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- PDB-5ero: Crystal structure of elongation domain of Phomopsis amygdali fusi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ero
タイトルCrystal structure of elongation domain of Phomopsis amygdali fusicoccadiene synthase complexed with cobalt ions and pamidronate
要素Fusicoccadiene synthaseFusicocca-2,10(14)-diene synthase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / diterpene synthase / lyase (リアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


fusicocca-2,10(14)-diene synthase / alcohol biosynthetic process / mycotoxin biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / farnesyltranstransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / lyase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PAMIDRONATE / : / Fusicoccadiene synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Phomopsis amygdali (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Chen, M. / Christianson, D.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM56838 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure and Function of Fusicoccadiene Synthase, a Hexameric Bifunctional Diterpene Synthase.
著者: Chen, M. / Chou, W.K. / Toyomasu, T. / Cane, D.E. / Christianson, D.W.
履歴
登録2015年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusicoccadiene synthase
B: Fusicoccadiene synthase
C: Fusicoccadiene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,27018
ポリマ－118,8583
非ポリマー1,41215
水2,396133
1
A: Fusicoccadiene synthase
B: Fusicoccadiene synthase
C: Fusicoccadiene synthase
ヘテロ分子

A: Fusicoccadiene synthase
B: Fusicoccadiene synthase
C: Fusicoccadiene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,54036
ポリマ－237,7156
非ポリマー2,82530
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area25160 Å2
ΔGint-405 kcal/mol
Surface area69820 Å2
手法PISA
2
A: Fusicoccadiene synthase
C: Fusicoccadiene synthase
ヘテロ分子

B: Fusicoccadiene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,27018
ポリマ－118,8583
非ポリマー1,41215
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area5740 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area41750 Å2
手法PISA
3
A: Fusicoccadiene synthase
B: Fusicoccadiene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,18012
ポリマ－79,2382
非ポリマー94210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5610 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area26450 Å2
手法PISA
4
C: Fusicoccadiene synthase
ヘテロ分子

C: Fusicoccadiene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,18012
ポリマ－79,2382
非ポリマー94210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area5780 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area25080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.577, 216.122, 129.234
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-946-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Fusicoccadiene synthase / Fusicocca-2,10(14)-diene synthase / FS / PaDC4:GGS / Geranylgeranyl diphosphate synthase / GGDP synthase / GGS


分子量: 39619.207 Da / 分子数: 3
断片: Geranylgeranyl diphosphate synthase, residues 382-719
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phomopsis amygdali (菌類) / 遺伝子: PaFS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A2PZA5, geranylgeranyl diphosphate synthase
#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-210 / PAMIDRONATE / (3-AMINO-1-HYDROXY-1-PHOSPHONO-PROPYL)PHOSPHONIC ACID / パミドロン酸 / Pamidronic acid


分子量: 235.069 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H11NO7P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.01 M cobalt chloride, 0.1 M sodium acetate (pH 4.6), 1.0 M 1,6-hexanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 47383 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 11.3 % / Net I/σ(I): 21

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1839精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Q80

2q80


解像度: 2.55→49.849 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2557 2389 5.05 %
Rwork0.2138 --
obs0.2158 47336 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→49.849 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7211 0 51 133 7395
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037375
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7659957
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6492776
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0261118
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051270
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5477-2.59970.32761250.27922344X-RAY DIFFRACTION89
2.5997-2.65620.33521440.27382560X-RAY DIFFRACTION99
2.6562-2.7180.30261450.25842645X-RAY DIFFRACTION100
2.718-2.78590.31310.25732646X-RAY DIFFRACTION100
2.7859-2.86130.3011360.25332637X-RAY DIFFRACTION100
2.8613-2.94540.28921310.26312621X-RAY DIFFRACTION100
2.9454-3.04050.33051440.25262635X-RAY DIFFRACTION100
3.0405-3.14910.29541410.2532678X-RAY DIFFRACTION100
3.1491-3.27520.28191380.24332629X-RAY DIFFRACTION100
3.2752-3.42420.27111340.23172661X-RAY DIFFRACTION100
3.4242-3.60470.25431690.222640X-RAY DIFFRACTION100
3.6047-3.83050.25941380.20492665X-RAY DIFFRACTION100
3.8305-4.12610.2671500.20562666X-RAY DIFFRACTION100
4.1261-4.54110.25111420.18972667X-RAY DIFFRACTION100
4.5411-5.19760.20851470.18272701X-RAY DIFFRACTION100
5.1976-6.54610.28411420.23412719X-RAY DIFFRACTION100
6.5461-49.85870.16881320.16862833X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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