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Yorodumi- PDB-5l3r: Structure of the GTPase heterodimer of chloroplast SRP54 and FtsY... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5l3r | ||||||
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Title | Structure of the GTPase heterodimer of chloroplast SRP54 and FtsY from Arabidopsis thaliana | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN TRANSPORT / Co-translational protein targeting / Signal Recognition Particle / GTPase | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein heterotrimerization / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / signal recognition particle binding / signal-recognition-particle GTPase / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / protein targeting / chloroplast ...protein heterotrimerization / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / signal recognition particle binding / signal-recognition-particle GTPase / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / protein targeting / chloroplast / protein domain specific binding / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / membrane / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Arabidopsis thaliana (thale cress) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Bange, G. / Kribelbauer, J. / Wild, K. / Sinning, I. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2016 Title: Structural Basis for Conserved Regulation and Adaptation of the Signal Recognition Particle Targeting Complex. Authors: Wild, K. / Bange, G. / Motiejunas, D. / Kribelbauer, J. / Hendricks, A. / Segnitz, B. / Wade, R.C. / Sinning, I. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5l3r.cif.gz | 439.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5l3r.ent.gz | 358.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5l3r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/5l3r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/5l3r | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5l3qC 5l3sSC 5l3vC 5l3wC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 32424.811 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: FFC, CPSRP54, At5g03940, F8F6_150 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P37107 #2: Protein | Mass: 31733.609 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: CPFTSY, FTSY, At2g45770, F4I18.25 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O80842 |
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-Non-polymers , 4 types, 150 molecules
#3: Chemical | ChemComp-GCP / #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.96 Å3/Da / Density % sol: 58.42 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M magnesium formate, 20% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.987 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Aug 28, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.987 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→35.73 Å / Num. obs: 49064 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 3.7 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 9.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.59 Å / Rsym value: 0.54 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5L3S Resolution: 2.5→44.886 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 22.33 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→44.886 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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