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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qk3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human beta-crystallin B3 | ||||||
![]() | Beta-crystallin B3 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Krojer, T. / Gileadi, C. / Cocking, R. / Muniz, J. / Pilka, E. / Yue, W.W. / Vollmar, M. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Bountra, C. ...Krojer, T. / Gileadi, C. / Cocking, R. / Muniz, J. / Pilka, E. / Yue, W.W. / Vollmar, M. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Kavanagh, K. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 233.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 188.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1okiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21452.801 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / ![]() #3: 化合物 | ChemComp-EDO / ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.4 % |
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結晶化![]() | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES, 1.5M Li2SO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.95→19.63 Å / Num. all: 35273 / Num. obs: 35273 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 24.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 5073 / % possible all: 94.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB entry 1OKI 解像度: 1.95→19.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9544 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.37 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.231 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.01 Å / Total num. of bins used: 18
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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