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Yorodumi- PDB-5l3s: Structure of the GTPase heterodimer of crenarchaeal SRP54 and FtsY -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5l3s | ||||||
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Title | Structure of the GTPase heterodimer of crenarchaeal SRP54 and FtsY | ||||||
Components | (Signal recognition particle ...) x 2 | ||||||
Keywords | PROTEIN TRANSPORT / Co-translational protein targeting / Signal Recognition Particle / GTPase | ||||||
Function / homology | Function and homology information signal recognition particle / signal-recognition-particle GTPase / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Sulfolobus solfataricus (archaea) Sulfolobus acidocaldarius (acidophilic) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Bange, G. / Wild, K. / Sinning, I. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2016 Title: Structural Basis for Conserved Regulation and Adaptation of the Signal Recognition Particle Targeting Complex. Authors: Wild, K. / Bange, G. / Motiejunas, D. / Kribelbauer, J. / Hendricks, A. / Segnitz, B. / Wade, R.C. / Sinning, I. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5l3s.cif.gz | 922.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5l3s.ent.gz | 762.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5l3s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/5l3s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/5l3s | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Signal recognition particle ... , 2 types, 8 molecules ACEGBDFH
#1: Protein | Mass: 33113.215 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (archaea) Strain: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / Gene: srp54, SSO0971 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q97ZE7 #2: Protein | Mass: 33440.344 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Sulfolobus acidocaldarius (acidophilic) Strain: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770 Gene: ftsY, dpa, sso, Saci_1462 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P27414 |
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-Non-polymers , 6 types, 1261 molecules
#3: Chemical | ChemComp-GNP / #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | ChemComp-G / #6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Chemical | ChemComp-SO4 / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 100 mM MES pH 5.8, 1.26 M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-2 / Wavelength: 0.933 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Nov 15, 2003 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.933 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→37.87 Å / Num. obs: 191335 / % possible obs: 97.3 % / Redundancy: 11.7 % / Net I/σ(I): 11.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.9→37.87 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.39
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→37.87 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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