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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ntc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of GliT | ||||||
要素 | GliT | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / disulfide bond (ジスルフィド) / epipolythiodioxopiperazine / gliotoxin (グリオトキシン) / natural sulfur products | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 gliotoxin biosynthetic process / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; NADHまたはNADPHが電子受容体 / mycotoxin biosynthetic process / cellular response to mycotoxin / : / flavin adenine dinucleotide binding / oxidoreductase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aspergillus fumigatus (アスペルギルス・フミガーツス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Scharf, D.H. / Groll, M. / Habel, A. / Heinekamp, T. / Hertweck, C. / Brakhage, A.A. / Huber, E.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014 タイトル: Flavoenzyme-Catalyzed Formation of Disulfide Bonds in Natural Products 著者: Scharf, D.H. / Groll, M. / Habel, A. / Heinekamp, T. / Hertweck, C. / Brakhage, A.A. / Huber, E.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ntc.cif.gz | 267.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ntc.ent.gz | 215 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ntc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/4ntc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/4ntc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36126.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (アスペルギルス・フミガーツス) 株: deltaakuB / 遺伝子: gliT / プラスミド: pET43.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q5MBU7, UniProt: E9RAH5*PLUS #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.48 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M tri-Na citrate, 20% PEG3000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月13日 |
放射 | モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit. Si(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 54166 / Num. obs: 51186 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 97.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3FBS 解像度: 1.9→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 7.258 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.627 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.882 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.948 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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