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- PDB-4oww: Structural basis of SOSS1 in complex with a 35nt ssDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oww
タイトルStructural basis of SOSS1 in complex with a 35nt ssDNA
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
  • Integrator complex subunit 3積分器
  • SOSS complex subunit B1Southern Okanagan Secondary School
  • SOSS complex subunit CSouthern Okanagan Secondary School
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / SOSS1 complex / DNA double-strand breaks / homologous recombination (相同組換え) / ssDNA-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


SOSS complex / snRNA processing / integrator complex / establishment of protein localization to telomere / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / G-rich strand telomeric DNA binding / mitotic G2/M transition checkpoint / response to ionizing radiation / positive regulation of telomere capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes ...SOSS complex / snRNA processing / integrator complex / establishment of protein localization to telomere / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / G-rich strand telomeric DNA binding / mitotic G2/M transition checkpoint / response to ionizing radiation / positive regulation of telomere capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / DNA polymerase binding / double-strand break repair via homologous recombination / single-stranded DNA binding / site of double-strand break / chromosome, telomeric region / DNA修復 / DNA damage response / DNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
SOSS complex subunit C / SOSS complex subunit C / Integrator complex subunit 3, N-terminal / Integrator complex subunit 3 / Integrator complex subunit 3 N-terminal / : / Single-stranded DNA binding protein Ssb-like, OB fold / OB-fold nucleic acid binding domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...SOSS complex subunit C / SOSS complex subunit C / Integrator complex subunit 3, N-terminal / Integrator complex subunit 3 / Integrator complex subunit 3 N-terminal / : / Single-stranded DNA binding protein Ssb-like, OB fold / OB-fold nucleic acid binding domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Integrator complex subunit 3 / SOSS complex subunit B1 / SOSS complex subunit C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ren, W. / Sun, Q. / Tang, X. / Song, H.
資金援助 シンガポール, 中国, 2件
組織認可番号国
the Agency for Science, Technology and Research in Singapore シンガポール
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31270816 中国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2014
タイトル: Structural Basis of SOSS1 Complex Assembly and Recognition of ssDNA.
著者: Ren, W. / Chen, H. / Sun, Q. / Tang, X. / Lim, S.C. / Huang, J. / Song, H.
履歴
登録2014年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月3日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
A: Integrator complex subunit 3
B: SOSS complex subunit B1
C: SOSS complex subunit C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,4724
ポリマ－100,4724
非ポリマー00
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5080 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area27070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.350, 90.970, 111.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 10601.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Integrator complex subunit 3 / 積分器 / Int3 / SOSS complex subunit A / Sensor of single-strand DNA complex subunit A / Sensor of ssDNA subunit A


分子量: 56063.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS3, C1orf193, C1orf60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q68E01
#3: タンパク質 SOSS complex subunit B1 / Southern Okanagan Secondary School / Nucleic acid-binding protein 2 / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding fold-containing protein 2B ...Nucleic acid-binding protein 2 / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding fold-containing protein 2B / Sensor of single-strand DNA complex subunit B1 / Sensor of ssDNA subunit B1 / SOSS-B1 / Single-stranded DNA-binding protein 1 / hSSB1


分子量: 22364.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NABP2, OBFC2B, SSB1, LP3587 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BQ15
#4: タンパク質 SOSS complex subunit C / Southern Okanagan Secondary School / INTS3- and NABP-interacting protein / Sensor of single-strand DNA complex subunit C / Sensor of ...INTS3- and NABP-interacting protein / Sensor of single-strand DNA complex subunit C / Sensor of ssDNA subunit C / SOSS-C / Single-stranded DNA-binding protein-interacting protein 1 / hSSBIP1


分子量: 11441.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INIP, C9orf80, SSBIP1, HSPC043, HSPC291 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NRY2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.59 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG2000 MME, 0.1M MES pH6.0, 0.05M sodium chloride.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 37719 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.78 % / Net I/σ(I): 7.8

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.1_1168) / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.3→19.959 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2183 1878 5 %Random selection
Rwork0.1799 ---
obs0.1818 37579 99.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.959 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4851 120 0 213 5184
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055078
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9286895
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1141908
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059797
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004853
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.36210.27391440.22792715X-RAY DIFFRACTION100
2.3621-2.43150.26811380.22382698X-RAY DIFFRACTION100
2.4315-2.50980.30651530.21182725X-RAY DIFFRACTION100
2.5098-2.59930.26351320.20432698X-RAY DIFFRACTION100
2.5993-2.70320.25681330.1982720X-RAY DIFFRACTION100
2.7032-2.82590.22771290.19752746X-RAY DIFFRACTION100
2.8259-2.97440.23281500.18982707X-RAY DIFFRACTION100
2.9744-3.16010.2431520.19382750X-RAY DIFFRACTION100
3.1601-3.4030.2161510.18272720X-RAY DIFFRACTION100
3.403-3.74340.22161740.16862756X-RAY DIFFRACTION100
3.7434-4.28040.17211500.1492753X-RAY DIFFRACTION100
4.2804-5.37540.16841400.15012795X-RAY DIFFRACTION99
5.3754-19.960.19631320.17432918X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.548-0.0403-1.52682.5335-0.49471.9890.157-0.1540.04180.35760.0185-0.1828-0.08180.3763-0.08090.7323-0.2381-0.1150.7311-0.11430.585452.6462120.584339.7334
23.2012-0.9033-2.09370.95050.22091.56520.2476-0.08730.10680.2317-0.0756-0.1668-0.14980.5784-0.11510.3095-0.1404-0.05350.7280.08090.395857.6076104.204414.822
33.60630.7171-2.00594.1783-1.87484.07560.08620.82870.1996-0.6762-0.2474-0.32360.49290.37240.1390.39170.10480.02071.18840.22220.497873.566397.6444-0.1231
41.32650.64830.18430.8901-0.03021.637-0.04240.6690.1862-0.08780.1135-0.20120.1530.80890.32930.1053-0.12430.03440.56960.1970.288546.518997.68490.097
51.62970.44580.98280.42110.04551.9227-0.08680.24160.1724-0.03960.04330.00570.00590.27440.0690.123-0.03290.00950.19680.05490.145525.38592.92634.1572
62.78510.61190.40291.11410.23323.2026-0.0172-0.302-0.00670.1342-0.00630.06850.2565-0.17570.03690.1693-0.03520.01770.15540.02350.103515.708388.217517.0041
71.5613-0.03250.28821.6554-0.04851.9561-0.1483-0.4643-0.02810.3533-0.01410.45670.329-0.8158-0.18430.3385-0.21020.07220.48170.04090.29474.33280.500217.154
82.9191-2.1617-2.65373.11670.48313.85980.0383-0.17570.09960.88520.1067-0.36020.24150.2865-0.00610.3449-0.0183-0.0680.4610.02180.235843.614799.5644.256
91.2254-1.64240.65825.34953.3646.0872-0.0584-0.4681-0.01170.4838-0.4397-0.138-0.03830.3250.07060.3414-0.1865-0.10330.49260.07130.28949.6076106.72146.4753
103.8596-0.3502-0.54553.99120.50261.3809-0.1521-0.1490.35770.0441-0.0538-0.1075-0.2402-0.08440.0470.2032-0.0758-0.03670.2711-0.0060.151139.0151106.427933.7223
110.1861-0.0872-0.71921.71170.63892.83240.2283-0.1281.29540.02850.2076-0.4186-1.0980.44520.27020.798-0.2268-0.15320.57680.09451.085141.027126.575634.1803
122.48521.4447-0.16735.12940.80711.7777-0.2191-0.00430.3987-0.03710.0713-0.0877-0.2224-0.15240.07080.1722-0.1071-0.0310.296-0.02160.190238.1776108.590136.9968
130.60740.3532-0.44121.4338-0.99611.9566-0.03050.24390.6468-0.1194-0.15540.041-0.87280.1181-0.08290.4888-0.1162-0.05560.27460.10020.344542.5743115.256734.0727
145.34172.07764.67371.38841.01615.32890.03280.0730.2327-0.0839-0.1128-0.0283-0.15010.21780.11450.2276-0.0571-0.02910.35040.00910.158343.4834107.136829.8647
153.41591.0718-0.77961.7603-0.49963.33270.0485-0.11920.67460.4868-0.20060.0835-0.4968-0.0792-0.11220.3575-0.208-0.070.3679-0.08690.222244.3238114.155744.6087
162.32051.60792.73713.24362.88663.7798-0.06490.09160.4814-0.1311-0.0228-0.3371-0.46440.62650.13210.2815-0.2008-0.00480.4397-0.00950.324749.7259108.505930.9062
171.12530.61910.5841.1527-0.39342.0286-0.0017-0.43880.42470.0744-0.05220.3318-0.14540.0293-0.040.2109-0.10920.02570.4097-0.04890.183634.2235102.923538.8054
186.7783-1.028-0.89172.5714-0.26891.4952-0.035-0.3791.07590.30140.17520.1325-0.387-0.4989-0.14980.25720.0341-0.03860.44330.1280.5522.6838105.58053.8723
190.67460.6230.6032.25150.35721.8912-0.14360.07510.56740.02480.00890.225-0.1166-0.2550.20110.1084-0.0111-0.05710.23390.05130.24146.447395.91183.7787
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 2 through 7 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 35 through 61 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 62 through 82 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 83 through 222 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 223 through 355 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 356 through 445 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 446 through 497 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 5 through 9 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 10 through 18 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 19 through 26 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 27 through 37 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 38 through 47 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 48 through 61 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 62 through 71 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 72 through 86 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 87 through 97 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 98 through 111 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 62 through 78 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 79 through 100 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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