PDB-5i3t: Native Structure of the Linalool Dehydratase-Isomerase from Caste...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i3t

タイトル

Native Structure of the Linalool Dehydratase-Isomerase from Castellaniella defragrans

要素

Linalool dehydratase/isomerase

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

ISOMERASE (異性化酵素) /

linalool (リナロール) /

dehydratase (脱水酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

linalool dehydratase /

geraniol isomerase / monoterpene catabolic process / intramolecular hydroxytransferase activity / monoterpenoid metabolic process /

hydro-lyase activity / cellular response to organic substance / protein tetramerization /

ペリプラズム
類似検索 - 分子機能

生物種

Castellaniella defragrans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

LaMattina, J.W. / Carlock, M. / Koch, D.J. / Lanzilotta, W.N.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Native Structure of the Linalool Dehydratase-Isomerase from Castellaniella defragrans
著者: LaMattina, J.W. / Carlock, M. / Koch, D.J. / Lanzilotta, W.N.

履歴

登録	2016年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i3t.cif.gz	363.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i3t.ent.gz	306.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i3t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/5i3t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/5i3t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5g1v-d 5g1u-d 6tfn-2 6t9h-1 6t9h-2 6tfn-1 6thm-d 6tfr-d 5hlr-d 5g1w-d 6tft-d 5hss-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Linalool dehydratase/isomerase

B: Linalool dehydratase/isomerase

C: Linalool dehydratase/isomerase

D: Linalool dehydratase/isomerase

E: Linalool dehydratase/isomerase

ヘテロ分子

223 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.957, 106.757, 188.872
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Linalool dehydratase/isomerase / Geraniol isomerase / Linalool dehydratase-isomerase / Myrcene hydratase 分子量: 44505.680 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Castellaniella defragrans (バクテリア) 遺伝子: ldi / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: E1XUJ2, linalool dehydratase, geraniol isomerase
#2: 化合物	ChemComp-BU2 / 1,3-BUTANEDIOL / (S)-1,3-ブタンジオ-ル / 1,3-ブタンジオール分子量: 90.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 519 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.34 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: batch mode / pH: 8 / 詳細: 4-7% glycerol, 20-30% PEG 4000, 0.1 M TRIS pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→30.193 Å / Num. obs: 234053 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 20 % / Net I/σ(I): 5.68

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.1→30.193 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 20.36

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2045	3824	1.63 %
R_work	0.1633	-	-
obs	0.164	234053	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 81.37 Å² / B_iso mean: 33.2513 Å² / B_iso min: 18.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→30.193 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14480	0	28	519	15027
B_iso mean	-	-	50.05	35.02	-
残基数	-	-	-	-	1811

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	14950
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.078	20316
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	2138
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2628
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.456	5380

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.1266	0.342	128	0.2765	8394	8522	98
2.1266-2.1546	0.3324	134	0.233	8496	8630	99
2.1546-2.1841	0.2607	151	0.2201	8535	8686	99
2.1841-2.2153	0.293	148	0.2154	8506	8654	100
2.2153-2.2483	0.234	151	0.2063	8542	8693	100
2.2483-2.2834	0.227	156	0.1942	8505	8661	100
2.2834-2.3208	0.2827	104	0.1877	8534	8638	100
2.3208-2.3609	0.2389	164	0.1794	8482	8646	100
2.3609-2.4038	0.2522	135	0.1792	8517	8652	100
2.4038-2.45	0.2205	143	0.1763	8581	8724	100
2.45-2.5	0.2301	144	0.1765	8532	8676	100
2.5-2.5543	0.2286	126	0.1734	8555	8681	100
2.5543-2.6137	0.2104	155	0.1716	8491	8646	100
2.6137-2.679	0.2273	134	0.1762	8509	8643	100
2.679-2.7514	0.2434	142	0.1764	8583	8725	100
2.7514-2.8323	0.2418	144	0.1782	8517	8661	100
2.8323-2.9236	0.2559	136	0.1809	8552	8688	100
2.9236-3.028	0.2419	150	0.179	8592	8742	100
3.028-3.1492	0.2235	124	0.1935	8561	8685	100
3.1492-3.2923	0.2089	139	0.183	8533	8672	100
3.2923-3.4657	0.209	146	0.1745	8518	8664	100
3.4657-3.6824	0.2168	136	0.1656	8572	8708	100
3.6824-3.9662	0.1742	144	0.143	8520	8664	100
3.9662-4.3643	0.1371	154	0.1217	8546	8700	100
4.3643-4.9933	0.1507	148	0.1181	8520	8668	100
4.9933-6.2817	0.1776	140	0.1409	8548	8688	100
6.2817-30.1966	0.1468	148	0.1235	8488	8636	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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