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- PDB-6t7i: Structure of yeast 80S ribosome stalled on the CGA-CGA inhibitory... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t7i
タイトルStructure of yeast 80S ribosome stalled on the CGA-CGA inhibitory codon combination.
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 30
  • (60S ribosomal protein ...) x 40
  • 18S ribosomal RNA
  • 25S ribosomal RNAリボソームRNA
  • 5.8S ribosomal RNA5.8SリボソームRNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
  • ICG tRNA Arg
  • Rps5p
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
  • mRNA伝令RNA
  • tRNA (E-site)
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / stalling dicodon codon pair
機能・相同性
機能・相同性情報


maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Protein methylation / RMTs methylate histone arginines / positive regulation of translational fidelity / mTORC1-mediated signalling / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ヒドロキシル化 / GDP-dissociation inhibitor activity ...maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Protein methylation / RMTs methylate histone arginines / positive regulation of translational fidelity / mTORC1-mediated signalling / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ヒドロキシル化 / GDP-dissociation inhibitor activity / : / pre-mRNA 5'-splice site binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, small subunit precursor / response to cycloheximide / mRNA destabilization / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / 90S preribosome / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / protein-RNA complex assembly / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / ribosomal small subunit export from nucleus / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translation regulator activity / ribosomal large subunit export from nucleus / G-protein alpha-subunit binding / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of translational fidelity / positive regulation of protein kinase activity / rescue of stalled ribosome / translational termination / maturation of SSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / cellular response to amino acid starvation / ribosome assembly / small-subunit processome / assembly of large subunit precursor of preribosome / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / オートファジー / modification-dependent protein catabolic process / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / protein tag activity / ribosomal small subunit assembly / rRNA processing / cytoplasmic stress granule / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / リボソーム生合成 / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / リボソーム / structural constituent of ribosome / positive regulation of protein phosphorylation / 翻訳 (生物学) / G protein-coupled receptor signaling pathway / response to antibiotic / negative regulation of gene expression / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / 核小体 / ミトコンドリア / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / : / Ribosomal protein S12e / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S19e, conserved site ...: / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / : / Ribosomal protein S12e / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein L29e / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S25 / : / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27a / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein L10e / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / : / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein L24e, conserved site / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / 40S Ribosomal protein S10 / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein S28e / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S3Ae / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S7e / Ribosomal L27e protein family / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / RPS5 isoform 1 ...: / : / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / RPS5 isoform 1 / Small ribosomal subunit protein uS4A / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein eL6B / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein eS21A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Large ribosomal subunit protein uL5A / Small ribosomal subunit protein eS28B / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Ubiquitin-ribosomal protein eL40A fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein eL42A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS30A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL2A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Large ribosomal subunit protein eL18A / Small ribosomal subunit protein uS9A / Small ribosomal subunit protein uS13A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Small ribosomal subunit protein eS32B / Large ribosomal subunit protein uL4A / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein eS17B / Large ribosomal subunit protein eL8A / 60S ribosomal protein L24-B / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL13A / Small ribosomal subunit protein eS7A / Small ribosomal subunit protein uS2A / Small ribosomal subunit protein eS1A / Small ribosomal subunit protein eS27A / Large ribosomal subunit protein eL14A / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS26A / Small ribosomal subunit protein uS14A / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL21A / Small ribosomal subunit protein eS10A / Large ribosomal subunit protein eL13A / Small ribosomal subunit protein eS25A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Tesina, P. / Buschauer, R. / Cheng, J. / Berninghausen, O. / Becker, R. / Beckmann, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationBE1814/15-1 ドイツ
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2020
タイトル: Molecular mechanism of translational stalling by inhibitory codon combinations and poly(A) tracts.
著者: Petr Tesina / Laura N Lessen / Robert Buschauer / Jingdong Cheng / Colin Chih-Chien Wu / Otto Berninghausen / Allen R Buskirk / Thomas Becker / Roland Beckmann / Rachel Green /
要旨: Inhibitory codon pairs and poly(A) tracts within the translated mRNA cause ribosome stalling and reduce protein output. The molecular mechanisms that drive these stalling events, however, are still ...Inhibitory codon pairs and poly(A) tracts within the translated mRNA cause ribosome stalling and reduce protein output. The molecular mechanisms that drive these stalling events, however, are still unknown. Here, we use a combination of in vitro biochemistry, ribosome profiling, and cryo-EM to define molecular mechanisms that lead to these ribosome stalls. First, we use an in vitro reconstituted yeast translation system to demonstrate that inhibitory codon pairs slow elongation rates which are partially rescued by increased tRNA concentration or by an artificial tRNA not dependent on wobble base-pairing. Ribosome profiling data extend these observations by revealing that paused ribosomes with empty A sites are enriched on these sequences. Cryo-EM structures of stalled ribosomes provide a structural explanation for the observed effects by showing decoding-incompatible conformations of mRNA in the A sites of all studied stall- and collision-inducing sequences. Interestingly, in the case of poly(A) tracts, the inhibitory conformation of the mRNA in the A site involves a nucleotide stacking array. Together, these data demonstrate a novel mRNA-induced mechanisms of translational stalling in eukaryotic ribosomes.
履歴
登録2019年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
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  • マップデータ: EMDB-10396
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C2: 18S ribosomal RNA
SA: 40S ribosomal protein S0-A
SB: 40S ribosomal protein S1-A
SP: 40S ribosomal protein S15
SC: 40S ribosomal protein S2
SD: 40S ribosomal protein S3
SE: 40S ribosomal protein S4-A
SF: Rps5p
SG: 40S ribosomal protein S6-A
SH: 40S ribosomal protein S7-A
SI: 40S ribosomal protein S8-A
SJ: 40S ribosomal protein S9-A
SK: 40S ribosomal protein S10-A
SL: 40S ribosomal protein S11-A
SM: 40S ribosomal protein S12
SN: 40S ribosomal protein S13
SO: 40S ribosomal protein S14-A
SQ: 40S ribosomal protein S16-A
SR: 40S ribosomal protein S17-B
SS: 40S ribosomal protein S18-A
ST: 40S ribosomal protein S19-A
SU: 40S ribosomal protein S20
SV: 40S ribosomal protein S21-A
SW: 40S ribosomal protein S22-A
SX: 40S ribosomal protein S23-A
SY: 40S ribosomal protein S24-A
SZ: 40S ribosomal protein S25-A
Sa: 40S ribosomal protein S26-A
Sb: 40S ribosomal protein S27-A
Sd: 40S ribosomal protein S29-A
Se: 40S ribosomal protein S30-A
Sf: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
Sg: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
Sc: 40S ribosomal protein S28-B
C4: 5S ribosomal RNA
C3: 5.8S ribosomal RNA
LA: 60S ribosomal protein L2-A
LB: 60S ribosomal protein L3
LC: 60S ribosomal protein L4-A
LD: 60S ribosomal protein L5
LE: 60S ribosomal protein L6-B
LF: 60S ribosomal protein L7-A
LG: 60S ribosomal protein L8-A
LH: 60S ribosomal protein L9-A
LI: 60S ribosomal protein L10
LJ: 60S ribosomal protein L11-A
LL: 60S ribosomal protein L13-A
LM: 60S ribosomal protein L14-A
LN: 60S ribosomal protein L15-A
LO: 60S ribosomal protein L16-A
LP: 60S ribosomal protein L17-A
LQ: 60S ribosomal protein L18-A
LR: 60S ribosomal protein L19-A
LS: 60S ribosomal protein L20-A
LT: 60S ribosomal protein L21-A
LU: 60S ribosomal protein L22-A
LV: 60S ribosomal protein L23-A
LW: 60S ribosomal protein L24-B
LX: 60S ribosomal protein L25
LY: 60S ribosomal protein L26-A
LZ: 60S ribosomal protein L27-A
La: 60S ribosomal protein L28
Lb: 60S ribosomal protein L29
Lc: 60S ribosomal protein L30
Ld: 60S ribosomal protein L31-A
Le: 60S ribosomal protein L32
Lf: 60S ribosomal protein L33-A
Lg: 60S ribosomal protein L34-A
Lh: 60S ribosomal protein L35-A
Li: 60S ribosomal protein L36-A
Lj: 60S ribosomal protein L37-A
Lk: 60S ribosomal protein L38
Ll: 60S ribosomal protein L39
Lm: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
Ln: 60S ribosomal protein L41-B
Lo: 60S ribosomal protein L42-A
Lp: 60S ribosomal protein L43-A
C1: 25S ribosomal RNA
5: mRNA
6: ICG tRNA Arg
7: tRNA (E-site)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,160,03781
ポリマ－3,160,03781
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 7種, 7分子 C2C4C3C1567

#1: RNA鎖 18S ribosomal RNA /


分子量: 579761.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 874346701
#35: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1329886537
#36: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1331532632
#78: RNA鎖 25S ribosomal RNA / リボソームRNA


分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 834774822
#79: RNA鎖 mRNA / 伝令RNA


分子量: 5795.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#80: RNA鎖 ICG tRNA Arg


分子量: 24469.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#81: RNA鎖 tRNA (E-site)


分子量: 24004.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 176418

+
40S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 SASBSPSCSDSESGSHSISJSKSLSMSNSOSQSRSSSTSUSVSWSXSYSZSaSbSdSeSc

#2: タンパク質 40S ribosomal protein S0-A / リボソーム / Nucleic acid-binding protein NAB1A / Small ribosomal subunit protein uS2-A


分子量: 28051.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32905
#3: タンパク質 40S ribosomal protein S1-A / リボソーム / RP10A / Small ribosomal subunit protein eS1-A


分子量: 28798.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33442
#4: タンパク質 40S ribosomal protein S15 / / RIG protein / RP52 / S21 / Small ribosomal subunit protein uS19 / YS21


分子量: 16031.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q01855
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S2 / / Omnipotent suppressor protein SUP44 / RP12 / S4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / YS5


分子量: 27490.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25443
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S3 / / RP13 / Small ribosomal subunit protein uS3 / YS3


分子量: 26542.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05750
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S4-A / リボソーム / RP5 / S7 / Small ribosomal subunit protein eS4-A / YS6


分子量: 29469.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX35
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S6-A / リボソーム / RP9 / S10 / Small ribosomal subunit protein eS6-A / YS4


分子量: 27054.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX37
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S7-A / リボソーム / RP30 / RP40 / Small ribosomal subunit protein eS7-A


分子量: 21658.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26786
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S8-A / リボソーム / RP19 / S14 / Small ribosomal subunit protein eS8-A / YS9


分子量: 22537.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX39
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S9-A / リボソーム / RP21 / S13 / Small ribosomal subunit protein uS4-A / YP28 / YS11


分子量: 22487.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: O13516
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S10-A / リボソーム / Small ribosomal subunit protein eS10-A


分子量: 12757.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08745
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S11-A / リボソーム / RP41 / S18 / Small ribosomal subunit protein uS17-A / YS12


分子量: 17785.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX47
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S12 / / Small ribosomal subunit protein eS12


分子量: 15488.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P48589
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / / S27a / Small ribosomal subunit protein uS15 / YS15


分子量: 17059.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05756
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S14-A / リボソーム / RP59A / Small ribosomal subunit protein uS11-A


分子量: 14562.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P06367
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S16-A / リボソーム / RP61R / Small ribosomal subunit protein uS9-A


分子量: 15877.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX51
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S17-B / リボソーム / RP51B / Small ribosomal subunit protein eS17-B


分子量: 15835.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P14127
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S18-A / リボソーム / Small ribosomal subunit protein uS13-A


分子量: 17071.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX55
#21: タンパク質 40S ribosomal protein S19-A / リボソーム / RP55A / S16a / Small ribosomal subunit protein eS19-A / YP45 / YS16A


分子量: 15942.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P07280
#22: タンパク質 40S ribosomal protein S20 / / Small ribosomal subunit protein uS10


分子量: 13929.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38701
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S21-A / リボソーム / S26 / Small ribosomal subunit protein eS21-A / YS25


分子量: 9758.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C0V8
#24: タンパク質 40S ribosomal protein S22-A / リボソーム / RP50 / S24 / Small ribosomal subunit protein uS8-A / YP58 / YS22


分子量: 14650.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C0W1
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S23-A / リボソーム / RP37 / S28 / Small ribosomal subunit protein uS12-A / YS14


分子量: 16073.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX29
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S24-A / リボソーム / RP50 / Small ribosomal subunit protein eS24-A


分子量: 15362.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX31
#27: タンパク質 40S ribosomal protein S25-A / リボソーム / RP45 / S31 / Small ribosomal subunit protein eS25-A / YS23


分子量: 12067.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q3E792
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S26-A / リボソーム / Small ribosomal subunit protein eS26-A


分子量: 13538.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P39938
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S27-A / リボソーム / RP61 / Small ribosomal subunit protein eS27-A / YS20


分子量: 8893.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P35997
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S29-A / リボソーム / S36 / Small ribosomal subunit protein uS14-A / YS29


分子量: 6675.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P41057
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S30-A / リボソーム / Small ribosomal subunit protein eS30-A


分子量: 7137.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX33
#34: タンパク質 40S ribosomal protein S28-B / リボソーム / S33 / Small ribosomal subunit protein eS28-B / YS27


分子量: 7578.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C0X0

-
タンパク質 , 4種, 4分子 SFSfSgLm

#8: タンパク質 Rps5p


分子量: 25072.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A1L4AA68
#32: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S31


分子量: 17254.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05759
#33: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / Receptor for activated C kinase / Receptor of activated protein kinase C 1 / RACK1 / Small ...Receptor for activated C kinase / Receptor of activated protein kinase C 1 / RACK1 / Small ribosomal subunit protein RACK1


分子量: 34841.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38011
#74: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 14583.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CH08

+
60S ribosomal protein ... , 40種, 40分子 LALBLCLDLELFLGLHLILJLLLMLNLOLPLQLRLSLTLULVLWLXLYLZLaLbLcLdLe...

#37: タンパク質 60S ribosomal protein L2-A / リボソーム / L5 / Large ribosomal subunit protein uL2-A / RP8 / YL6


分子量: 27463.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX45
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / / Large ribosomal subunit protein uL3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin ...Large ribosomal subunit protein uL3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin resistance protein / YL1


分子量: 43850.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P14126
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L4-A / リボソーム / L2 / Large ribosomal subunit protein uL4-A / RP2 / YL2


分子量: 39159.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P10664
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L5 / / L1 / L1a / Large ribosomal subunit protein uL18 / Ribosomal 5S RNA-binding protein / YL3


分子量: 33764.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26321
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L6-B / リボソーム / L17 / Large ribosomal subunit protein eL6-B / RP18 / YL16


分子量: 20042.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05739
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L7-A / リボソーム / L6 / Large ribosomal subunit protein uL30-A / RP11 / YL8


分子量: 27686.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05737
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L8-A / リボソーム / L4 / L4-2 / L7a-1 / Large ribosomal subunit protein eL8-A / Maintenance of killer protein 7 / RP6 / YL5


分子量: 28175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P17076
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L9-A / リボソーム / L8 / Large ribosomal subunit protein uL6-A / RP24 / YL11


分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05738
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L10 / / L9 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex subunit VI- ...L9 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex subunit VI-requiring protein


分子量: 25410.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P41805
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L11-A / リボソーム / L16 / Large ribosomal subunit protein uL5-A / RP39 / YL22


分子量: 19755.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C0W9
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L13-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL13-A


分子量: 22604.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12690
#48: タンパク質 60S ribosomal protein L14-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL14-A


分子量: 15195.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36105
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L15-A / リボソーム / L13 / Large ribosomal subunit protein eL15-A / RP15R / YL10 / YP18


分子量: 24482.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05748
#50: タンパク質 60S ribosomal protein L16-A / リボソーム / L13a / L21 / Large ribosomal subunit protein uL13-A / RP22 / YL15


分子量: 22247.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26784
#51: タンパク質 60S ribosomal protein L17-A / リボソーム / L20A / Large ribosomal subunit protein uL22-A / YL17


分子量: 20589.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05740
#52: タンパク質 60S ribosomal protein L18-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL18-A / RP28


分子量: 20609.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX49
#53: タンパク質 60S ribosomal protein L19-A / リボソーム / L23 / Large ribosomal subunit protein eL19-A / RP15L / RP33 / YL14


分子量: 21762.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX82
#54: タンパク質 60S ribosomal protein L20-A / リボソーム / L18a / Large ribosomal subunit protein eL20-A


分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX23
#55: タンパク質 60S ribosomal protein L21-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL21-A


分子量: 18279.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02753
#56: タンパク質 60S ribosomal protein L22-A / リボソーム / L1c / Large ribosomal subunit protein eL22-A / RP4 / YL31


分子量: 13711.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05749
#57: タンパク質 60S ribosomal protein L23-A / リボソーム / L17a / Large ribosomal subunit protein uL14-A / YL32


分子量: 14493.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX41
#58: タンパク質 60S ribosomal protein L24-B / リボソーム / L30 / Large ribosomal subunit protein eL24-B / RP29 / YL21


分子量: 17553.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P24000
#59: タンパク質 60S ribosomal protein L25 / / Large ribosomal subunit protein uL23 / RP16L / YL25 / YP42'


分子量: 15787.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04456
#60: タンパク質 60S ribosomal protein L26-A / リボソーム / L33 / Large ribosomal subunit protein uL24-A / YL33


分子量: 14265.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05743
#61: タンパク質 60S ribosomal protein L27-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL27-A


分子量: 15568.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C2H6
#62: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / / L27a / L29 / Large ribosomal subunit protein uL15 / RP44 / RP62 / YL24


分子量: 16761.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P02406
#63: タンパク質 60S ribosomal protein L29 / / Large ribosomal subunit protein eL29 / YL43


分子量: 6691.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05747
#64: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / / L32 / Large ribosomal subunit protein eL30 / RP73 / YL38


分子量: 11430.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P14120
#65: タンパク質 60S ribosomal protein L31-A / リボソーム / L34 / Large ribosomal subunit protein eL31-A / YL28


分子量: 12980.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C2H8
#66: タンパク質 60S ribosomal protein L32 / / Large ribosomal subunit protein eL32


分子量: 14809.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38061
#67: タンパク質 60S ribosomal protein L33-A / リボソーム / L37 / Large ribosomal subunit protein eL33-A / RP47 / YL37


分子量: 12177.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05744
#68: タンパク質 60S ribosomal protein L34-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein eL34-A


分子量: 13673.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P87262
#69: タンパク質 60S ribosomal protein L35-A / リボソーム / Large ribosomal subunit protein uL29-A


分子量: 13942.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX84
#70: タンパク質 60S ribosomal protein L36-A / リボソーム / L39 / Large ribosomal subunit protein eL36-A / YL39


分子量: 11151.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05745
#71: タンパク質 60S ribosomal protein L37-A / リボソーム / L43 / Large ribosomal subunit protein eL37-A / YL35 / YP55


分子量: 9877.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P49166
#72: タンパク質 60S ribosomal protein L38 / / Large ribosomal subunit protein eL38


分子量: 8845.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P49167
#73: タンパク質 60S ribosomal protein L39 / / L46 / Large ribosomal subunit protein eL39 / YL40


分子量: 6358.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04650
#75: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41-B / リボソーム / L47 / Large ribosomal subunit protein eL41-B / YL41


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX87
#76: タンパク質 60S ribosomal protein L42-A / リボソーム / L41 / Large ribosomal subunit protein eL42-A / YL27 / YP44


分子量: 12246.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX27
#77: タンパク質 60S ribosomal protein L43-A / リボソーム / L37a / Large ribosomal subunit protein eL43-A / YL35


分子量: 10112.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX25

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Structure of yeast 80S ribosome stalled on the CGA-CGA inhibitory codon combination.RIBOSOMEall0NATURAL
2RibosomeリボソームRIBOSOME#1-#78, #80-#811NATURAL
3mRNA伝令RNACOMPLEX#791RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
33Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
由来(組換発現)生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 2.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 334959 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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