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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ocn | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Rpn8-Rpn11 MPN domain heterodimer, crystal form II | ||||||
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機能・相同性 | ![]() peroxisome fission / proteasome storage granule assembly / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pathare, G.R. / Bracher, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the proteasomal deubiquitylation module Rpn8-Rpn11. 著者: Pathare, G.R. / Nagy, I. / Sledz, P. / Anderson, D.J. / Zhou, H.J. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Forster, F. / Bracher, A. / Baumeister, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 376 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 310.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20838.512 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-176 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: O5360, RPN8, YOR261C / プラスミド: pRSFDuet / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 24566.283 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-220 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MPR1, RPN11, YFR004W / プラスミド: pRSFDuet / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #3: 抗体 | 分子量: 14854.423 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 配列の詳細 | RPN8 AND RPN11 WERE EXPRESSED AS A FUSION PROTEIN CONNECTED BY A GSGGSGGSG LINKER. THEY HAVE BEEN ...RPN8 AND RPN11 WERE EXPRESSED AS A FUSION PROTEIN CONNECTED BY A GSGGSGGSG LINKER. THEY HAVE BEEN REPRESENTE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.23 % |
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結晶化![]() | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 50 mM MES, pH 6.0, 100 mM magnesium chloride, 21% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月27日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.249→48.276 Å / Num. all: 61223 / Num. obs: 61223 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -100 / Observed criterion σ(I): -100 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 56.699 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 20.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4OCL 解像度: 2.25→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / WRfactor Rfree: 0.2613 / WRfactor Rwork: 0.2156 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8051 / SU B: 16.267 / SU ML: 0.18 / SU R Cruickshank DPI: 0.2698 / SU Rfree: 0.2293 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.27 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 121.37 Å2 / Biso mean: 54.6609 Å2 / Biso min: 27.08 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.249→2.307 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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