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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6h0e | |||||||||
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タイトル | FAB dmCBTAU-22.1 IN COMPLEX WITH TAU PEPTIDE V1088-23 | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / FAB / Tau peptide / complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / negative regulation of intracellular transport / positive regulation of long-term synaptic depression / regulation of microtubule-based movement / PKR-mediated signaling / axon extension / axo-dendritic transport / adult walking behavior / mitochondrion transport along microtubule / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion ...Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / negative regulation of intracellular transport / positive regulation of long-term synaptic depression / regulation of microtubule-based movement / PKR-mediated signaling / axon extension / axo-dendritic transport / adult walking behavior / mitochondrion transport along microtubule / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / positive regulation of protein localization to synapse / microtubule lateral binding / tubulin complex / main axon / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / negative regulation of tubulin deacetylation / positive regulation of protein localization / intracellular distribution of mitochondria / 微小管 / axoneme / lipoprotein particle binding / glial cell projection / negative regulation of mitochondrial membrane potential / apolipoprotein binding / protein polymerization / negative regulation of mitochondrial fission / axolemma / intracellular transport / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / mRNA transport / positive regulation of axon extension / axonal growth cone / regulation of microtubule cytoskeleton organization / supramolecular fiber organization / regulation of cellular response to heat / regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of microtubule polymerization / somatodendritic compartment / synapse assembly / heat shock protein binding / 軸索誘導 / nuclear periphery / response to nutrient / positive regulation of superoxide anion generation / protein phosphatase 2A binding / response to organic substance / regulation of autophagy / response to lead ion / synapse organization / neuron migration / Hsp90 protein binding / protein homooligomerization / cytoplasmic side of plasma membrane / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / 記憶 / microtubule cytoskeleton organization / positive regulation of neuron projection development / SH3 domain binding / neuron projection development / microtubule cytoskeleton / cell body / 成長円錐 / protein-folding chaperone binding / microtubule binding / 微小管 / amyloid fibril formation / postsynaptic density / learning or memory / neuron projection / nuclear speck / 脂質ラフト / 神経繊維 / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / 樹状突起 / DNA damage response / protein-containing complex binding / protein kinase binding / enzyme binding / DNA binding / extracellular region / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Juraszek, J. / Steinbacher, S. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Acta Neuropathol Commun / 年: 2018 タイトル: Enhancement of therapeutic potential of a naturally occurring human antibody targeting a phosphorylated Ser422containing epitope on pathological tau. 著者: van Ameijde, J. / Crespo, R. / Janson, R. / Juraszek, J. / Siregar, B. / Verveen, H. / Sprengers, I. / Nahar, T. / Hoozemans, J.J. / Steinbacher, S. / Willems, R. / Delbroek, L. / Borgers, M. ...著者: van Ameijde, J. / Crespo, R. / Janson, R. / Juraszek, J. / Siregar, B. / Verveen, H. / Sprengers, I. / Nahar, T. / Hoozemans, J.J. / Steinbacher, S. / Willems, R. / Delbroek, L. / Borgers, M. / Dockx, K. / Van Kolen, K. / Mercken, M. / Pascual, G. / Koudstaal, W. / Apetri, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6h0e.cif.gz | 360.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6h0e.ent.gz | 302.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6h0e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/6h0e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/6h0e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23787.764 Da / 分子数: 4 / 断片: FAB ANTIBODY FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 抗体 | 分子量: 23986.779 Da / 分子数: 4 / 断片: FAB ANTIBODY FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2661.729 Da / 分子数: 4 / 断片: FAB ANTIBODY FRAGMENT / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P10637 #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.52 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 10 % (w/v) PEG8K, 0.10 M Tris/HCl pH=7.0, 0.20 M Mg2Cl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→99.97 Å / Num. obs: 137233 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 12.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.2 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs: 2.44 / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→99.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 5.675 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.186 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.922 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→99.97 Å
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拘束条件 |
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