PDB-6t7n: Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase in complex with I...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t7n

タイトル

Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase in complex with IPP and Mn

要素

Farnesyl diphosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / Farnesyl diphosphate synthase (FDPS) / Farnesyl pyrophosphate synthase (FPPS) /

Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ) / complex with IPP / Mn

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / isoprenoid biosynthetic process /

生体膜 /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase in complex with IPP and Mn
著者: Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2019年10月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t7n.cif.gz	255.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t7n.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t7n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/6t7n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/6t7n	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6sdn 6sdo 6sdp 6sdq 6se2
類似構造データ	3ick-1 5ael-d 1yhk-1 4jzb-d 5qpw-1 5qqc-1 5qpk-1 6r08-1 6sdp-1 5qps-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (6)

登録構造単位

AAAA: Farnesyl diphosphate synthase

ヘテロ分子

41.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAAA: Farnesyl diphosphate synthase

ヘテロ分子

AAAA: Farnesyl diphosphate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering, mass spectrometry
83.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.450, 58.450, 391.793
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAAA-655- HOH
2	1	AAAA-664- HOH

#1: タンパク質	Farnesyl diphosphate synthase 分子量: 41205.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WS26
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-IPE / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / ISOPENTENYL PYROPHOSPHATE / イソペンテニル二りん酸 / イソペンテニル二リン酸分子量: 246.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.53 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 4mM ZnSO4+ 8 mM MES pH:6.50, 12.36% PEG MME 550, 11.57% Glycerol. crystal obtained by microseeding: 160mM (NH4)2SO4, 80mM NaOAc pH:5.00, 20% PEG 4000, 20% Glycerol.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.893174 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.893174 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 58433 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 30.62 Å² / CC_1/2: 1 / R_sym value: 0.048 / Net I/σ(I): 35.46
反射シェル	解像度: 1.9→2.01 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.69 / Num. unique obs: 8979 / CC_1/2: 0.873 / R_sym value: 0.43

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→49.01 Å / SU ML: 0.1695 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.7863
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2076	2906	4.97 %
R_work	0.1735	55519	-
obs	0.1752	58425	98.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2781	0	31	166	2978

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0095	2887
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9438	3934
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	444
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0065	498
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.4217	1704

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.93	0.3084	128	0.2582	2365	X-RAY DIFFRACTION	88.06
1.93-1.96	0.2417	132	0.2298	2489	X-RAY DIFFRACTION	94.04
1.96-2	0.233	133	0.2024	2572	X-RAY DIFFRACTION	96.37
2-2.04	0.2233	138	0.1734	2656	X-RAY DIFFRACTION	98.73
2.04-2.08	0.2422	136	0.1665	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.08-2.12	0.2043	135	0.1661	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.17	0.2142	142	0.1619	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.23	0.1787	136	0.1609	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.23-2.29	0.2136	138	0.1606	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.29-2.36	0.2046	146	0.1565	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.43	0.1892	145	0.1535	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.43-2.52	0.2016	138	0.1562	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.62	0.2161	138	0.1629	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.74	0.2349	140	0.1782	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.88	0.206	144	0.1743	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-3.06	0.1833	138	0.1753	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.06-3.3	0.216	142	0.1845	2631	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.3-3.63	0.2116	137	0.1698	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-4.16	0.2063	141	0.1627	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
4.16-5.24	0.1931	141	0.1536	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.96
5.24-49.01	0.2063	138	0.2101	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.24597672787	-0.131277084447	0.178382582925	0.06222411866	-0.0744887072431	0.0901634834095	-0.0265100957754	-0.143956476878	-0.251257987902	-0.0115457152651	0.0313358227717	-0.176646342152	0.0826260191838	0.225621473815	-0.000192245489982	0.267274388301	0.0277833400099	-0.0378855005128	0.267768113478	0.0249651302858	0.315493816879	5.79302830477	14.9525916083	37.8743924552
2	0.294303189966	-0.0071359179641	-0.117261816706	0.545371775839	0.0915391699351	0.325525925572	-0.137973753617	-0.061665687631	-0.126516606971	-0.0651898426364	0.107298014885	-0.0639950162879	0.19336614642	0.14060061713	-5.87517838297E-6	0.245879113511	0.00838718326968	-0.00646307166063	0.260944228163	0.0120866982929	0.265012834921	3.45581597952	15.7752632816	31.8486749362
3	0.100607866253	-0.0584469233159	-0.0779015830575	0.766393316179	-0.051633516558	0.00480636457855	-0.111785320764	0.16884573767	0.0186090313159	-0.102983590473	0.110089441006	-0.014035594063	0.0407935019126	0.0643307497044	1.60137584847E-5	0.275599473731	-0.0309125663169	-0.0163731799509	0.268292857137	0.00323702002721	0.242111931775	1.68335921244	19.5275085285	28.5773856954
4	0.118149851244	-0.0110731377228	-0.165994494348	0.278630646721	-0.0929632181163	0.127187938186	-0.0902330656944	-0.147304542667	-0.108624596975	0.0355085066163	0.0906577125809	0.0769194393473	-0.0156975345997	0.0638983526914	-5.55277763137E-5	0.246970587377	-0.0161783021147	-0.0180959407665	0.238015611989	0.0292746618185	0.303140590278	-9.42242315307	17.3775313682	34.4736034824
5	0.26269197221	0.240453089417	0.103023771866	0.449886837607	0.0694966781223	0.704482240559	-0.028268655579	0.0491088642064	0.0278755064032	-0.132815792732	0.0365537187063	0.0288316105951	-0.0582763233238	-0.0370364546694	1.23108206911E-5	0.272572302676	-0.0276746917891	-0.0126249046154	0.246915042668	0.00671433222319	0.254976902729	-7.96907513982	28.1235898784	18.2134496483
6	0.26237621365	-0.185208750221	0.0322852701407	0.150334839982	-0.124900642234	0.253323666574	0.0915313528401	-0.0404015361406	0.136052234413	-0.242532198531	0.00903871736101	0.266026667923	0.0814437213819	-0.00959480632629	-0.000213775946717	0.376761665136	-0.0230663498854	-0.00733346231737	0.266949208814	0.0130988753489	0.262069092308	-4.67358456178	19.3488046717	10.3025880489
7	0.0869729668052	-0.0890757011442	-0.178061792751	0.0936987386692	0.0700803684446	0.198978707374	0.0243463367525	-0.0887353694216	-0.228185268837	-0.251092920307	0.0810359195569	0.384664562259	0.316853473845	-0.336522020576	-3.26802455397E-5	0.418699607636	-0.088961283333	-0.0922114763537	0.372325720251	0.0547210818694	0.412390187311	-22.352835695	13.0252905143	9.19551039783
8	0.817533892374	-0.438719054276	0.0711534830058	0.66950299189	-0.0199223041677	0.228381836173	0.208431626314	0.39889993489	-0.0965286933988	-0.135468239459	-0.045653565687	0.0524386750419	0.160988376259	0.0993845162906	0.0348692263292	0.392894796236	-0.0272966580087	-0.0483276231165	0.298392495603	-0.0236737314942	0.254820663115	-7.43011607893	14.9247136189	2.95403645928
9	0.0199658630205	-0.00685085914985	0.0687007507205	0.0406253109944	-0.099207531671	0.145597235448	0.128421328109	0.14140124284	-0.408474955998	-0.339449148274	-0.0551720332012	-0.273288001367	0.0887559928529	0.0642986994523	1.22719254154E-5	0.431054806253	0.0155117110789	0.0192774930719	0.290438338244	-0.012394962379	0.314395503324	6.24211353682	14.8890584136	11.1249797272

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 69 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 70 through 102 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 103 through 142 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 143 through 231 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 232 through 256 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 257 through 301 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 302 through 342 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 343 through 362 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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