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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xxd | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of the type IV pilin PilA4 from Thermus thermophilus | ||||||
要素 | PilA | ||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / Type IV pilin glycosylation twitching motility | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / cell outer membrane / membrane => GO:0016020 / ペリプラズム / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å | ||||||
データ登録者 | Neuhaus, A. / Gold, V.A.M. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Cryo-electron microscopy reveals two distinct type IV pili assembled by the same bacterium. 著者: Alexander Neuhaus / Muniyandi Selvaraj / Ralf Salzer / Julian D Langer / Kerstin Kruse / Lennart Kirchner / Kelly Sanders / Bertram Daum / Beate Averhoff / Vicki A M Gold / 要旨: Type IV pili are flexible filaments on the surface of bacteria, consisting of a helical assembly of pilin proteins. They are involved in bacterial motility (twitching), surface adhesion, biofilm ...Type IV pili are flexible filaments on the surface of bacteria, consisting of a helical assembly of pilin proteins. They are involved in bacterial motility (twitching), surface adhesion, biofilm formation and DNA uptake (natural transformation). Here, we use cryo-electron microscopy and mass spectrometry to show that the bacterium Thermus thermophilus produces two forms of type IV pilus ('wide' and 'narrow'), differing in structure and protein composition. Wide pili are composed of the major pilin PilA4, while narrow pili are composed of a so-far uncharacterized pilin which we name PilA5. Functional experiments indicate that PilA4 is required for natural transformation, while PilA5 is important for twitching motility. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xxd.cif.gz | 344.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xxd.ent.gz | 295.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xxd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/6xxd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/6xxd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13251.123 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 詳細: Sequence corresponds to the mature protein. The first 6 residues are removed by prepilin peptidase. 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: Q72JC0 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Thermus thermophilus wide pilus / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus HB27 (サーマス・サーモフィルス) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 47.6 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 92.5 ° / 軸方向距離/サブユニット: 9.33 Å / らせん対称軸の対称性: C1 |
3次元再構成 | 解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 65656 / 対称性のタイプ: HELICAL |