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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ndw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of aminoglycoside TC007 bound to the yeast 80S ribosome | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / translation (翻訳 (生物学)) / 40S / 60S / 80S / eukaryote (真核生物) / RNA-protein complex / inhibitor (酵素阻害剤) / antibiotic (抗生物質) / aminoglycoside (アミノグリコシド系抗生物質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 triplex DNA binding / ribosome hibernation / translation elongation factor binding / regulation of translational initiation in response to stress / Platelet degranulation / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Protein methylation / RMTs methylate histone arginines ...triplex DNA binding / ribosome hibernation / translation elongation factor binding / regulation of translational initiation in response to stress / Platelet degranulation / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Protein methylation / RMTs methylate histone arginines / positive regulation of translational fidelity / mTORC1-mediated signalling / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ヒドロキシル化 / GDP-dissociation inhibitor activity / : / pre-mRNA 5'-splice site binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, small subunit precursor / translational elongation / response to cycloheximide / telomeric DNA binding / mRNA destabilization / MTOR / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / 90S preribosome / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / protein-RNA complex assembly / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / ribosomal small subunit export from nucleus / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translation regulator activity / ribosomal large subunit export from nucleus / G-protein alpha-subunit binding / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of translational fidelity / positive regulation of protein kinase activity / rescue of stalled ribosome / translational termination / maturation of SSU-rRNA / translation repressor activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / cellular response to amino acid starvation / ribosome assembly / telomere maintenance / small-subunit processome / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / オートファジー / modification-dependent protein catabolic process / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / protein tag activity / ribosomal small subunit assembly / rRNA processing / cytoplasmic stress granule / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / リボソーム生合成 / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / リボソーム / structural constituent of ribosome / positive regulation of protein phosphorylation / 翻訳 (生物学) / G protein-coupled receptor signaling pathway / response to antibiotic / negative regulation of gene expression / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / 核小体 / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / ミトコンドリア / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
データ登録者 | Prokhorova, I. / Djumagulov, M. / Urzhumtsev, A. / Yusupov, M. / Yusupova, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017 タイトル: Aminoglycoside interactions and impacts on the eukaryotic ribosome. 著者: Prokhorova, I. / Altman, R.B. / Djumagulov, M. / Shrestha, J.P. / Urzhumtsev, A. / Ferguson, A. / Chang, C.T. / Yusupov, M. / Blanchard, S.C. / Yusupova, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ndw.cif.gz | 19 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ndw.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 5ndw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/5ndw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/5ndw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 4種, 8分子 15263748
#1: RNA鎖 | 分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 参照: REF: 831416132 #2: RNA鎖 | 分子量: 579761.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 参照: REF: 831416132 #3: RNA鎖 | 分子量: 38951.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1039024062 #4: RNA鎖 | 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1102645687 |
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+40S ribosomal protein ... , 31種, 62分子 C0c0C1c1C2c2C3c3C4c4C5c5C6c6C7c7C8c8C9c9d0D0d1D1d2D2d3D3d4D4...
-タンパク質 , 4種, 8分子 e1E1q0Q0sMSMsRSR
#26: タンパク質 | 分子量: 8388.049 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05759 #64: タンパク質 | 分子量: 6032.321 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CH08 #78: タンパク質 | 分子量: 29916.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P39015 #79: タンパク質 | 分子量: 34710.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38011 |
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+60S ribosomal protein ... , 40種, 80分子 l2L2l3L3l4L4l5L5l6L6l7L7l8L8l9L9m0M0m1M1m3M3m4M4m5M5m6M6m7M7...
-非ポリマー , 4種, 3112分子
#80: 化合物 | ChemComp-MG / #81: 化合物 | ChemComp-8UZ / #82: 化合物 | ChemComp-ZN / #83: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.32 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月10日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.7→147.832 Å / Num. obs: 814535 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 47.714 % / Biso Wilson estimate: 133.94 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.303 / Rrim(I) all: 0.306 / Χ2: 0.974 / Net I/σ(I): 13.97 / Num. measured all: 38865024 / Scaling rejects: 3776 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.7→147.832 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.77 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 457.07 Å2 / Biso mean: 150.1253 Å2 / Biso min: 63.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.7→147.832 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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精密化 TLS | S33: -0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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