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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5w83 | |||||||||
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タイトル | Rpn8/Rpn11 dimer complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Protease (プロテアーゼ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peroxisome fission / proteasome storage granule assembly / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / mitochondrial fission / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasome binding / protein deubiquitination / proteasome storage granule / Ub-specific processing proteases ...peroxisome fission / proteasome storage granule assembly / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / mitochondrial fission / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasome binding / protein deubiquitination / proteasome storage granule / Ub-specific processing proteases / proteasome assembly / Neutrophil degranulation / proteasome complex / metallopeptidase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / ミトコンドリア / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.554 Å | |||||||||
データ登録者 | Dong, K.C. / Worden, E.J. / Martin, A. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017 タイトル: An AAA Motor-Driven Mechanical Switch in Rpn11 Controls Deubiquitination at the 26S Proteasome. 著者: Worden, E.J. / Dong, K.C. / Martin, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5w83.cif.gz | 218.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5w83.ent.gz | 174.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5w83.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/5w83 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/5w83 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38365.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPN8, YOR261C, O5360 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08723 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 24880.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RPN11, MPR1, YFR004W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43588, ubiquitinyl hydrolase 1 |
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 14.31 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 1.5 M ammonium tartrate pH 6.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11587 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→55.482 Å / Num. obs: 52965 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 13.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4O8X 解像度: 1.554→55.482 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.15 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.554→55.482 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 11.1005 Å / Origin y: 18.6694 Å / Origin z: 19.6081 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |