PDB-7my6: Se-CrtE C-term His-tag with IPP added

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7my6

タイトル

Se-CrtE C-term His-tag with IPP added

要素

Farnesyl-diphosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Prenyl transferase (プレニル基転移酵素) /

Isopentenyl pyrophosphate (イソペンテニル二リン酸) /

Dimethylallyl pyrophosphate (ジメチルアリル二リン酸) /

cyanobacteria (藍藻) /

terpenoids (テルペノイド)

機能・相同性

機能・相同性情報

(2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase /

geranyltranstransferase activity / isoprenoid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Peat, T.S. / Newman, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: Molecular characterization of cyanobacterial short-chain prenyltransferases and discovery of a novel GGPP phosphatase.
著者: Satta, A. / Esquirol, L. / Ebert, B.E. / Newman, J. / Peat, T.S. / Plan, M. / Schenk, G. / Vickers, C.E.

履歴

登録	2021年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7my6.cif.gz	134.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7my6.ent.gz	98.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7my6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/7my6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/7my6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7mxzSC 7my0C 7my1C 7my7C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Farnesyl-diphosphate synthase

B: Farnesyl-diphosphate synthase

ヘテロ分子

68.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.423, 144.627, 48.066
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.249, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Farnesyl-diphosphate synthase 分子量: 33592.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805 (バクテリア) 株: PCC 7942 / FACHB-805 / 遺伝子: Synpcc7942_0776 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q31Q61, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase

-
非ポリマー , 7種, 264分子

#2: 化合物	ChemComp-IPE / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / ISOPENTENYL PYROPHOSPHATE / イソペンテニル二りん酸 / イソペンテニル二リン酸分子量: 246.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 200 nL of protein at 10 mg/mL was added to 200 nL of reservoir consisting of 90 mM CHES pH 9.5, 180 mM magnesium sulfate, 100 mM trisodium citrate, 22.5% (w/v) PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→48.21 Å / Num. obs: 45579 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.986 / R_merge(I) obs: 0.345 / R_pim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 5.7
反射シェル	解像度: 1.94→1.99 Å / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 2.327 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3076 / CC_1/2: 0.392 / R_pim(I) all: 0.781

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7mxz

7mxz

解像度: 2.02→45.482 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / WR_factor R_free: 0.189 / WR_factor R_work: 0.163 / SU B: 5.122 / SU ML: 0.134 / Average fsc free: 0.9021 / Average fsc work: 0.9103 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.15 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2088	2053	5.092 %
R_work	0.1804	38268	-
all	0.182	-	-
obs	-	40321	99.866 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.581 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.512 Å²	-0 Å²	-0.154 Å²
2-	-	-1.333 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.842 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→45.482 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4347	0	63	248	4658

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	4503
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	4376
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.407	1.635	6115
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.393	1.575	10058
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.161	5	577
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.028	21.786	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.13	10	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.325	15	749
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.68	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	610
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5067
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	949
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	4081
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	2272
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1881
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	249
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.167	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.092	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.153	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.662	2.184	2308
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.662	2.182	2307
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.639	3.257	2885
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.639	3.258	2886
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.62	2.556	2195
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.59	2.539	2180
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.122	3.694	3230
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.105	3.666	3207
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.738	41.143	19679
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.685	41.098	19506

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.02-2.072	0.277	159	0.278	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.072-2.129	0.293	134	0.238	2755	X-RAY DIFFRACTION	99.9308
2.129-2.191	0.225	145	0.23	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.9649
2.191-2.258	0.221	133	0.216	2588	X-RAY DIFFRACTION	99.9633
2.258-2.332	0.233	151	0.199	2487	X-RAY DIFFRACTION	100
2.332-2.413	0.233	135	0.19	2456	X-RAY DIFFRACTION	99.9229
2.413-2.504	0.199	127	0.18	2352	X-RAY DIFFRACTION	100
2.504-2.606	0.251	118	0.177	2220	X-RAY DIFFRACTION	99.9572
2.606-2.722	0.195	136	0.174	2193	X-RAY DIFFRACTION	100
2.722-2.854	0.237	124	0.176	2079	X-RAY DIFFRACTION	99.9546
2.854-3.008	0.215	107	0.166	1987	X-RAY DIFFRACTION	99.9523
3.008-3.189	0.199	80	0.164	1852	X-RAY DIFFRACTION	99.3316
3.189-3.408	0.195	64	0.168	1787	X-RAY DIFFRACTION	100
3.408-3.68	0.188	70	0.164	1666	X-RAY DIFFRACTION	99.9424
3.68-4.028	0.212	82	0.155	1512	X-RAY DIFFRACTION	99.9373
4.028-4.499	0.15	87	0.148	1357	X-RAY DIFFRACTION	100
4.499-5.187	0.171	77	0.148	1192	X-RAY DIFFRACTION	99.9213
5.187-6.332	0.208	57	0.212	1030	X-RAY DIFFRACTION	99.9081
6.332-8.869	0.173	51	0.146	783	X-RAY DIFFRACTION	99.2857
8.869-45.482	0.162	16	0.163	470	X-RAY DIFFRACTION	98.5801

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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