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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6u5e | |||||||||||||||
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タイトル | RT XFEL structure of CypA solved using celloluse carrier media | |||||||||||||||
要素 | Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A | |||||||||||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / Peptidyl-prolyl / cis-trans / cyclophilin | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / endothelial cell activation ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / endothelial cell activation / virion binding / Basigin interactions / cyclosporin A binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Calcineurin activates NFAT / viral release from host cell / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of viral genome replication / protein peptidyl-prolyl isomerization / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein dephosphorylation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / activation of protein kinase B activity / 好中球 / negative regulation of protein phosphorylation / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / positive regulation of protein secretion / Assembly Of The HIV Virion / negative regulation of protein kinase activity / Budding and maturation of HIV virion / neuron differentiation / 凝固・線溶系 / 血小板 / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / unfolded protein binding / integrin binding / フォールディング / Platelet degranulation / cellular response to oxidative stress / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of protein phosphorylation / focal adhesion / apoptotic process / Neutrophil degranulation / protein-containing complex / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Wolff, A.M. / Nango, E. / Nakane, T. / Young, I.D. / Brewster, A.S. / Sugahara, M. / Tanaka, R. / Sauter, N.K. / Tono, K. / Iwata, S. ...Wolff, A.M. / Nango, E. / Nakane, T. / Young, I.D. / Brewster, A.S. / Sugahara, M. / Tanaka, R. / Sauter, N.K. / Tono, K. / Iwata, S. / Fraser, J.S. / Thompson, M.C. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Iucrj / 年: 2020 タイトル: Comparing serial X-ray crystallography and microcrystal electron diffraction (MicroED) as methods for routine structure determination from small macromolecular crystals 著者: Wolff, A.M. / Young, I.D. / Sierra, R.G. / Brewster, A.S. / Martynowycz, M.W. / Nango, E. / Sugahara, M. / Nakane, T. / Ito, K. / Aquila, A. / Bhowmick, A. / Biel, J.T. / Carbajo, S. / Cohen, ...著者: Wolff, A.M. / Young, I.D. / Sierra, R.G. / Brewster, A.S. / Martynowycz, M.W. / Nango, E. / Sugahara, M. / Nakane, T. / Ito, K. / Aquila, A. / Bhowmick, A. / Biel, J.T. / Carbajo, S. / Cohen, A.E. / Cortez, S. / Gonzalez, A. / Hino, T. / Im, D. / Koralek, J.D. / Kubo, M. / Lazarou, T.S. / Nomura, T. / Owada, S. / Samelson, A. / Tanaka, T. / Tanaka, R. / Thompson, E.M. / van den Bedem, H. / Woldeyes, R.A. / Yumoto, F. / Zhao, W. / Tono, K. / Boutet, S. / Iwata, S. / Gonen, T. / Sauter, N.K. / Fraser, J.S. / Thompson, M.C. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6u5e.cif.gz | 141 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6u5e.ent.gz | 91.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6u5e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/6u5e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/6u5e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6u5cC 6u5dC 4yumS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.11577/1602169 / データの種類: diffraction image data |
実験データセット #2 | データ参照: 10.11577/1598261 / データの種類: diffraction image data |
実験データセット #3 | データ参照: 10.11577/1595660 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18036.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIA, CYPA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62937, プロリルイソメラーゼ |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.02 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: batch mode / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM HEPES, pH 7.5, 5 mM TCEP, 20% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.24 Å |
検出器 | タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.24 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.56→20 Å / Num. obs: 29527 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 261 % / Biso Wilson estimate: 24.82 Å2 / CC1/2: 0.993 / R split: 0.0794 / Net I/σ(I): 7.91 |
反射 シェル | 解像度: 1.56→1.58 Å / 冗長度: 40.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / Num. unique obs: 1477 / CC1/2: 0.586 / R split: 0.66 / % possible all: 100 |
Serial crystallography measurement | Pulse duration: 10 fsec. / XFEL pulse repetition rate: 30 Hz |
Serial crystallography sample delivery | 解説: Cellulose (Sugahara et al., 2017) / 手法: injection |
Serial crystallography data reduction | Frames indexed: 23947 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4YUM 解像度: 1.56→19.9 Å / SU ML: 0.1496 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.8797 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.56→19.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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