[日本語] English
万見
- PDB-3j9i: Thermoplasma acidophilum 20S proteasome -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j9i
タイトルThermoplasma acidophilum 20S proteasome
要素
  • Proteasome subunit alphaプロテアソーム
  • Proteasome subunit betaプロテアソーム
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / proteasome (プロテアソーム)
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasomal protein catabolic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Peptidase T1A, proteasome beta-subunit, archaeal / Proteasome alpha subunit, archaeal / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain ...Peptidase T1A, proteasome beta-subunit, archaeal / Proteasome alpha subunit, archaeal / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteasome subunit alpha / Proteasome subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Li, X. / Mooney, P. / Zheng, S. / Booth, C. / Braunfeld, M.B. / Gubbens, S. / Agard, D.A. / Cheng, Y.
引用
ジャーナル: Nat Methods / 年: 2013
タイトル: Electron counting and beam-induced motion correction enable near-atomic-resolution single-particle cryo-EM.
著者: Xueming Li / Paul Mooney / Shawn Zheng / Christopher R Booth / Michael B Braunfeld / Sander Gubbens / David A Agard / Yifan Cheng /
要旨: In recent work with large high-symmetry viruses, single-particle electron cryomicroscopy (cryo-EM) has achieved the determination of near-atomic-resolution structures by allowing direct fitting of ...In recent work with large high-symmetry viruses, single-particle electron cryomicroscopy (cryo-EM) has achieved the determination of near-atomic-resolution structures by allowing direct fitting of atomic models into experimental density maps. However, achieving this goal with smaller particles of lower symmetry remains challenging. Using a newly developed single electron-counting detector, we confirmed that electron beam-induced motion substantially degrades resolution, and we showed that the combination of rapid readout and nearly noiseless electron counting allow image blurring to be corrected to subpixel accuracy, restoring intrinsic image information to high resolution (Thon rings visible to ∼3 Å). Using this approach, we determined a 3.3-Å-resolution structure of an ∼700-kDa protein with D7 symmetry, the Thermoplasma acidophilum 20S proteasome, showing clear side-chain density. Our method greatly enhances image quality and data acquisition efficiency-key bottlenecks in applying near-atomic-resolution cryo-EM to a broad range of protein samples.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Side-chain-directed model and map validation for 3D electron cryomicroscopy
著者: Barad, B.A. / Echols, N. / Wang, R.Y.-R. / Cheng, Y. / DiMaio, F. / Adams, P.D. / Fraser, J.S.
履歴
登録2015年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5623
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5623
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
S: Proteasome subunit alpha
Z: Proteasome subunit beta
F: Proteasome subunit alpha
M: Proteasome subunit beta
T: Proteasome subunit alpha
1: Proteasome subunit beta
G: Proteasome subunit alpha
N: Proteasome subunit beta
U: Proteasome subunit alpha
2: Proteasome subunit beta
A: Proteasome subunit alpha
H: Proteasome subunit beta
O: Proteasome subunit alpha
V: Proteasome subunit beta
B: Proteasome subunit alpha
I: Proteasome subunit beta
P: Proteasome subunit alpha
W: Proteasome subunit beta
C: Proteasome subunit alpha
J: Proteasome subunit beta
Q: Proteasome subunit alpha
X: Proteasome subunit beta
D: Proteasome subunit alpha
K: Proteasome subunit beta
R: Proteasome subunit alpha
Y: Proteasome subunit beta
E: Proteasome subunit alpha
L: Proteasome subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)658,99628
ポリマ－658,99628
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

#1: タンパク質
Proteasome subunit alpha / プロテアソーム / 20S proteasome alpha subunit / Proteasome core protein PsmA


分子量: 24776.281 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 遺伝子: psmA, Ta1288 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25156, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質
Proteasome subunit beta / プロテアソーム / 20S proteasome beta subunit / Proteasome core protein PsmB


分子量: 22294.848 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 遺伝子: psmB, Ta0612 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28061, proteasome endopeptidase complex

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプParent-ID
1Thermoplasma acidophilum 20S proteasomeRIBOSOME0
2proteasome alpha subunit1
3proteasome beta subunit1
分子量値: 0.7 MDa / 実験値: YES
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Quantifoil grid
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / Temp: 120 K / 湿度: 100 % / 詳細: Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III)

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300 / 日付: 2012年6月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 31000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2 mm
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 600
放射波長相対比: 1

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ詳細
1MDFFモデルフィッティング
2UCSF Chimeraモデルフィッティング
3FREALIGN３次元再構成GPU-enhanced FREALIGN
CTF補正詳細: Each Particle
対称性点対称性: D7 (2回x7回 2面回転対称)
3次元再構成手法: FREALIGN / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 126729 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.2156 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.2156 Å / 詳細: Gold Standard FSC, imposed symmetry: D7 / Refinement type: HALF-MAPS REFINED INDEPENDENTLY / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--Flexible
原子モデル構築PDB-ID: 1PMA

1pma


Accession code: 1PMA / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数46228 0 0 0 46228

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る