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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5k0a | ||||||
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タイトル | Structure of an oxidoreductase from Synechocystis sp. PCC6803 | ||||||
要素 | Slr0600 protein | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Synechocystis sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.706 Å | ||||||
データ登録者 | Buey, R.M. / de Pereda, J.M. / Balsera, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017 タイトル: Unprecedented pathway of reducing equivalents in a diflavin-linked disulfide oxidoreductase. 著者: Buey, R.M. / Arellano, J.B. / Lopez-Maury, L. / Galindo-Trigo, S. / Velazquez-Campoy, A. / Revuelta, J.L. / de Pereda, J.M. / Florencio, F.J. / Schurmann, P. / Buchanan, B.B. / Balsera, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5k0a.cif.gz | 752.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5k0a.ent.gz | 637.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5k0a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/5k0a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/5k0a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 36464.543 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Cys159 has modelled as cystein sulfenic acid (Cys-SOH; CSO) 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: slr0600 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P74746 |
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-非ポリマー , 7種, 1230分子
#2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 化合物 | ChemComp-NO3 / #4: 化合物 | ChemComp-PG4 / #5: 化合物 | ChemComp-1PE / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-PGE / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.35 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.03 M NaNO3 0.03 M PO4H2Na 0.03 M (NH4)2SO4 0.1 M Imidazole/Mes, pH 6.5 20% (v/v) PEG-500 MME 10% (w/v) PEG-20000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.99987 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.706→49.043 Å / Num. obs: 167283 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.09973 / Net I/σ(I): 10.66 |
反射 シェル | 解像度: 1.706→1.767 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.298 / Mean I/σ(I) obs: 1.08 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5JRI 解像度: 1.706→49.042 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.07 / 位相誤差: 24.07 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.706→49.042 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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