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- PDB-5ndv: Crystal structure of Paromomycin bound to the yeast 80S ribosome -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 5ndv
タイトルCrystal structure of Paromomycin bound to the yeast 80S ribosome
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 32
  • (60S ribosomal protein ...) x 40
  • 18S ribosomal RNA
  • 25S ribosomal RNAリボソームRNA
  • 5.8S ribosomal RNA5.8SリボソームRNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
  • Suppressor protein STM1
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / translation (翻訳 (生物学)) / 40S / 60S / 80S / eukaryote (真核生物) / RNA-protein complex / inhibitor (酵素阻害剤) / antibiotic (抗生物質) / aminoglycoside (アミノグリコシド系抗生物質) / paromomycin (パロモマイシン)
機能・相同性
機能・相同性情報


triplex DNA binding / ribosome hibernation / translation elongation factor binding / regulation of translational initiation in response to stress / Platelet degranulation / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Protein methylation / positive regulation of translational fidelity / RMTs methylate histone arginines ...triplex DNA binding / ribosome hibernation / translation elongation factor binding / regulation of translational initiation in response to stress / Platelet degranulation / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Protein methylation / positive regulation of translational fidelity / RMTs methylate histone arginines / mTORC1-mediated signalling / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ヒドロキシル化 / GDP-dissociation inhibitor activity / : / pre-mRNA 5'-splice site binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, small subunit precursor / translational elongation / response to cycloheximide / telomeric DNA binding / mRNA destabilization / MTOR / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / protein-RNA complex assembly / 90S preribosome / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / ribosomal small subunit export from nucleus / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translation regulator activity / ribosomal large subunit export from nucleus / G-protein alpha-subunit binding / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of translational fidelity / positive regulation of protein kinase activity / rescue of stalled ribosome / translational termination / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation repressor activity / maturation of SSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / maturation of LSU-rRNA / cellular response to amino acid starvation / telomere maintenance / ribosome assembly / small-subunit processome / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / オートファジー / modification-dependent protein catabolic process / ribosomal large subunit assembly / protein tag activity / ribosomal small subunit biogenesis / rRNA processing / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytoplasmic stress granule / ribosome binding / リボソーム生合成 / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / リボソーム / structural constituent of ribosome / positive regulation of protein phosphorylation / 翻訳 (生物学) / G protein-coupled receptor signaling pathway / response to antibiotic / negative regulation of gene expression / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / 核小体 / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / ミトコンドリア / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Stm1-like, N-terminal / Stm1 / Hyaluronan/mRNA-binding protein / Hyaluronan / mRNA binding family / : / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / : / Ribosomal protein S12e / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 ...Stm1-like, N-terminal / Stm1 / Hyaluronan/mRNA-binding protein / Hyaluronan / mRNA binding family / : / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / : / Ribosomal protein S12e / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein L29e / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S25 / : / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein L10e / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / : / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein L24e, conserved site / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / 40S Ribosomal protein S10 / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein S28e / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S3Ae / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S7e / Ribosomal L27e protein family / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal protein L30/YlxQ
類似検索 - ドメイン・相同性
パロモマイシン / : / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS1A ...パロモマイシン / : / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS1A / Small ribosomal subunit protein uS4A / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein eS17A / Large ribosomal subunit protein eL24A / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein eS21A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Ubiquitin-ribosomal protein eL40A fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein eL42A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS30A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL2A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Large ribosomal subunit protein eL18A / Small ribosomal subunit protein uS9A / Small ribosomal subunit protein uS13A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Small ribosomal subunit protein eS32B / Large ribosomal subunit protein uL4A / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL8A / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL13A / Small ribosomal subunit protein eS7A / Small ribosomal subunit protein uS2A / Small ribosomal subunit protein eS1A / Small ribosomal subunit protein eS27A / Large ribosomal subunit protein eL14A / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Suppressor protein STM1 / Small ribosomal subunit protein uS11B / Small ribosomal subunit protein eS26B / Small ribosomal subunit protein uS14A / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL6A / Large ribosomal subunit protein eL21A / Small ribosomal subunit protein eS10A / Large ribosomal subunit protein eL13A / Large ribosomal subunit protein uL5B / Small ribosomal subunit protein eS25A / Small ribosomal subunit protein eS28A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Prokhorova, I. / Djumagulov, M. / Urzhumtsev, A. / Yusupov, M. / Yusupova, G.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Aminoglycoside interactions and impacts on the eukaryotic ribosome.
著者: Prokhorova, I. / Altman, R.B. / Djumagulov, M. / Shrestha, J.P. / Urzhumtsev, A. / Ferguson, A. / Chang, C.T. / Yusupov, M. / Blanchard, S.C. / Yusupova, G.
履歴
登録2017年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: 25S ribosomal RNA
3: 5S ribosomal RNA
4: 5.8S ribosomal RNA
L2: 60S ribosomal protein L2-A
L3: 60S ribosomal protein L3
L4: 60S ribosomal protein L4-A
L5: 60S ribosomal protein L5
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L7: 60S ribosomal protein L7-A
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M7: 60S ribosomal protein L17-A
M8: 60S ribosomal protein L18-A
M9: 60S ribosomal protein L19-A
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N3: 60S ribosomal protein L23-A
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N5: 60S ribosomal protein L25
N6: 60S ribosomal protein L26-A
N7: 60S ribosomal protein L27-A
N8: 60S ribosomal protein L28
N9: 60S ribosomal protein L29
O0: 60S ribosomal protein L30
O1: 60S ribosomal protein L31-A
O2: 60S ribosomal protein L32
O3: 60S ribosomal protein L33-A
O4: 60S ribosomal protein L34-A
O5: 60S ribosomal protein L35-A
O6: 60S ribosomal protein L36-A
O7: 60S ribosomal protein L37-A
O8: 60S ribosomal protein L38
O9: 60S ribosomal protein L39
Q0: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
Q1: 60S ribosomal protein L41-B
Q2: 60S ribosomal protein L42-A
Q3: 60S ribosomal protein L43-A
2: 18S ribosomal RNA
S0: 40S ribosomal protein S0-A
S1: 40S ribosomal protein S1-A
S2: 40S ribosomal protein S2
S3: 40S ribosomal protein S3
S4: 40S ribosomal protein S4-A
S5: 40S ribosomal protein S5
S6: 40S ribosomal protein S6-A
S7: 40S ribosomal protein S7-A
S8: 40S ribosomal protein S8-A
S9: 40S ribosomal protein S9-A
C0: 40S ribosomal protein S10-A
C1: 40S ribosomal protein S11-A
C2: 40S ribosomal protein S12
C3: 40S ribosomal protein S13
C4: 40S ribosomal protein S14-B
C5: 40S ribosomal protein S15
C6: 40S ribosomal protein S16-A
C7: 40S ribosomal protein S17-A
C8: 40S ribosomal protein S18-A
C9: 40S ribosomal protein S19-A
D0: 40S ribosomal protein S20
D1: 40S ribosomal protein S21-A
D2: 40S ribosomal protein S22-A
D3: 40S ribosomal protein S23-A
D4: 40S ribosomal protein S24-A
D5: 40S ribosomal protein S25-A
D6: 40S ribosomal protein S26-B
D7: 40S ribosomal protein S27-A
D8: 40S ribosomal protein S28-A
D9: 40S ribosomal protein S29-A
E0: 40S ribosomal protein S30-A
SR: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
SM: Suppressor protein STM1
5: 25S ribosomal RNA
7: 5S ribosomal RNA
8: 5.8S ribosomal RNA
l2: 60S ribosomal protein L2-A
l3: 60S ribosomal protein L3
l4: 60S ribosomal protein L4-A
l5: 60S ribosomal protein L5
l6: 60S ribosomal protein L6-A
l7: 60S ribosomal protein L7-A
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m4: 60S ribosomal protein L14-A
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m6: 60S ribosomal protein L16-A
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q0: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
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d1: 40S ribosomal protein S21-A
d2: 40S ribosomal protein S22-A
d3: 40S ribosomal protein S23-A
d4: 40S ribosomal protein S24-A
d5: 40S ribosomal protein S25-A
d6: 40S ribosomal protein S26-B
d7: 40S ribosomal protein S27-A
d8: 40S ribosomal protein S28-A
d9: 40S ribosomal protein S29-A
e0: 40S ribosomal protein S30-A
sR: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
sM: Suppressor protein STM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,227,4342398
ポリマ－6,120,840156
非ポリマー106,5952242
水24,2481346
1
5: 25S ribosomal RNA
7: 5S ribosomal RNA
8: 5.8S ribosomal RNA
l2: 60S ribosomal protein L2-A
l3: 60S ribosomal protein L3
l4: 60S ribosomal protein L4-A
l5: 60S ribosomal protein L5
l6: 60S ribosomal protein L6-A
l7: 60S ribosomal protein L7-A
l8: 60S ribosomal protein L8-A
l9: 60S ribosomal protein L9-A
m0: 60S ribosomal protein L10
m1: 60S ribosomal protein L11-B
m3: 60S ribosomal protein L13-A
m4: 60S ribosomal protein L14-A
m5: 60S ribosomal protein L15-A
m6: 60S ribosomal protein L16-A
m7: 60S ribosomal protein L17-A
m8: 60S ribosomal protein L18-A
m9: 60S ribosomal protein L19-A
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n3: 60S ribosomal protein L23-A
n4: 60S ribosomal protein L24-A
n5: 60S ribosomal protein L25
n6: 60S ribosomal protein L26-A
n7: 60S ribosomal protein L27-A
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n9: 60S ribosomal protein L29
o0: 60S ribosomal protein L30
o1: 60S ribosomal protein L31-A
o2: 60S ribosomal protein L32
o3: 60S ribosomal protein L33-A
o4: 60S ribosomal protein L34-A
o5: 60S ribosomal protein L35-A
o6: 60S ribosomal protein L36-A
o7: 60S ribosomal protein L37-A
o8: 60S ribosomal protein L38
o9: 60S ribosomal protein L39
q0: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
q1: 60S ribosomal protein L41-B
q2: 60S ribosomal protein L42-A
q3: 60S ribosomal protein L43-A
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s2: 40S ribosomal protein S2
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c2: 40S ribosomal protein S12
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c4: 40S ribosomal protein S14-B
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c6: 40S ribosomal protein S16-A
c7: 40S ribosomal protein S17-A
c8: 40S ribosomal protein S18-A
c9: 40S ribosomal protein S19-A
d0: 40S ribosomal protein S20
d1: 40S ribosomal protein S21-A
d2: 40S ribosomal protein S22-A
d3: 40S ribosomal protein S23-A
d4: 40S ribosomal protein S24-A
d5: 40S ribosomal protein S25-A
d6: 40S ribosomal protein S26-B
d7: 40S ribosomal protein S27-A
d8: 40S ribosomal protein S28-A
d9: 40S ribosomal protein S29-A
e0: 40S ribosomal protein S30-A
sR: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
sM: Suppressor protein STM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,108,9751132
ポリマ－3,059,37578
非ポリマー49,5991054
水46826
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
1: 25S ribosomal RNA
3: 5S ribosomal RNA
4: 5.8S ribosomal RNA
L2: 60S ribosomal protein L2-A
L3: 60S ribosomal protein L3
L4: 60S ribosomal protein L4-A
L5: 60S ribosomal protein L5
L6: 60S ribosomal protein L6-A
L7: 60S ribosomal protein L7-A
L8: 60S ribosomal protein L8-A
L9: 60S ribosomal protein L9-A
M0: 60S ribosomal protein L10
M1: 60S ribosomal protein L11-B
M3: 60S ribosomal protein L13-A
M4: 60S ribosomal protein L14-A
M5: 60S ribosomal protein L15-A
M6: 60S ribosomal protein L16-A
M7: 60S ribosomal protein L17-A
M8: 60S ribosomal protein L18-A
M9: 60S ribosomal protein L19-A
N0: 60S ribosomal protein L20-A
N1: 60S ribosomal protein L21-A
N2: 60S ribosomal protein L22-A
N3: 60S ribosomal protein L23-A
N4: 60S ribosomal protein L24-A
N5: 60S ribosomal protein L25
N6: 60S ribosomal protein L26-A
N7: 60S ribosomal protein L27-A
N8: 60S ribosomal protein L28
N9: 60S ribosomal protein L29
O0: 60S ribosomal protein L30
O1: 60S ribosomal protein L31-A
O2: 60S ribosomal protein L32
O3: 60S ribosomal protein L33-A
O4: 60S ribosomal protein L34-A
O5: 60S ribosomal protein L35-A
O6: 60S ribosomal protein L36-A
O7: 60S ribosomal protein L37-A
O8: 60S ribosomal protein L38
O9: 60S ribosomal protein L39
Q0: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
Q1: 60S ribosomal protein L41-B
Q2: 60S ribosomal protein L42-A
Q3: 60S ribosomal protein L43-A
2: 18S ribosomal RNA
S0: 40S ribosomal protein S0-A
S1: 40S ribosomal protein S1-A
S2: 40S ribosomal protein S2
S3: 40S ribosomal protein S3
S4: 40S ribosomal protein S4-A
S5: 40S ribosomal protein S5
S6: 40S ribosomal protein S6-A
S7: 40S ribosomal protein S7-A
S8: 40S ribosomal protein S8-A
S9: 40S ribosomal protein S9-A
C0: 40S ribosomal protein S10-A
C1: 40S ribosomal protein S11-A
C2: 40S ribosomal protein S12
C3: 40S ribosomal protein S13
C4: 40S ribosomal protein S14-B
C5: 40S ribosomal protein S15
C6: 40S ribosomal protein S16-A
C7: 40S ribosomal protein S17-A
C8: 40S ribosomal protein S18-A
C9: 40S ribosomal protein S19-A
D0: 40S ribosomal protein S20
D1: 40S ribosomal protein S21-A
D2: 40S ribosomal protein S22-A
D3: 40S ribosomal protein S23-A
D4: 40S ribosomal protein S24-A
D5: 40S ribosomal protein S25-A
D6: 40S ribosomal protein S26-B
D7: 40S ribosomal protein S27-A
D8: 40S ribosomal protein S28-A
D9: 40S ribosomal protein S29-A
E0: 40S ribosomal protein S30-A
SR: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
SM: Suppressor protein STM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,118,4591266
ポリマ－3,061,46478
非ポリマー56,9951188
水57632
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)434.530, 293.330, 295.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.400, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
RNA鎖 , 4種, 8分子 15374826

#1: RNA鎖 25S ribosomal RNA / リボソームRNA


分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: GenBank: 834774822
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38951.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: GenBank: 1039024062
#3: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 50682.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: GenBank: 1102645687
#45: RNA鎖 18S ribosomal RNA /


分子量: 579761.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: GenBank: 874346701

+
60S ribosomal protein ... , 40種, 80分子 L2l2L3l3L4l4L5l5L6l6L7l7L8l8L9l9M0m0M1m1M3m3M4m4M5m5M6m6M7m7...

#4: タンパク質 60S ribosomal protein L2-A / リボソーム / L5 / RP8 / YL6


分子量: 26730.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX45
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin resistance protein / YL1


分子量: 43719.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P14126
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L4-A / リボソーム / L2 / RP2 / YL2


分子量: 39027.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P10664
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L5 / / L1 / L1a / Ribosomal 5S RNA-binding protein / YL3


分子量: 33633.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26321
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L6-A / リボソーム / L17 / RP18 / YL16


分子量: 20000.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02326
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L7-A / リボソーム / L6 / RP11 / YL8


分子量: 25726.920 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05737
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L8-A / リボソーム / L4 / L4-2 / L7a-1 / Maintenance of killer protein 7 / RP6 / YL5


分子量: 25656.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P17076
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L9-A / リボソーム / L8 / RP24 / YL11


分子量: 21605.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05738
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L10 / / L9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex subunit VI-requiring protein


分子量: 25410.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P41805
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L11-B / リボソーム / L16 / RP39 / YL22


分子量: 19266.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q3E757
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L13-A / リボソーム


分子量: 21956.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12690
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L14-A / リボソーム


分子量: 15063.870 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36105
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L15-A / リボソーム / L13 / RP15R / YL10 / YP18


分子量: 24351.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05748
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L16-A / リボソーム / L13a / L21 / RP22 / YL15


分子量: 22028.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26784
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L17-A / リボソーム / L20A / YL17


分子量: 20589.518 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05740
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L18-A / リボソーム / RP28


分子量: 20478.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX49
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L19-A / リボソーム / L23 / RP15L / RP33 / YL14


分子量: 21631.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX82
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L20-A / リボソーム / L18a


分子量: 20478.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX23
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L21-A / リボソーム


分子量: 18148.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02753
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L22-A / リボソーム / L1c / RP4 / YL31


分子量: 11135.735 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05749
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L23-A / リボソーム / L17a / YL32


分子量: 14362.755 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX41
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L24-A / リボソーム / L30 / RP29 / YL21


分子量: 17661.717 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04449
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L25 / / RP16L / YL25 / YP42'


分子量: 13641.997 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04456
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L26-A / リボソーム / L33 / YL33


分子量: 14005.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05743
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L27-A / リボソーム


分子量: 15437.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C2H6
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / / L27a / L29 / RP44 / RP62 / YL24


分子量: 16630.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P02406
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L29 / / YL43


分子量: 6560.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05747
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / / L32 / RP73 / YL38


分子量: 10902.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P14120
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L31-A / リボソーム / L34 / YL28


分子量: 12848.962 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C2H8
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L32 /


分子量: 14478.054 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38061
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L33-A / リボソーム / L37 / RP47 / YL37


分子量: 12045.935 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05744
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L34-A / リボソーム


分子量: 12608.831 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P87262
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L35-A / リボソーム


分子量: 13811.444 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX84
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L36-A / リボソーム / L39 / YL39


分子量: 11020.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05745
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L37-A / リボソーム / L43 / YL35 / YP55


分子量: 9746.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P49166
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L38 /


分子量: 8714.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P49167
#40: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L39 / / L46 / YL40


分子量: 6227.444 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04650
#42: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41-B / リボソーム / L47 / YL41


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX87
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L42-A / リボソーム / L41 / YL27 / YP44


分子量: 12115.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX27
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L43-A / リボソーム / L37a / YL35


分子量: 9981.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX25

-
タンパク質 , 3種, 6分子 Q0q0SRsRSMsM

#41: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 6032.321 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CH08
#77: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / Receptor for activated C kinase / Receptor of activated protein kinase C 1 / RACK1


分子量: 34710.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38011
#78: タンパク質 Suppressor protein STM1 / 3BP1 / GU4 nucleic-binding protein 2 / G4p2 protein / POP2 multicopy suppressor protein 4 / ...3BP1 / GU4 nucleic-binding protein 2 / G4p2 protein / POP2 multicopy suppressor protein 4 / Ribosomal subunits association factor / AF / TOM1 suppressor protein 1 / Triplex-binding protein 1


分子量: 29916.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P39015

+
40S ribosomal protein ... , 32種, 62分子 S0s0S1s1S2s2S3s3S4s4S5s5S6S7s7S8s8S9s9C0c0C1c1C2c2C3c3C4c4C5...

#46: タンパク質 40S ribosomal protein S0-A / リボソーム / Nucleic acid-binding protein NAB1A


分子量: 22811.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32905
#47: タンパク質 40S ribosomal protein S1-A / リボソーム


分子量: 24498.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain RM11-1a) (パン酵母)
株: RM11-1a / 参照: UniProt: B3RHV0, UniProt: P33442*PLUS
#48: タンパク質 40S ribosomal protein S2 / / Omnipotent suppressor protein SUP44 / RP12 / S4 / YS5


分子量: 23212.979 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25443
#49: タンパク質 40S ribosomal protein S3 / / RP13 / YS3


分子量: 24702.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05750
#50: タンパク質 40S ribosomal protein S4-A / リボソーム / RP5 / S7 / YS6


分子量: 29338.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX35
#51: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / / RP14 / S2 / YS8


分子量: 22908.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26783
#52: タンパク質 40S ribosomal protein S6-A / リボソーム / RP9 / S10 / YS4


分子量: 27054.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX37
#53: タンパク質 40S ribosomal protein S7-A / リボソーム / RP30 / RP40


分子量: 21158.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26786
#54: タンパク質 40S ribosomal protein S8-A / リボソーム / RP19 / S14 / YS9


分子量: 22537.803 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX39
#55: タンパク質 40S ribosomal protein S9-A / リボソーム / RP21 / S13 / YP28 / YS11


分子量: 21210.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: O13516
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S10-A / リボソーム


分子量: 12757.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08745
#57: タンパク質 40S ribosomal protein S11-A / リボソーム / RP41 / S18 / YS12


分子量: 16588.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX47
#58: タンパク質 40S ribosomal protein S12 /


分子量: 15488.631 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P48589
#59: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / / S27a / YS15


分子量: 16928.748 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05756
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S14-B / リボソーム / RP59B


分子量: 13560.528 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P39516
#61: タンパク質 40S ribosomal protein S15 / / RIG protein / RP52 / S21 / YS21


分子量: 15900.712 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q01855
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S16-A / リボソーム / RP61R


分子量: 15746.292 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX51
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S17-A / リボソーム / RP51A


分子量: 15820.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P02407
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S18-A / リボソーム


分子量: 16940.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX55
#65: タンパク質 40S ribosomal protein S19-A / リボソーム / RP55A / S16a / YP45 / YS16A


分子量: 15810.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P07280
#66: タンパク質 40S ribosomal protein S20 /


分子量: 12447.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38701
#67: タンパク質 40S ribosomal protein S21-A / リボソーム / S26 / YS25


分子量: 9758.829 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C0V8
#68: タンパク質 40S ribosomal protein S22-A / リボソーム / RP50 / S24 / YP58 / YS22


分子量: 14518.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C0W1
#69: タンパク質 40S ribosomal protein S23-A / リボソーム / RP37 / S28 / YS14


分子量: 15942.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX29
#70: タンパク質 40S ribosomal protein S24-A / リボソーム / RP50


分子量: 15231.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX31
#71: タンパク質 40S ribosomal protein S25-A / リボソーム / RP45 / S31 / YS23


分子量: 8001.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q3E792
#72: タンパク質 40S ribosomal protein S26-B / リボソーム


分子量: 11022.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P39939
#73: タンパク質 40S ribosomal protein S27-A / リボソーム / RP61 / YS20


分子量: 8762.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P35997
#74: タンパク質 40S ribosomal protein S28-A / リボソーム / S33 / YS27


分子量: 7116.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q3E7X9
#75: タンパク質 40S ribosomal protein S29-A / リボソーム / S36 / YS29


分子量: 6335.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P41057
#76: タンパク質 40S ribosomal protein S30-A / リボソーム


分子量: 7006.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX33
#79: タンパク質 40S ribosomal protein S6-A / リボソーム / RP9 / S10 / YS4


分子量: 24965.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX37

-
非ポリマー , 4種, 3588分子

#80: 化合物...
ChemComp-PAR / PAROMOMYCIN / PAROMOMYCIN I / AMMINOSIDIN / CATENULIN / CRESTOMYCIN / MONOMYCIN A / NEOMYCIN E / パロモマイシン / パロモマイシン


分子量: 615.628 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: C23H45N5O14 / コメント: 抗菌剤, 薬剤*YM
#81: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2139 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#82: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#83: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→146.665 Å / Num. obs: 1098455 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.851 % / Biso Wilson estimate: 89.79 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.321 / Rrim(I) all: 0.332 / Χ2: 0.813 / Net I/σ(I): 7.37 / Num. measured all: 16313251 / Scaling rejects: 1169
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.3-3.46.6811.8760.9662712893958938620.3492.03199.9
3.4-3.510.5181.5861.4587749283447834280.5291.666100
3.5-3.614.3241.3122.13106587074433744130.7431.36100
3.6-3.715.2851.0872.71101732466562665550.8241.124100
3.7-3.816.1620.9013.4296752159879598630.880.93100
3.8-3.915.830.7334.0985136053783537800.9160.757100
3.9-416.6470.6234.8681017748670486680.9380.642100
4-4.516.3840.436.6930038631833631833410.9660.444100
4.5-516.2480.2849.5119073401174021173860.9810.294100
5-7.516.4310.20912.5336583412226672226460.9880.216100
7.5-1016.2720.15117.288564454431544280.9910.156100
10-2516.0270.13220.2460085437496374900.9920.136100
25-5016.1620.12522.8737238231423040.9910.12999.6
50-7511.3320.11619.1525612452260.9770.12392.2
75-1006.3330.15713.7926660420.9670.17170
100-12514.8570.12150.53208191410.12473.7
125-1507.1110.06138.97641490.9780.06764.3
146.665-15013

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→146.665 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 21962 2 %
Rwork0.203 1076077 -
obs0.2039 1098039 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 426.97 Å2 / Biso mean: 102.7427 Å2 / Biso min: 22.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→146.665 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数174773 216058 7150 4 397985
Biso mean--67.33 43.47 -
残基数----32255
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006424808
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99622601
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04978827
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00640591
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.234192523
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.3-3.33750.38577290.3463356983642799
3.3375-3.37670.37227290.3363561036339100
3.3767-3.41790.33387310.31283582036551100
3.4179-3.46120.35167290.30353571236441100
3.4612-3.50670.32197300.27453581236542100
3.5067-3.55480.30247320.25773581236544100
3.5548-3.60560.30547300.25613580236532100
3.6056-3.65940.31397320.25283588736619100
3.6594-3.71660.2777310.23533581836549100
3.7166-3.77750.28097290.23493573036459100
3.7775-3.84270.28397310.23483583236563100
3.8427-3.91250.2857320.22823586836600100
3.9125-3.98780.25197300.20883578836518100
3.9878-4.06920.25947310.20563583836569100
4.0692-4.15770.24957320.19843583736569100
4.1577-4.25440.24237330.19673588336616100
4.2544-4.36080.23617300.18893578436514100
4.3608-4.47870.22747330.1823591436647100
4.4787-4.61050.22297290.18083578736516100
4.6105-4.75940.21547340.17663591736651100
4.7594-4.92950.22227310.17083586436595100
4.9295-5.12680.22597330.17323589436627100
5.1268-5.36020.21287340.16523591936653100
5.3602-5.64280.22057320.16593593936671100
5.6428-5.99630.21577330.16373590436637100
5.9963-6.45930.22887340.16973595036684100
6.4593-7.10930.21557350.1663600936744100
7.1093-8.1380.23257360.17023607136807100
8.138-10.25270.22637360.17923612936865100
10.2527-146.810.25657410.2271362493699099
精密化 TLS

S33: -0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.07360.0224-0.06190.0192-0.00670.04770.03020.07130.03580.0216-0.0091-0.00960.0213-0.0280.24980.00150.00520.2153-0.00530.18910.14251.875673.9283
20.1081-0.01660.00910.022-0.03080.0341-0.00180.0464-0.02650.0130.004-0.00920.00510.00920.2544-0.05-0.03130.2521-0.00920.274190.80165.3678223.0579
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1segid *A0
2X-RAY DIFFRACTION2segid *B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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