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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5m1j | |||||||||
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タイトル | Nonstop ribosomal complex bound with Dom34 and Hbs1 | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / mRNA surveillance | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Dom34-Hbs1 complex / RNA surveillance / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, no-go decay / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / nonfunctional rRNA decay / ribosome disassembly / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting ...Dom34-Hbs1 complex / RNA surveillance / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, no-go decay / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / nonfunctional rRNA decay / ribosome disassembly / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Protein methylation / RMTs methylate histone arginines / positive regulation of translational fidelity / mTORC1-mediated signalling / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ヒドロキシル化 / GDP-dissociation inhibitor activity / : / pre-mRNA 5'-splice site binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, small subunit precursor / response to cycloheximide / mRNA destabilization / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / 90S preribosome / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / protein-RNA complex assembly / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / ribosomal small subunit export from nucleus / positive regulation of translational initiation / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translation regulator activity / ribosomal large subunit export from nucleus / G-protein alpha-subunit binding / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of translational fidelity / positive regulation of protein kinase activity / translation elongation factor activity / rescue of stalled ribosome / translational termination / maturation of SSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / RNA endonuclease activity / ribosomal large subunit biogenesis / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / cellular response to amino acid starvation / ribosome assembly / small-subunit processome / positive regulation of translation / protein kinase C binding / meiotic cell cycle / maintenance of translational fidelity / オートファジー / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / modification-dependent protein catabolic process / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / protein tag activity / ribosomal small subunit assembly / rRNA processing / cytoplasmic stress granule / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / リボソーム生合成 / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / リボソーム / structural constituent of ribosome / positive regulation of protein phosphorylation / 翻訳 (生物学) / G protein-coupled receptor signaling pathway / 細胞分裂 / response to antibiotic / negative regulation of gene expression / mRNA binding / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / 核小体 / ミトコンドリア / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Hilal, T. / Yamamoto, H. / Loerke, J. / Buerger, J. / Mielke, T. / Spahn, C.M.T. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016 タイトル: Structural insights into ribosomal rescue by Dom34 and Hbs1 at near-atomic resolution. 著者: Tarek Hilal / Hiroshi Yamamoto / Justus Loerke / Jörg Bürger / Thorsten Mielke / Christian M T Spahn / 要旨: The surveillance of mRNA translation is imperative for homeostasis. Monitoring the integrity of the message is essential, as the translation of aberrant mRNAs leads to stalling of the translational ...The surveillance of mRNA translation is imperative for homeostasis. Monitoring the integrity of the message is essential, as the translation of aberrant mRNAs leads to stalling of the translational machinery. During ribosomal rescue, arrested ribosomes are specifically recognized by the conserved eukaryotic proteins Dom34 and Hbs1, to initiate their recycling. Here we solve the structure of Dom34 and Hbs1 bound to a yeast ribosome programmed with a nonstop mRNA at 3.3 Å resolution using cryo-electron microscopy. The structure shows that Domain N of Dom34 is inserted into the upstream mRNA-binding groove via direct stacking interactions with conserved nucleotides of 18S rRNA. It senses the absence of mRNA at the A-site and part of the mRNA entry channel by direct competition. Thus, our analysis establishes the structural foundation for the recognition of aberrantly stalled 80S ribosomes by the Dom34·Hbs1·GTP complex during Dom34-mediated mRNA surveillance pathways. | |||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | 5m1j.cif.gz | 4.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5m1j.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 5m1j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/5m1j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m1/5m1j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 5種, 5分子 A1g2f2m5A6
#1: タンパク質 | 分子量: 43574.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Hexahistidine-tagged protein 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: DOM34, YNL001W, N2016 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P33309, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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#14: タンパク質 | 分子量: 34710.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38011 |
#35: タンパク質 | 分子量: 8101.675 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05759 |
#61: タンパク質 | 分子量: 6032.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CH08 |
#80: タンパク質 | 分子量: 68812.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Hexahistidine tagged protein 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: HBS1, YKR084C, YKR404 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32769 |
+40S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 A2a2B2b2C2c2D2d2E2e2F2G2H2I2J2K2L2M2N2O2P2Q2R2S2T2U2V2W2X2Y2Z2
-RNA鎖 , 6種, 6分子 22143444X7A3
#34: RNA鎖 | 分子量: 579126.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 874346701 |
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#36: RNA鎖 | 分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 834774822 |
#37: RNA鎖 | 分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1039024045 |
#38: RNA鎖 | 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1102645687 |
#81: RNA鎖 | 分子量: 6494.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic mRNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#82: RNA鎖 | 分子量: 24890.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: N-acetylated Phe-tRNA / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
+60S ribosomal protein ... , 40種, 40分子 a5A5b5B5c5C5D5d5e5f5F5g5G5h5H5i5I5J5j5k5l5L5M5N5o5p5P5Q5S5U5...
-非ポリマー , 5種, 1081分子
#83: 化合物 | ChemComp-ZN / #84: 化合物 | ChemComp-MG / #85: 化合物 | ChemComp-GNP / | #86: 化合物 | ChemComp-5CR / | #87: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Nonstop ribosomal complex bound with Dom34-Hbs1-GMPPNP タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#82 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 3.6 MDa / 実験値: NO |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 80645 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 4797 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 25 / 利用したフレーム数/画像: 1-25 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_2415: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 520612 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 73391 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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