PDB-7my1: Sy-CrtE structure with IPP, N-term His-tag

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7my1

タイトル

Sy-CrtE structure with IPP, N-term His-tag

要素

Geranylgeranyl pyrophosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Prenyl transferase (プレニル基転移酵素) /

Isopentenyl pyrophosphate (イソペンテニル二リン酸) /

Dimethylallyl pyrophosphate (ジメチルアリル二リン酸) /

cyanobacteria (藍藻) /

terpenoids (テルペノイド)

機能・相同性

機能・相同性情報

prenyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Peat, T.S. / Newman, J.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: Molecular characterization of cyanobacterial short-chain prenyltransferases and discovery of a novel GGPP phosphatase.
著者: Satta, A. / Esquirol, L. / Ebert, B.E. / Newman, J. / Peat, T.S. / Plan, M. / Schenk, G. / Vickers, C.E.

履歴

登録	2021年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年11月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7my1.cif.gz	77.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7my1.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7my1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/7my1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/7my1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7mxzSC 7my0C 7my6C 7my7C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (6)

登録構造単位

AAA: Geranylgeranyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

35.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Geranylgeranyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

AAA: Geranylgeranyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
70.2 kDa, 2 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.720, 73.261, 68.817
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.170, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-601- HOH
2	1	AAA-609- HOH
3	1	AAA-611- HOH

#1: タンパク質	Geranylgeranyl pyrophosphate synthase 分子量: 34707.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: crtE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P72683
#2: 化合物	ChemComp-IPE / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / ISOPENTENYL PYROPHOSPHATE / イソペンテニル二りん酸 / イソペンテニル二リン酸分子量: 246.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Protein was at 10 mg/mL and the drops were 200 nL plus 200 nL with the reservoir being 22.5% PEG 3350, 0.3M MgCl2, 0.1M Na-HEPES pH 6.55

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→45.16 Å / Num. obs: 24629 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.1 / R_pim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 1.84→1.88 Å / R_merge(I) obs: 1.367 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1295 / CC_1/2: 0.574 / R_pim(I) all: 0.587 / % possible all: 85.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7mxz

7mxz

解像度: 1.84→45.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 4.61 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.135 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2321	1160	4.711 %
R_work	0.1884	23465	-
all	0.19	-	-
obs	-	24625	99.043 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.681 Å²	-0 Å²	-1.337 Å²
2-	-	0.77 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.225 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.84→45.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2097	0	19	111	2227

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	2194
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2127
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.575	1.639	2991
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.455	1.574	4888
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.342	5	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.292	22.642	106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.104	10	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.863	15	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.162	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	301
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2527
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	469
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	540
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	1871
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	936
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.211	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.163	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.543	3.007	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.544	3.004	1142
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.585	4.498	1434
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.584	4.502	1435
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.635	3.524	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.616	3.513	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.594	5.105	1557
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.592	5.106	1558
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.598	58.419	9546
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.612	58.421	9475

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.84-1.885	0.36	76	0.335	1529	X-RAY DIFFRACTION	89.5647
1.885-1.936	0.389	85	0.322	1688	X-RAY DIFFRACTION	99.8311
1.936-1.992	0.37	71	0.286	1673	X-RAY DIFFRACTION	99.8855
1.992-2.054	0.364	85	0.275	1587	X-RAY DIFFRACTION	99.9402
2.054-2.121	0.299	89	0.253	1550	X-RAY DIFFRACTION	100
2.121-2.195	0.333	76	0.248	1520	X-RAY DIFFRACTION	100
2.195-2.278	0.251	69	0.218	1461	X-RAY DIFFRACTION	100
2.278-2.371	0.245	71	0.21	1395	X-RAY DIFFRACTION	99.9318
2.371-2.476	0.22	67	0.205	1341	X-RAY DIFFRACTION	99.8582
2.476-2.597	0.234	64	0.202	1281	X-RAY DIFFRACTION	100
2.597-2.737	0.299	62	0.195	1218	X-RAY DIFFRACTION	100
2.737-2.903	0.228	67	0.197	1160	X-RAY DIFFRACTION	100
2.903-3.103	0.235	47	0.189	1091	X-RAY DIFFRACTION	99.9122
3.103-3.351	0.247	43	0.187	1022	X-RAY DIFFRACTION	99.8126
3.351-3.67	0.165	39	0.171	948	X-RAY DIFFRACTION	99.5964
3.67-4.101	0.23	35	0.147	847	X-RAY DIFFRACTION	99.7738
4.101-4.733	0.14	39	0.12	748	X-RAY DIFFRACTION	99.1184
4.733-5.789	0.206	39	0.144	629	X-RAY DIFFRACTION	99.1098
5.789-8.154	0.145	20	0.149	504	X-RAY DIFFRACTION	99.2424
8.154-45.16	0.174	16	0.133	273	X-RAY DIFFRACTION	96.6555

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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