+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7cm1 | ||||||
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Title | Neuraminidase from the Wuhan Asiatic toad influenza virus | ||||||
Components | Neuraminidase | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / HYDROLASE / Lattice-translocation defects LTD Neuraminidase NA | ||||||
Function / homology | Function and homology information exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / membrane => GO:0016020 / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Wuhan asiatic toad influenza virus | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.14 Å | ||||||
Authors | Wang, J. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2020 Title: Lattice-translocation defects in specific crystals of the catalytic head domain of influenza neuraminidase. Authors: Li, L. / Dai, S. / Gao, G.F. / Wang, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7cm1.cif.gz | 380.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7cm1.ent.gz | 255.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7cm1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/7cm1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/7cm1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1b9sS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: 10.5281/zenodo.4245391 / Data set type: other data / Details: raw X-ray diffraction data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 41985.684 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Wuhan asiatic toad influenza virus / Gene: NA Production host: Insect cell expression vector pTIE1 (others) References: UniProt: A0A2P1GNT2, exo-alpha-sialidase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.07 Å3/Da / Density % sol: 59.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 8 mg/mL in 20 mM Tris, 50 mM NaCl pH 8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 6, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.14→50 Å / Num. obs: 55993 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 22.72 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 7.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.14→2.22 Å / Num. unique obs: 5151 / CC1/2: 0.76 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1B9S Resolution: 2.14→18.35 Å / SU ML: 0.3356 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.9475 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.77 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.14→18.35 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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