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万見
- PDB-5cg6: Neutron crystal structure of human farnesyl pyrophosphate synthas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cg6
タイトルNeutron crystal structure of human farnesyl pyrophosphate synthase in complex with risedronate and isopentenyl pyrophosphate
要素Farnesyl pyrophosphate synthaseジメチルアリルtransトランスフェラーゼ
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / prenyl transferase (プレニル基転移酵素) / bisphosphonate (ビスホスホネート) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


geranyl diphosphate biosynthetic process / ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / Cholesterol biosynthesis / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / RNA binding ...geranyl diphosphate biosynthetic process / ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / Cholesterol biosynthesis / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / RNA binding / 核質 / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Farnesyl pyrophosphate synthase-like / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / Chem-RIS / ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 中性子回折 / シンクロトロン / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Yokoyama, T. / Mizuguchi, M. / Ostermann, A. / Kusaka, K. / Niimura, N. / Schrader, T.E. / Tanaka, I.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Protonation State and Hydration of Bisphosphonate Bound to Farnesyl Pyrophosphate Synthase
著者: Yokoyama, T. / Mizuguchi, M. / Ostermann, A. / Kusaka, K. / Niimura, N. / Schrader, T.E. / Tanaka, I.
履歴
登録2015年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: citation / diffrn_radiation_wavelength ...citation / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_id_CSD ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_id_CSD / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02018年5月16日Group: Atomic model / Data collection / Refinement description
カテゴリ: atom_site / diffrn_detector ...atom_site / diffrn_detector / diffrn_source / refine_ls_shell
Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.source ..._diffrn_detector.detector / _diffrn_source.source / _diffrn_source.type / _refine_ls_shell.d_res_high
改定 2.12024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6336
ポリマ－41,0311
非ポリマー6025
水84747
1
A: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子

A: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,26612
ポリマ－82,0622
非ポリマー1,20410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area18310 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area26080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.627, 111.627, 72.553
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Farnesyl pyrophosphate synthase / ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ / FPS / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl ...FPS / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl diphosphate synthase / Geranyltranstransferase


分子量: 41030.848 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 74-419 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FDPS, FPS, KIAA1293 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P14324, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase, ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-RIS / 1-HYDROXY-2-(3-PYRIDINYL)ETHYLIDENE BIS-PHOSPHONIC ACID / Risedronate / リセドロナ-ト / Risedronic acid


分子量: 283.112 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H11NO7P2
#4: 化合物 ChemComp-IPE / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / ISOPENTENYL PYROPHOSPHATE / イソペンテニル二りん酸 / イソペンテニル二リン酸


分子量: 246.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O7P2
#5: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水 / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O
非ポリマーの詳細AUTHOR STATES THAT THE PYRIDINE NITROGEN FOR THE LIGAND RIS IS IN THE PROTONATED FORM IN THE ...AUTHOR STATES THAT THE PYRIDINE NITROGEN FOR THE LIGAND RIS IS IN THE PROTONATED FORM IN THE CRYSTAL. IN THE DEPOSITED COORDINATES, THE LIGAND RIS HAS TWO DEUTERIUMS, RSD AND D13.

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.0 M NaCl, 0.08 M sodium acetate, 0.02 M acetic acid

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12931
22931
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A11
NUCLEAR REACTOR23.2-6.2
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 210r1CCD2014年6月14日
CUSTOM-MADE2IMAGE PLATE2014年3月6日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2LAUELneutron2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
23.21
36.21
反射
解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Entry-IDRmerge(I) obsDiffraction-ID
1.7-44.314996597.78.65CG60.0971
2.4-22.161817198.12.85CG60.1982
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
1.7-1.736.40.77799.7
2.4-2.492.70.37998.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
STARGazerデータ削減
STARGazerデータスケーリング
MOLREPモデル構築
HKL-2000data processing
PHENIX位相決定
精密化

交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 5CG5

5cg5

/ 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)Refine-IDRfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection allNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)Diffraction-IDSU ML位相誤差
1.7-35.3X-RAY DIFFRACTION0.21130.19660.1974249949901499015.0196.851
2.4-22.119NEUTRON DIFFRACTION0.28660.25990.261390418151181514.9898.4420.4830.68
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→35.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2765 0 34 47 2846
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076284
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08211232
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.8521813
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.183427
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051253
LS精密化 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.70.3861440.3862782X-RAY DIFFRACTION97
2.4-2.55NEUTRON DIFFRACTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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