PDB-4xqs: Crystal structure of human FPPS in complex with one magnesium ion

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xqs

タイトル

Crystal structure of human FPPS in complex with one magnesium ion

要素

Farnesyl pyrophosphate synthase

ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

geranyl diphosphate biosynthetic process /

ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / Cholesterol biosynthesis / farnesyl diphosphate biosynthetic process /

dimethylallyltranstransferase activity /

geranyltranstransferase activity / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) /

RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Park, J. / Berghuis, A.M.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human FPPS in complex with one magnesium ion
著者: Park, J. / Berghuis, A.M.

履歴

登録	2015年1月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xqs.cif.gz	152.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xqs.ent.gz	118 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xqs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/4xqs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/4xqs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2f7mS 4xqr 4xqt S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ksx-1 3n1v-1 4xqt-1 3n1w-1 5dgn-1 5dgs-1 6oag-1 5djr-1 3n49-1 6n7y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (8) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

F: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

43.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

F: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

F: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.770, 110.770, 76.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Farnesyl pyrophosphate synthase / ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ / FPS / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl ...FPS / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl diphosphate synthase / Geranyltranstransferase 分子量: 43144.980 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 67-419 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FDPS, FPS, KIAA1293 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P14324, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase, ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.05 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.36 M magnesium sulfate, 15% glycerol, 0.085 M MES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月25日
放射	モノクロメーター: ACCEL/Bruker double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→54.9 Å / Num. obs: 21801 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 1.035 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0073	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 2F7M

2f7m

解像度: 2.3→54.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 17.514 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.235 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23248	1126	5.2 %	RANDOM
R_work	0.1924	-	-	-
obs	0.19453	20628	99.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.283 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.91 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→54.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2638	0	11	38	2687

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	2704
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2523
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.627	1.967	3679
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.852	3	5768
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.057	5	338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.35	24.463	121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.519	15	432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.522	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	416
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3084
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	624
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.905	4.21	1355
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.906	4.209	1354
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.228	6.313	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.227	6.313	1693
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.476	4.433	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.455	4.417	1341
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.073	6.523	1976
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.809	34.261	3230
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.792	34.174	3218
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.301→2.361 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	72	-
R_work	0.313	1494	-
obs	-	-	99.49 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.0064	2.5534	-9.4846	6.5501	-2.6007	12.6519	-0.2975	1.0372	-0.3048	-0.4678	0.4121	0.3175	0.4294	-1.3766	-0.1147	0.2179	-0.122	-0.1759	0.3318	-0.0374	0.2564	2.8202	81.1574	9.4389
2	4.6305	0.2132	-1.65	3.3425	-0.4183	2.7724	-0.1885	0.3818	-0.2903	-0.4969	0.12	0.4984	0.3164	-0.4537	0.0684	0.1003	-0.0613	-0.0589	0.0808	-0.0143	0.1047	10.5625	82.8115	14.9449
3	3.5066	0.42	-0.8749	3.3848	-1.8184	3.3158	-0.0413	-0.6139	-0.5405	0.2982	-0.0479	0.1822	0.2682	0.3704	0.0892	0.1098	0.033	0.0629	0.2148	0.0244	0.1824	10.9897	78.8459	36.9619

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	F	11 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	F	33 - 146
3	X-RAY DIFFRACTION	3	F	147 - 349

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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