[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4ciz: Crystal structure of the complex of the Cellular Retinal Binding ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ciz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the complex of the Cellular Retinal Binding Protein with 9-cis-retinal | ||||||
Components | RETINALDEHYDE-BINDING PROTEIN 1 | ||||||
Keywords | ISOMERASE / RETINALDEHYDE BINDING PROTEIN / VISUAL CYCLE / 9-CIS-RETINAL / CELLULAR RETINAL BINDING PROTEIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information The retinoid cycle in cones (daylight vision) / 11-cis retinal binding / vitamin A metabolic process / response to stimulus / retinol binding / phosphatidylinositol bisphosphate binding / Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / visual perception / cell body ...The retinoid cycle in cones (daylight vision) / 11-cis retinal binding / vitamin A metabolic process / response to stimulus / retinol binding / phosphatidylinositol bisphosphate binding / Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / visual perception / cell body / centrosome / nucleoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | HOMO SAPIENS (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.403 Å | ||||||
Authors | Bolze, C.S. / Helbling, R.E. / Owen, R.L. / Pearson, A.R. / Pompidor, G. / Dworkowski, F. / Fuchs, M.R. / Furrer, J. / Golczak, M. / Palczewski, K. ...Bolze, C.S. / Helbling, R.E. / Owen, R.L. / Pearson, A.R. / Pompidor, G. / Dworkowski, F. / Fuchs, M.R. / Furrer, J. / Golczak, M. / Palczewski, K. / Cascella, M. / Stocker, A. | ||||||
Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2014 Title: Human Cellular Retinaldehyde-Binding Protein Has Secondary Thermal 9-Cis-Retinal Isomerase Activity. Authors: Bolze, C.S. / Helbling, R.E. / Owen, R.L. / Pearson, A.R. / Pompidor, G. / Dworkowski, F. / Fuchs, M.R. / Furrer, J. / Golczak, M. / Palczewski, K. / Cascella, M. / Stocker, A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ciz.cif.gz | 135.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4ciz.ent.gz | 107.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ciz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/4ciz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/4ciz | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 4cj6C 3hy5S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 36514.152 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: P12271 |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-RET / |
#3: Chemical | ChemComp-TLA / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Nonpolymer details | RETINAL (RET): 9-CIS-RETINAL |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.95 Å3/Da / Density % sol: 58.29 % / Description: NONE |
---|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: May 14, 2011 / Details: M1 |
Radiation | Monochromator: DCCM / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.4→47.36 Å / Num. obs: 6770 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2.74 / Redundancy: 13 % / Biso Wilson estimate: 115.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 22.68 |
Reflection shell | Resolution: 3.4→3.61 Å / Redundancy: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 1.1 / Mean I/σ(I) obs: 2.74 / % possible all: 98.5 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3HY5 Resolution: 3.403→47.356 Å / SU ML: 0.55 / σ(F): 1.99 / Phase error: 30.34 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 126.805 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 102.69 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.403→47.356 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|