+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7n36 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of wild-type human gamma(S)-crystallin | ||||||
要素 | Gamma-crystallin S | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / crystallin (クリスタリン) / human crystallin (クリスタリン) / gamma(S) crystallin / eye lens protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / 視覚 / morphogenesis of an epithelium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Norton-Baker, B. / Mehrabi, P. / Martin, R.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2022 タイトル: Deamidation of the human eye lens protein gamma S-crystallin accelerates oxidative aging. 著者: Norton-Baker, B. / Mehrabi, P. / Kwok, A.O. / Roskamp, K.W. / Rocha, M.A. / Sprague-Piercy, M.A. / von Stetten, D. / Miller, R.J.D. / Martin, R.W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7n36.cif.gz | 88.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7n36.ent.gz | 64.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7n36.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/7n36 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/7n36 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
2 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20959.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRYGS, CRYG8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22914 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.26 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Morpheus condition G5 (0.1 M Carboxylic Acids Mix, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5, 30 % v/v Precipitant Mix 1) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9762 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→46.89 Å / Num. obs: 20807 / % possible obs: 97.42 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 39.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.29 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Num. unique obs: 2056 / CC1/2: 0.782 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6FD8 解像度: 2→46.89 Å / SU ML: 0.2381 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.9133 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.59 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→46.89 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|