PDB-6tmt: Crystal structure of the chaperonin gp146 from the bacteriophage ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tmt

タイトル

Crystal structure of the chaperonin gp146 from the bacteriophage EL 2 (Pseudomonas aeruginosa) in presence of ATP-BeFx, crystal form I

要素

Putative GroEL-like chaperonine protein

キーワード

CHAPERONE (シャペロン) /

molecular chaperone (シャペロン) /

ATPase (ATPアーゼ) /

chaperonin

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP-dependent protein folding chaperone / protein refolding /

ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas phage EL (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 4.03 Å

データ登録者

Bracher, A. / Paul, S.S. / Wang, H. / Wischnewski, N. / Hartl, F.U. / Hayer-Hartl, M.

引用

ジャーナル: PLoS One / 年: 2020
タイトル: Structure and conformational cycle of a bacteriophage-encoded chaperonin.
著者: Andreas Bracher / Simanta S Paul / Huping Wang / Nadine Wischnewski / F Ulrich Hartl / Manajit Hayer-Hartl /

要旨: Chaperonins are ubiquitous molecular chaperones found in all domains of life. They form ring-shaped complexes that assist in the folding of substrate proteins in an ATP-dependent reaction cycle. Key ...

履歴

登録	2019年12月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tmt.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tmt.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tmt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/6tmt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/6tmt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	10528C 10529C 10530C 6tmuSC 6tmvC 6tmwC 6tmxC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tmu-d 6hdd-d 7k3z-d 4ki8-d 5w79-d 11950 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Putative GroEL-like chaperonine protein

B: Putative GroEL-like chaperonine protein

C: Putative GroEL-like chaperonine protein

D: Putative GroEL-like chaperonine protein

E: Putative GroEL-like chaperonine protein

F: Putative GroEL-like chaperonine protein

G: Putative GroEL-like chaperonine protein

ヘテロ分子

436 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.920, 149.427, 268.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 4

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	SER	ALA	ALA	A	A	2 - 129	2 - 129
2	1	1	SER	SER	ALA	ALA	B	B	2 - 129	2 - 129
3	1	1	SER	SER	ALA	ALA	C	C	2 - 129	2 - 129
4	1	1	SER	SER	ALA	ALA	D	D	2 - 129	2 - 129
5	1	1	SER	SER	ALA	ALA	E	E	2 - 129	2 - 129
6	1	1	SER	SER	ALA	ALA	F	F	2 - 129	2 - 129
7	1	1	SER	SER	ALA	ALA	G	G	2 - 129	2 - 129
1	2	1	ILE	ILE	MG	MG	A	A - H	425 - 601	425
2	2	1	ILE	ILE	MG	MG	B	B - J	425 - 601	425
3	2	1	ILE	ILE	MG	MG	C	C - L	425 - 601	425
4	2	1	ILE	ILE	MG	MG	D	D - N	425 - 601	425
5	2	1	ILE	ILE	MG	MG	E	E - P	425 - 601	425
6	2	1	ILE	ILE	MG	MG	F	F - R	425 - 601	425
7	2	1	ILE	ILE	MG	MG	G	G - U	425 - 601	425
1	1	2	ILE	ILE	ARG	ARG	A	A	130 - 189	130 - 189
2	1	2	ILE	ILE	ARG	ARG	B	B	130 - 189	130 - 189
3	1	2	ILE	ILE	ARG	ARG	C	C	130 - 189	130 - 189
4	1	2	ILE	ILE	ARG	ARG	D	D	130 - 189	130 - 189
5	1	2	ILE	ILE	ARG	ARG	E	E	130 - 189	130 - 189
6	1	2	ILE	ILE	ARG	ARG	F	F	130 - 189	130 - 189
7	1	2	ILE	ILE	ARG	ARG	G	G	130 - 189	130 - 189
1	2	2	LEU	LEU	GLY	GLY	A	A	390 - 424	390 - 424
2	2	2	LEU	LEU	GLY	GLY	B	B	390 - 424	390 - 424
3	2	2	LEU	LEU	GLY	GLY	C	C	390 - 424	390 - 424
4	2	2	LEU	LEU	GLY	GLY	D	D	390 - 424	390 - 424
5	2	2	LEU	LEU	GLY	GLY	E	E	390 - 424	390 - 424
6	2	2	LEU	LEU	GLY	GLY	F	F	390 - 424	390 - 424
7	2	2	LEU	LEU	GLY	GLY	G	G	390 - 424	390 - 424
1	1	3	THR	THR	LYS	LYS	A	A	190 - 389	190 - 389
2	1	3	THR	THR	LYS	LYS	B	B	190 - 389	190 - 389
3	1	3	THR	THR	LYS	LYS	C	C	190 - 389	190 - 389
4	1	3	THR	THR	LYS	LYS	D	D	190 - 389	190 - 389
5	1	3	THR	THR	LYS	LYS	E	E	190 - 389	190 - 389
6	1	3	THR	THR	LYS	LYS	F	F	190 - 389	190 - 389
7	1	3	THR	THR	LYS	LYS	G	G	190 - 389	190 - 389

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.609771, 0.580494, 0.539636), (-0.617919, 0.774568, -0.134986), (-0.496343, -0.251141, 0.831007)	28.73835, -7.60532, -10.28628
3	given	(-0.222562, 0.663892, 0.713942), (-0.768387, 0.331268, -0.547579), (-0.600039, -0.670454, 0.436399)	35.22678, -29.833469, -29.91441
4	given	(-0.897471, 0.236552, 0.372276), (-0.391935, -0.040549, -0.919099), (-0.20232, -0.970772, 0.129105)	16.39554, -48.31934, -45.346519
5	given	(-0.889662, -0.415953, -0.188372), (0.219296, -0.027372, -0.975274), (0.400512, -0.908974, 0.115569)	-14.11369, -50.355919, -43.098469
6	given	(-0.207059, -0.760056, -0.615988), (0.680049, 0.340825, -0.649131), (0.70332, -0.553311, 0.446304)	-32.352859, -32.375099, -27.11867
7	given	(0.619954, -0.60584, -0.498613), (0.58683, 0.779838, -0.217904), (0.520853, -0.157511, 0.838989)	-26.600031, -11.74083, -8.45137
8	given	(1), (1), (1)
9	given	(0.599469, 0.589169, 0.541771), (-0.623621, 0.76811, -0.145274), (-0.501731, -0.250773, 0.827876)	29.71105, -7.83244, -9.99128
10	given	(-0.221983, 0.656225, 0.721174), (-0.761177, 0.345612, -0.548782), (-0.609371, -0.670761, 0.422784)	35.334099, -30.165751, -29.50313
11	given	(-0.8991, 0.225628, 0.375115), (-0.398027, -0.064722, -0.915088), (-0.182192, -0.972061, 0.147997)	16.544439, -48.056961, -45.4016
12	given	(-0.887935, -0.417561, -0.192909), (0.219728, -0.016614, -0.97542), (0.404092, -0.908497, 0.106502)	-14.17602, -50.291592, -42.87365
13	given	(-0.206852, -0.76898, -0.604882), (0.66784, 0.340834, -0.661681), (0.714984, -0.540834, 0.443054)	-32.38472, -33.326038, -26.09971
14	given	(0.634412, -0.591714, -0.497389), (0.588375, 0.786965, -0.185742), (0.501335, -0.174814, 0.84741)	-25.46269, -9.21303, -9.29786
15	given	(1), (1), (1)
16	given	(0.633946, 0.557778, 0.535721), (-0.597532, 0.793028, -0.118589), (-0.490988, -0.244931, 0.836026)	27.349449, -8.03585, -10.27759
17	given	(-0.177019, 0.654187, 0.735326), (-0.75954, 0.384334, -0.524773), (-0.62591, -0.651404, 0.428847)	34.008129, -30.88228, -29.44207
18	given	(-0.887078, 0.23847, 0.395253), (-0.42076, -0.065505, -0.904804), (-0.189878, -0.968938, 0.158446)	16.472099, -48.750919, -45.57275
19	given	(-0.877992, -0.455076, -0.148446), (0.170943, -0.00842, -0.985245), (0.447111, -0.890413, 0.085185)	-12.97519, -53.049889, -40.712921
20	given	(-0.226013, -0.777335, -0.587085), (0.656567, 0.323654, -0.681299), (0.719609, -0.539443, 0.437223)	-32.763729, -35.60397, -26.10228
21	given	(0.629929, -0.580942, -0.515456), (0.609513, 0.781115, -0.135478), (0.481335, -0.228836, 0.846139)	-26.148331, -5.73957, -12.62714

#1: タンパク質	Putative GroEL-like chaperonine protein 分子量: 61760.941 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas phage EL (ファージ) / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2Z0T5
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸分子量: 507.181 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 5 % PEG-4000, 0.2 M Na-acetate and 0.1 M Na3-citrate pH 5.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID30B / 波長: 0.85 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.85 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 4.03→48.98 Å / Num. obs: 46685 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.344 / R_pim(I) all: 0.099 / R_rim(I) all: 0.359 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 602390

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
4.03-4.17	13.7	1.891	62099	4519	0.661	0.528	1.964	1.6	100
15.61-48.98	10.1	0.063	8978	888	0.997	0.021	0.067	22.2	97

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R rigid body: 0

	最高解像度	最低解像度
Rotation	48.98 Å	4.11 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	VERSION Jan 26, 2018	データ削減
Aimless	0.5.28	データスケーリング
MOLREP	11.4.06	位相決定
REFMAC	5.8.0155	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6TMU

6tmu

解像度: 4.03→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.908 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / SU B: 164.035 / SU ML: 0.941 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.999
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2991	2214	4.8 %	RANDOM
R_work	0.2562	-	-	-
obs	0.2583	44298	99.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 415.04 Å² / B_iso mean: 170.382 Å² / B_iso min: 84.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.89 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-4.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 4.03→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29155	0	224	0	29379
B_iso mean	-	-	112.43	-	-
残基数	-	-	-	-	3815

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	29848
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	28259
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.067	1.969	40558
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.852	3	64743
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.427	5	3801
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.721	24.45	1337
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.193	15	4984
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.004	15	203
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	4781
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	34006
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	6664

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	3841	MEDIUM POSITIONAL	0.16	0.5
1	2	B	3841	MEDIUM POSITIONAL	0.19	0.5
1	3	C	3841	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.5
1	4	D	3841	MEDIUM POSITIONAL	0.17	0.5
1	5	E	3841	MEDIUM POSITIONAL	0.19	0.5
1	6	F	3841	MEDIUM POSITIONAL	0.17	0.5
1	7	G	3841	MEDIUM POSITIONAL	0.19	0.5
1	1	A	3841	MEDIUM THERMAL	5.58	2
1	2	B	3841	MEDIUM THERMAL	5.19	2
1	3	C	3841	MEDIUM THERMAL	5.68	2
1	4	D	3841	MEDIUM THERMAL	5.13	2
1	5	E	3841	MEDIUM THERMAL	5.48	2
1	6	F	3841	MEDIUM THERMAL	5.1	2
1	7	G	3841	MEDIUM THERMAL	6.77	2
2	1	A	1425	MEDIUM POSITIONAL	0.17	0.5
2	2	B	1425	MEDIUM POSITIONAL	0.17	0.5
2	3	C	1425	MEDIUM POSITIONAL	0.17	0.5
2	4	D	1425	MEDIUM POSITIONAL	0.17	0.5
2	5	E	1425	MEDIUM POSITIONAL	0.17	0.5
2	6	F	1425	MEDIUM POSITIONAL	0.17	0.5
2	7	G	1425	MEDIUM POSITIONAL	0.22	0.5
2	1	A	1425	MEDIUM THERMAL	5.6	2
2	2	B	1425	MEDIUM THERMAL	6.67	2
2	3	C	1425	MEDIUM THERMAL	5.04	2
2	4	D	1425	MEDIUM THERMAL	6.99	2
2	5	E	1425	MEDIUM THERMAL	15.01	2
2	6	F	1425	MEDIUM THERMAL	8	2
2	7	G	1425	MEDIUM THERMAL	6.77	2
3	1	A	2968	MEDIUM POSITIONAL	0.2	0.5
3	2	B	2968	MEDIUM POSITIONAL	0.22	0.5
3	3	C	2968	MEDIUM POSITIONAL	0.17	0.5
3	4	D	2968	MEDIUM POSITIONAL	0.16	0.5
3	5	E	2968	MEDIUM POSITIONAL	0.2	0.5
3	6	F	2968	MEDIUM POSITIONAL	0.17	0.5
3	7	G	2968	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0.5
3	1	A	2968	MEDIUM THERMAL	10.08	2
3	2	B	2968	MEDIUM THERMAL	7.41	2
3	3	C	2968	MEDIUM THERMAL	10.01	2
3	4	D	2968	MEDIUM THERMAL	14	2
3	5	E	2968	MEDIUM THERMAL	7.33	2
3	6	F	2968	MEDIUM THERMAL	8.53	2
3	7	G	2968	MEDIUM THERMAL	10.55	2

LS精密化シェル

解像度: 4.03→4.133 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.347	175	-
R_work	0.337	3172	-
all	-	3347	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9507	-0.1257	0.0808	2.2605	1.0368	4.2195	0.167	0.2154	-0.0757	0.0495	-0.2327	-0.3716	0.5845	0.1609	0.0658	0.0931	0.034	0.0358	0.3045	0.0281	0.1556	35.222	-55.563	-40.318
2	6.4566	-1.3898	0.7803	8.6285	-2.2409	4.1813	-0.2644	0.7766	0.1204	-0.9137	0.2108	0.3891	0.1322	-0.2603	0.0537	0.6034	-0.0643	-0.0313	0.7119	-0.0705	0.2833	25.883	-52.205	-67.385
3	3.3883	-3.2522	1.613	7.605	-2.8267	2.8428	0.0413	0.1056	0.5317	-0.1579	-0.2165	-0.4729	-0.071	0.303	0.1753	0.4368	0.1514	0.0812	0.6384	0.0771	0.566	36.95	-24.999	-74.064
4	4.2204	0.9862	-0.4146	2.7428	1.0108	4.5926	-0.0948	-0.0061	0.093	0.2466	0.0968	-0.1952	0.184	0.6131	-0.0019	0.0353	0.0071	-0.0551	0.2736	0.0237	0.3351	48.499	-25.813	-15.004
5	4.3884	-1.2	5.3066	5.6468	0.5286	7.2003	0.0846	0.5919	0.1967	-0.8797	-0.1824	0.0033	-0.2307	0.6613	0.0978	0.2918	-0.0237	0.0899	0.8425	0.0511	0.6052	54.149	-21.875	-43.091
6	0.6611	-1.2869	0.5621	6.5811	-0.4319	3.8341	0.1183	0.059	0.6024	-1.3086	0.054	0.7108	-1.2443	-0.8514	-0.1723	1.3796	-0.0424	-0.2242	1.3599	0.3028	1.8269	47.557	7.517	-46.161
7	3.2743	1.2879	-0.3876	4.1242	1.107	3.9585	-0.2632	-0.3266	-0.0816	0.2214	-0.0131	-0.2691	-0.3311	0.2098	0.2764	0.1276	0.0444	-0.1234	0.2559	-0.0748	0.3656	26.018	-1.545	9.521
8	2.662	-0.0203	0.2597	3.2265	-2.8217	9.3531	0.3079	0.5665	0.341	-0.3706	-0.4401	-0.5316	-0.8755	0.1295	0.1322	0.5526	-0.1325	0.0048	0.7665	0.0048	0.804	41.94	11.651	-10.713
9	1.8383	-0.1045	-0.392	2.8464	-1.7903	7.1187	-0.2636	0.4845	0.6937	-0.0408	0.1909	0.2631	-0.9079	-0.5952	0.0728	1.3634	0.0296	-0.2321	1.0676	-0.0218	1.1452	22.991	33.267	-20.055
10	3.5798	0.7352	-1.4823	5.8637	1.1398	3.1609	0.2594	-0.3034	0.0478	0.6246	-0.0174	0.0746	-0.2041	-0.2412	-0.2419	0.1497	0.1478	-0.0296	0.4897	-0.0354	0.2522	-15.088	-0.125	14.305
11	3.8721	1.295	-2.4913	2.2725	-2.1591	6.4457	-0.0143	0.5354	0.6809	-0.2776	-0.0833	-0.9182	-0.4493	0.0904	0.0975	0.6412	-0.0178	0.0726	0.6777	-0.1059	1.1246	-2.847	23.764	3.889
12	2.0599	-3.2661	1.6125	6.874	-2.7754	1.4293	-0.0454	0.6016	0.036	-1.351	0.2979	0.6483	-0.2412	-0.0538	-0.2525	2.3238	-0.0911	0.0831	2.3618	0.43	1.8037	-22.732	30.978	-17.926
13	5.9211	-0.5069	-1.1834	4.7784	0.9677	1.9954	-0.0329	-0.3021	0.0825	0.1274	0.1221	0.325	0.1544	-0.1922	-0.0893	0.0815	0.1168	-0.0733	0.5702	-0.0034	0.1597	-43.921	-22.894	-3.918
14	3.4995	5.7292	-0.5837	10.7363	-1.8207	1.1277	-0.5577	0.6027	0.6456	-0.7018	0.1911	0.2565	-0.8796	0.4917	0.3666	1.613	-0.2409	-0.2155	1.4193	0.089	0.9371	-45.853	5.546	-8.555
15	0.8714	-0.3239	1.0068	5.6644	-3.0342	2.7423	0.3955	0.8189	-0.0257	-3.0671	-0.2033	0.2123	1.0606	0.892	-0.1922	4.1861	0.109	-0.6563	1.985	0.0192	1.5251	-53.981	6.738	-37.907
16	4.9043	-0.4396	0.9977	5.4145	2.4862	2.1657	-0.4453	0.0751	-0.2726	-0.1125	0.074	0.6383	0.1769	-0.2179	0.3713	0.2065	-0.1125	0.0622	0.4262	-0.0391	0.1749	-39.041	-51.979	-32.481
17	2.4849	-2.3291	-1.6804	8.5538	-0.4659	2.0475	0.7867	0.4299	0.4127	-0.9438	-0.5396	0.1969	-0.943	-0.2226	-0.2471	1.1399	0.1056	-0.2928	0.9372	0.0263	1.0449	-54.179	-28.933	-41.13
18	2.03	-0.9253	1.6833	1.4223	0.3895	2.7987	0.4321	0.6965	0.6393	-1.9913	-0.2272	-0.9388	-1.8469	0.3797	-0.2049	4.2641	0.4066	0.36	1.6883	0.3369	1.8173	-43.378	-24.913	-69.118
19	4.2263	-0.7997	0.5294	2.8364	1.3853	3.6874	-0.0422	-0.0273	-0.6579	-0.2779	-0.0315	-0.0415	0.1402	-0.0465	0.0736	0.1004	-0.0488	0.0739	0.3748	0.0102	0.1827	-3.979	-66.63	-48.008
20	1.254	-0.073	-0.2683	7.8081	-1.2233	0.4627	0.1524	0.5358	0.2444	0.0739	0.0797	0.197	-0.202	-0.2797	-0.2322	0.6412	0.0136	-0.0495	0.8064	-0.0248	0.6209	-21.765	-53.952	-66.718
21	2.6189	-1.3814	-1.6746	8.8761	-0.0512	2.3126	0.4291	0.0893	1.0868	-1.0169	0.1076	-0.5283	0.0298	0.212	-0.5368	0.5869	-0.1171	0.2102	0.9126	-0.1754	1.0047	-1.544	-37.619	-81.954

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 130
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	425 - 603
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	131 - 189
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	388 - 424
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	190 - 387
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	2 - 130
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	425 - 603
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	131 - 189
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	388 - 424
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	190 - 387
11	X-RAY DIFFRACTION	7	C	2 - 130
12	X-RAY DIFFRACTION	7	C	425 - 603
13	X-RAY DIFFRACTION	8	C	131 - 189
14	X-RAY DIFFRACTION	8	C	388 - 424
15	X-RAY DIFFRACTION	9	C	190 - 387
16	X-RAY DIFFRACTION	10	D	2 - 130
17	X-RAY DIFFRACTION	10	D	425 - 603
18	X-RAY DIFFRACTION	11	D	131 - 189
19	X-RAY DIFFRACTION	11	D	388 - 424
20	X-RAY DIFFRACTION	12	D	190 - 387
21	X-RAY DIFFRACTION	13	E	2 - 130
22	X-RAY DIFFRACTION	13	E	425 - 603
23	X-RAY DIFFRACTION	14	E	131 - 189
24	X-RAY DIFFRACTION	14	E	388 - 424
25	X-RAY DIFFRACTION	15	E	190 - 387
26	X-RAY DIFFRACTION	16	F	2 - 130
27	X-RAY DIFFRACTION	16	F	425 - 603
28	X-RAY DIFFRACTION	17	F	131 - 189
29	X-RAY DIFFRACTION	17	F	388 - 424
30	X-RAY DIFFRACTION	18	F	190 - 387
31	X-RAY DIFFRACTION	19	G	2 - 130
32	X-RAY DIFFRACTION	19	G	425 - 603
33	X-RAY DIFFRACTION	20	G	131 - 189
34	X-RAY DIFFRACTION	20	G	388 - 424
35	X-RAY DIFFRACTION	21	G	190 - 387

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)