PDB-5lx4: Cys-Gly dipeptidase GliJ mutant D38H

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lx4

タイトル

Cys-Gly dipeptidase GliJ mutant D38H

要素

Dipeptidase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

carboxypeptidase /

dipeptidase / gliotoxin biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host immune response / gliotoxin biosynthetic process /

membrane dipeptidase / mycotoxin biosynthetic process / metallodipeptidase activity /

タンパク質分解 /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus fumigatus (アスペルギルス・フミガーツス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Huber, E.M. / Groll, M.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Gliotoxin Biosynthesis: Structure, Mechanism, and Metal Promiscuity of Carboxypeptidase GliJ.
著者: Marion, A. / Groll, M. / Scharf, D.H. / Scherlach, K. / Glaser, M. / Sievers, H. / Schuster, M. / Hertweck, C. / Brakhage, A.A. / Antes, I. / Huber, E.M.

履歴

登録	2016年9月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2018年12月19日	Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle ...pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lx4.cif.gz	179.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lx4.ent.gz	140.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lx4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/5lx4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/5lx4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lwzC 5lx0SC 5lx1C 5lx7C 5nrtC 5nruC 5nrxC 5nryC 5nrzC 5ns1C 5ns2C 5ns5C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5nru-1 5nry-1 5ns1-1 5lx0-1 5lwz-2 5nrt-1 6scz-d 5ns2-1 6kdz-d 7cm1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dipeptidase

ヘテロ分子

45.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dipeptidase

ヘテロ分子

A: Dipeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.970, 98.970, 106.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Dipeptidase / 分子量: 45031.121 Da / 分子数: 1 / 変異: D38H / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (アスペルギルス・フミガーツス) 遺伝子: AFUA_6G09650 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4WMJ8, membrane dipeptidase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 5 % Isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→49 Å / Num. obs: 46949 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / R_merge(I) obs: 0.548 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LX0

5lx0

解像度: 1.9→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 5.457 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19027	2342	5 %	RANDOM
R_work	0.16321	-	-	-
obs	0.16455	44493	98.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.449 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.17 Å²	0.08 Å²	-0 Å²
2-	-	0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3009	0	25	288	3322

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	3123
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3023
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.135	1.957	4225
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.919	3.001	6920
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.862	5	392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.811	23.013	156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.535	15	545
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.116	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	473
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3554
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	748
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.193	3.642	1538
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.192	3.641	1537
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.495	5.454	1925
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.496	5.456	1926
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.643	4.01	1585
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.643	4.01	1585
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.845	5.884	2296
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.099	29.525	3662
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.098	29.528	3663
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.739	3	6144
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	34.026	5	96
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	9.123	5	6280

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.272	172	-
R_work	0.228	3264	-
obs	-	-	99.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -35.3562 Å / Origin y: 17.1496 Å / Origin z: 16.5988 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0243 Å²	-0.0043 Å²	-0.0007 Å²	-	0.0302 Å²	-0.0015 Å²	-	-	0.0006 Å²
L	0.008 °²	-0.0172 °²	-0.0068 °²	-	0.074 °²	0.0003 °²	-	-	0.0158 °²
S	-0.0022 Å °	0.0003 Å °	0.0009 Å °	0.0018 Å °	0.0017 Å °	-0.0059 Å °	-0.0066 Å °	0.0064 Å °	0.0005 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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