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Yorodumi- PDB-6se2: Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase apo structure wit... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6se2 | ||||||
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Title | Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase apo structure with zinc ions | ||||||
Components | Farnesyl diphosphate synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Farnesyl diphosphate synthase (FDPS) / Farnesyl pyrophosphate synthase (FPPS) / Trypanosoma cruzi / apo structure / zinc ions | ||||||
Function / homology | Function and homology information transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / isoprenoid biosynthetic process / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Trypanosoma cruzi (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.45 Å | ||||||
Authors | Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase apo structure with zinc ions Authors: Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6se2.cif.gz | 260.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6se2.ent.gz | 174.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6se2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/6se2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/6se2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1yhlS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 41205.402 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trypanosoma cruzi (eukaryote) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q8WS26 | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-SO4 / | ||||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 4mM ZnSO4+ 8 mM MES pH:6.50, 12.36% PEG MME 550, 11.57% Glycerol. crystal obtained by microseeding: 160mM (NH4)2SO4, 80mM NaOAc pH:5.00, 20% PEG 4000, 20% Glycerol. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, DESY / Beamline: P11 / Wavelength: 0.9762 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 19, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9762 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.45→397.468 Å / Num. obs: 71946 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 18.92 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 32.83 |
Reflection shell | Resolution: 1.45→1.54 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.42 / Num. unique obs: 11290 / CC1/2: 0.961 / Rsym value: 0.475 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1yhl Resolution: 1.45→49.78 Å / SU ML: 0.1133 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 15.4729 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.45→49.78 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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