factor C/D
X: Negative elongation factor E
Z: Transcription elongation factor SPT5
a: Integrator complex subunit 1
b: Integrator complex subunit 2
d: Integrator complex subunit 4
e: Integrator complex subunit 5
f: Integrator complex subunit 6
g: Integrator complex subunit 7
h: Integrator complex subunit 8
i: Integrator complex subunit 9
k: Integrator complex subunit 11
p: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
q: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform
u: Unknown
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,033,39946
ポリマ－2,032,61133
非ポリマー78813
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area155880 Å2
ΔGint-915 kcal/mol
Surface area520020 Å2

-
要素

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DNA-directed RNA polymerase ... , 7種, 7分子 ABCEFGI

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit / ポリメラーゼ


分子量: 217450.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A7M4DUC2, ポリメラーゼ
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / ポリメラーゼ


分子量: 134041.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 組織: Thymus胸腺 / 参照: UniProt: A0A0B8RVL1, ポリメラーゼ
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / ポリメラーゼ


分子量: 31439.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 組織: Thymus胸腺 / 参照: UniProt: A0A481DF93
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit E / ポリメラーゼ / RPB5 homolog


分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: I3LSI7
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit F / ポリメラーゼ / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III subunit RPABC2 / RPB6 homolog


分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 組織: thymus胸腺 / 参照: UniProt: F1SKN8
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / ポリメラーゼ


分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: I3LJZ9
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / ポリメラーゼ / RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 ...RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 kDa subunit / RPB14.5


分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 組織: Thymus胸腺 / 参照: UniProt: P60899

+
RNA polymerase II subunit ... , 2種, 2分子 DL

#4: タンパク質 RNA polymerase II subunit D / RNAポリメラーゼII


分子量: 16331.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 組織: Thymus胸腺 / 参照: UniProt: A0A287ADR4
#12: タンパク質 RNA polymerase II subunit K / RNAポリメラーゼII


分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 組織: thymus胸腺 / 参照: UniProt: I3LN51

+
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 2種, 2分子 HJ

#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNAポリメラーゼ


分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 組織: Thymus胸腺 / 参照: UniProt: A0A4X1ULF2
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / RNAポリメラーゼ


分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 組織: Thymus胸腺 / 参照: UniProt: A0A7K6NXI9

+
タンパク質 , 2種, 2分子 KZ

#11: タンパク質 RNA_pol_L_2 domain-containing protein


分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 組織: thymus胸腺 / 参照: UniProt: A0A4X1UK25
#21: タンパク質 Transcription elongation factor SPT5 / hSPT5 / DRB sensitivity-inducing factor 160 kDa subunit / DSIF p160 / DRB sensitivity-inducing ...hSPT5 / DRB sensitivity-inducing factor 160 kDa subunit / DSIF p160 / DRB sensitivity-inducing factor large subunit / DSIF large subunit / Tat-cotransactivator 1 protein / Tat-CT1 protein


分子量: 121145.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT5H, SPT5, SPT5H / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O00267

+
タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 Mu

#13: タンパク質・ペプチド RPBI C-terminal domain peptide


分子量: 1356.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 組織: thymus胸腺 / 参照: UniProt: I3LJR4, ポリメラーゼ
#33: タンパク質・ペプチド Unknown


分子量: 2416.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#14: DNA鎖 Non-template DNA


分子量: 14712.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
#16: DNA鎖 DNA Template


分子量: 14910.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

+
RNA鎖 , 1種, 1分子 P

#15: RNA鎖 TAR RNA


分子量: 5410.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

+
Negative elongation factor ... , 4種, 4分子 UVWX

#17: タンパク質 Negative elongation factor A / NELF-A / Wolf-Hirschhorn syndrome candidate 2 protein


分子量: 57343.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NELFA, WHSC2, P/OKcl.15 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9H3P2
#18: タンパク質 Negative elongation factor B / NELF-B / Cofactor of BRCA1


分子量: 68672.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NELFB, COBRA1, KIAA1182 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8WX92
#19: タンパク質 Negative elongation factor C/D / NELF-C/D / TH1-like protein


分子量: 68544.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NELFCD, NELFD, TH1, TH1L, HSPC130 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8IXH7
#20: タンパク質・ペプチド Negative elongation factor E


分子量: 1890.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NELFE, RD, RDBP / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
Integrator complex subunit ... , 9種, 9分子 abdefghik

#22: タンパク質 Integrator complex subunit 1 / 積分器 / Int1


分子量: 244574.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS1, KIAA1440, UNQ1821/PRO3434 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8N201
#23: タンパク質 Integrator complex subunit 2 / 積分器 / Int2


分子量: 134451.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS2, KIAA1287 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9H0H0
#24: タンパク質 Integrator complex subunit 4 / 積分器 / Int4


分子量: 108306.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS4, MSTP093 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96HW7
#25: タンパク質 Integrator complex subunit 5 / / Int5


分子量: 108115.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS5, KIAA1698 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6P9B9
#26: タンパク質 Integrator complex subunit 6 / 積分器 / Int6 / DBI-1 / Protein DDX26 / Protein deleted in cancer 1 / DICE1


分子量: 100527.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS6, DBI1, DDX26, DDX26A / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UL03
#27: タンパク質 Integrator complex subunit 7 / 積分器 / Int7


分子量: 106952.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS7, C1orf73 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NVH2
#28: タンパク質 Integrator complex subunit 8 / 積分器 / Int8 / Protein kaonashi-1


分子量: 113219.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS8, C8orf52 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q75QN2
#29: タンパク質 Integrator complex subunit 9 / 積分器 / Int9 / Protein related to CPSF subunits of 74 kDa / RC-74


分子量: 73891.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS9, RC74 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NV88
#30: タンパク質 Integrator complex subunit 11 / 積分器 / Int11 / Cleavage and polyadenylation-specific factor 3-like protein / CPSF3-like protein / Protein ...Int11 / Cleavage and polyadenylation-specific factor 3-like protein / CPSF3-like protein / Protein related to CPSF subunits of 68 kDa / RC-68


分子量: 67770.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS11, CPSF3L, RC68 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q5TA45, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ

+
Serine/threonine-protein phosphatase 2A ... , 2種, 2分子 pq

#31: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform / Medium tumor antigen-associated 61 kDa protein / PP2A subunit A isoform PR65-alpha / PP2A subunit A ...Medium tumor antigen-associated 61 kDa protein / PP2A subunit A isoform PR65-alpha / PP2A subunit A isoform R1-alpha


分子量: 65378.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP2R1A / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P30153
#32: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform / PP2A-alpha / Replication protein C / RP-C


分子量: 35635.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP2CA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: P67775, protein-serine/threonine phosphatase

+
非ポリマー , 3種, 13分子

#34: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#35: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#36: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

+
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1PEC-Integrator-PP2A complexCOMPLEX#1-#330MULTIPLE SOURCES
2Pol II-ECCOMPLEX#1-#161NATURAL
3human Integrator-PP2A complexCOMPLEX#22-#331RECOMBINANT
4NELFCOMPLEX#17-#201RECOMBINANT
5DSIFCOMPLEX#211RECOMBINANT
6Non-template DNACOMPLEX#141MULTIPLE SOURCES
7RNAリボ核酸COMPLEX#151RECOMBINANT
8Template DNACOMPLEX#161RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
112 MDaNO
211.5 MDa
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Sus scrofa domesticus (ブタ)9825
23Homo sapiens (ヒト)9606
34Homo sapiens (ヒト)9606
45Homo sapiens (ヒト)9606
56Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)32630
67Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)32630
78Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
13Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
24Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
35Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
46synthetic construct (人工物)32630
57Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
68Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TITAN
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER
撮影平均露光時間: 2.21 sec. / 電子線照射量: 46.18 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 45000

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4WarpCTF補正
7UCSF Chimera1.13モデルフィッティング
9PHENIX1.14モデル精密化
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 4437434
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 614283 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
16GML

6gml

1
27CUN

7cun

1
37BFP

7bfp

1
43DW8

3dw8

1
精密化交差検証法: THROUGHOUT
原子変位パラメータBiso max: 378.61 Å2 / Biso mean: 92.0181 Å2 / Biso min: 20.91 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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