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Yorodumi- PDB-4kv7: The crystal structure of a possible leucine/isoleucine/valine-bin... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4kv7 | ||||||
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Title | The crystal structure of a possible leucine/isoleucine/valine-binding protein from Rhodopirellula baltica SH 1 | ||||||
Components | Probable leucine/isoleucine/valine-binding protein | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / structural genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / FORMIC ACID / Probable leucine/isoleucine/valine-binding protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Rhodopirellula baltica (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.2 Å | ||||||
Authors | Tan, K. / Mack, J. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: The crystal structure of a possible leucine/isoleucine/valine-binding protein from Rhodopirellula baltica SH 1 Authors: Tan, K. / Mack, J. / Endres, M. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4kv7.cif.gz | 164.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4kv7.ent.gz | 134.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4kv7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/4kv7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/4kv7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | Experimentally unknown. It is predicted to be a monomer. |
-Components
#1: Protein | Mass: 41453.574 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: G402S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodopirellula baltica (bacteria) / Strain: SH 1 / Gene: livK, RB7306 / Plasmid: pMCSG73 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)pGrow7-K / References: UniProt: Q7UNW4 |
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#2: Chemical | ChemComp-FMT / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.03 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.15M DL-Malic Acid, 20%(w/v) PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97895 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 18, 2012 / Details: mirror |
Radiation | Monochromator: Si 111 crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97895 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.2→22.8 Å / Num. all: 105324 / Num. obs: 105324 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 27 |
Reflection shell | Resolution: 1.2→1.21 Å / Redundancy: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 3127 / % possible all: 83.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.2→22.752 Å / SU ML: 0.09 / σ(F): 1.97 / Phase error: 15.04 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.2→22.752 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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